UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R12G8.1R12G8.13.9999999999999995e-91chrV 17,748,619contains similarity to Pfam domain PF00130 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR015727 (Protein kinase C mu-related), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
2nhr-62Y67A6A.2n/achrI 9,842,194C. elegans NHR-62 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3F38B6.3F38B6.3n/achrX 6,693,910
4jmjd-2Y48B6A.11n/achrII 14,239,185C. elegans JMJD-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF02375 (jmjN domain) , PF02373 (JmjC domain) contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013129 (Transcription factor jumonji), IPR003347 (Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase), IPR003349 (Transcription factor jumonji, JmjN), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type), IPR002999 (Tudor)
5goa-1C26C6.2n/achrI 7,524,411goa-1 encodes an ortholog of the heterotrimeric G protein alpha subunit Go (Go/Gi class) that affects normal locomotion, egg-laying, and male mating; it genetically interacts with the egl-30 pathway, and is expressed in all neurons and sex-specific muscles.
6C31A11.7C31A11.7n/achrV 16,312,313contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
7pqn-74W02A2.3n/achrIV 13,330,430pqn-74 encodes a protein with two chitin-binding peritrophin-A domains, separated by a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain; like CEJ-1 and CPG-2, PQN-74 might participate in eggshell synthesis and early embryonic development, and PQN-74's peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
8ZK250.2ZK250.2n/achrII 1,949,294contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
9ceh-37C37E2.5n/achrX 14,203,216ceh-37 encodes one of three C. elegans proteins with an OTX-like homeodomain; however, CEH-37 lacks other domains found in OTX proteins, and the CEH-37 homeodomain is predicted to resemble the Myb domain of telomere-binding proteins; CEH-37 binds the telomeric sequence 'TTAGGC' if it is repeated at least 1.5 times, and is mainly localized to the telomere in vivo; ceh-37 mutants have a weak increase in chromosomal nondisjunction; CEH-37 is involved in specifying some aspects of the AWB olfactory neuron fate, such as expression of an AWB-specific odorant receptor and a LIM-class homeodomain protein, LIM-4; CEH-37 is expressed broadly in the early embryo, while in larvae and adults it is expressed solely in the excretory cell.
10T21B4.3T21B4.3n/achrII 12,495,897contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
11hst-3.1F40H3.5n/achrII 6,168,467C. elegans HST-3.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00685 Sulfotransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR000863 (Sulphotransferase)
12F53E10.1F53E10.1n/achrV 2,617,140contains similarity to Pfam domains PF03473 (MOSC domain) , PF03476 (MOSC N-terminal beta barrel domain) contains similarity to Interpro domains IPR005303 (MOSC, N-terminal beta barrel), IPR005302 (Molybdenum cofactor sulphurase, C-terminal), IPR011037 (Pyruvate kinase, beta-barrel-like)
13C46C11.3C46C11.3n/achrX 4,630,409
14F49E8.6F49E8.6n/achrIV 7,553,994contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
15kel-1C47D12.7n/achrII 11,692,402kel-1 encodes a BTB/POZ- and Kelch motif-containing protein orthologous to Drosophila Kelch, which is essential for actin organization in ovarian ring canals; in C. elegans, kel-1 is required for regulating feeding during larval development and more specifically, for pharyngeal isthmus peristalsis and efficient trapping of food in the pharynx; KEL-1 is first expressed at the 1.5-fold stage of embryogenesis in the pharyngeal lumen and the nerve ring; later adult and larval expression is confined to the pharyngeal gland cells in which KEL-1 may be required for maintenance of gland cell-specific structures.
16gpa-6F48C11.1n/achrX 13,192,522gpa-6 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases that affects response to water-soluble odorants; it is expressed in AWA amphid neurons, the PHB sensory cell, and (at low levels) in ASI amphid neurons.
17ZC518.4ZC518.4n/achrIV 12,367,373contains similarity to Neurospora crassa Hypothetical protein B8B8.120.; TR:Q872S5
18ZK742.4ZK742.4n/achrV 7,810,989contains similarity to Pfam domain PF00724 NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001155 (NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal)
19srx-97F19B10.7n/achrII 3,667,915C. elegans SRX-97 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
20T12E12.6T12E12.6n/achrIV 5,570,564contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)
21F11C1.1F11C1.1n/achrX 12,988,210contains similarity to Pfam domain PF06747 CHCH domain contains similarity to Interpro domain IPR010625 (CHCH)
22F29B9.10F29B9.10n/achrIV 4,659,258contains similarity to Interpro domain IPR001911 (Ribosomal protein S21)
23dmd-5F10C1.5n/achrII 5,773,110C. elegans DMD-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00751 DM DNA binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001275 (DM DNA-binding)
24glc-4C27H5.8n/achrII 7,173,524glc-4 encodes a predicted glutamate-gated chloride channel that affects ivermectin sensitivity and reversal behavior and genetically interacts with avr-14; expressed in neurons.
25F53A3.6F53A3.6n/achrIII 1,929,496contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal)
26ZK287.1ZK287.1n/achrV 9,668,349contains similarity to Interpro domain IPR006560 (AWS)
27F54E4.3F54E4.3n/achrX 14,634,171contains similarity to Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus ORF MSV230 hypothetical protein.; TR:Q9YVL2
28cdd-1C47D2.2n/achrX 8,209,904cdd-1 encodes a cytidine deaminase that contains a zinc-binding region; expressed in the intestine.
29C29H12.6C29H12.6n/achrII 6,116,301
30unc-41C27H6.1n/achrV 9,971,233unc-41 encodes an ortholog of Drosophila STONED A (STNA) required for normal locomotion; a beta-strand in the mu-adaptin-like domain of UNC-41 binds the C2A domain of SNT-1, and this binding is required for SNT-1 endocytosis, punctate localization of UNC-41 in neurons, and transgenic rescue of unc-41(e268) animals; UNC-41 is also required for normal secretion of EGL-17 from P6.p cells, and for embryonic viability; UNC-41 is expressed in the larval and adult nervous system; UNC-41, like other stonins, is an adaptin, and by orthology with stonins is predicted to be a protein adaptor that helps sort SNT-1 endocytotically.
31nhr-84T06C12.7n/achrV 15,878,178C. elegans NHR-84 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
32srbc-19C45H4.16n/achrV 2,165,802C. elegans SRBC-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR002208 (SecY protein)
33H01G02.2H01G02.2n/achrIV 11,799,864contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
34bbs-2F20D12.3n/achrIV 7,935,876bbs-2 is orthologous to human BBS2 (OMIM:606151, mutated in Bardet-Biedl syndrome 2); while the function of BBS-2 is unknown, it shares conserved domains with its human paralogs BBS1 and BBS7, which also are mutated in other Bardet-Biedl syndromes.
35T28C12.2T28C12.2n/achrV 6,330,074contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
36set-6C49F5.2n/achrX 11,972,276set-6 encodes a putative histone H3 lysine-9 methyltransferase; SET-6 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-13, SET-15, SET-19, SET-20, SET-21, and SET-32); neither set-6(tm1611) nor set-6(RNAi) have any obvious phenotypes.
37C06E4.3C06E4.3n/achrIV 7,261,440contains similarity to Pfam domains PF07993 (Male sterility protein) , PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF00106 (short chain dehydrogenase) contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013120 (Male sterility, NAD-binding)
38sem-5C14F5.5n/achrX 7,960,532sem-5 encodes a Src homology (SH) domain 2 and 3-containing protein, orthologous to human GRB2 (OMIM:108355), that functions in multiple signaling pathways during development; these pathways include those regulating sex myoblast migration, muscle membrane extension, vulval induction, fluid balance, viability, and formation of the male tail; SEM-5 acts downstream of the LET-23 epidermal growth factor receptor to negatively regulate RAS-, MAP-, as well as IP-3-, mediated signal transduction.
39M151.1M151.1n/achrII 3,642,785
40C03H5.6C03H5.6n/achrII 396,394contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
41cdr-1F35E8.11n/achrV 15,922,065cdr-1 encodes a member of the cadmium-inducible lysosomal family that affects susceptibility to cadmium toxicity; expressed in intestinal cells.
42C33B4.2C33B4.2n/achrII 11,371,111contains similarity to Aristolochia gigantea RPB140 (EC 2.7.7.6) (DNA-directed RNA polymerase beta chain)s(Fragment).; TR:O48912
43Y37H2C.4Y37H2C.4n/achrV 18,271,444contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44irx-1C36F7.1n/achrI 9,538,707irx-1 encodes a homeodomain-containing protein that is most similar to members of the Iroquois subclass of TALE (three amino acid loop extension) superclass atypical homeodomain proteins; IRX-1 is predicted to function as a transcriptional regulator during development, but as loss of irx-1 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of irx-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
45nhr-196K06B4.5n/achrV 15,686,814C. elegans NHR-196 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
46T03D8.2T03D8.2n/achrV 20,833,812contains similarity to Pfam domain PF00164 Ribosomal protein S12 contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR006032 (Ribosomal protein S12/S23), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR005679 (Ribosomal protein S12, bacterial-type)
47rsr-1F28D9.1n/achrI 11,179,945C. elegans RSR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01480 PWI domain contains similarity to Interpro domains IPR002483 (Splicing factor PWI), IPR000694 (Proline-rich region), IPR005819 (Histone H5), IPR002185 (Dopamine D4 receptor)
48ZK1055.3ZK1055.3n/achrV 6,590,794
49K03B8.6K03B8.6n/achrV 11,408,332contains similarity to Interpro domain IPR000585 (Hemopexin)
50str-144C09H5.5n/achrV 8,071,381C. elegans STR-144 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)