UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ZK930.1ZK930.10chrII 11,912,200contains similarity to Pfam domains PF02985 (HEAT repeat) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR000357 (HEAT), IPR001680 (WD40 repeat), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR016024 (Armadillo-type fold)
2clh-5C07H4.2n/achrII 9,096,575The clh-5 gene encodes a chloride channel, whose human homologs include CLC1 and CLCN5; the latter homolog is imvolved in receptor-mediated endocytosis.
3R03D7.4R03D7.4n/achrII 10,944,454contains similarity to Pfam domain PF06881 RNA polymerase II transcription factor SIII (Elongin) subunit A contains similarity to Interpro domain IPR010684 (RNA polymerase II transcription factor SIII, subunit A)
4tag-72C25A1.3n/achrI 10,160,921C. elegans TAG-72 protein; contains similarity to Pfam domains PF03291 (mRNA capping enzyme) , PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR004971 (mRNA capping enzyme, large subunit), IPR016899 (mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase), IPR002296 (N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
5F17A9.3F17A9.3n/achrV 6,106,582contains similarity to Pfam domain PF07716 Basic region leucine zipper contains similarity to Interpro domains IPR011700 (Basic leucine zipper), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor)
6F36A2.13F36A2.13n/achrI 8,833,497contains similarity to Pfam domains PF00632 (HECT-domain (ubiquitin-transferase)) , PF02207 (Putative zinc finger in N-recognin (UBR box)) contains similarity to Interpro domains IPR013993 (Zinc finger, N-recognin, metazoa), IPR009091 (Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II), IPR000569 (HECT), IPR003126 (Zinc finger, N-recognin), IPR016024 (Armadillo-type fold)
7F20D1.2F20D1.2n/achrX 14,972,677contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR000195 (RabGAP/TBC)
8F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
9ger-1R01H2.5n/achrIII 7,066,371C. elegans GER-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01370 NAD dependent epimerase/dehydratase family contains similarity to Interpro domains IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
10git-1F14F3.2n/achrX 10,526,597C. elegans GIT-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01412 (Putative GTPase activating protein for Arf) , PF00023 (Ankyrin repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR013724 (Spa2 homology (SHD) of GIT), IPR001164 (Arf GTPase activating protein), IPR002110 (Ankyrin)
11F31D4.2F31D4.2n/achrV 20,838,947contains similarity to Pfam domain PF01937 Protein of unknown function DUF89 contains similarity to Interpro domains IPR000408 (Regulator of chromosome condensation, RCC1), IPR002791 (Protein of unknown function DUF89)
12tag-135D1054.15n/achrV 10,807,021C. elegans TAG-135 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR009146 (Groucho/transducin-like enhancer), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
13knl-3T10B5.6n/achrV 1,869,885knl-3 encodes a novel protein; KNL-3 activity is essential for formation of a functional kinetochore and thus, for proper chromosome segregation and spindle pole separation; KNL-3 localizes to kinetochores throughout mitosis and this localization requires the activity of HCP-4 (CENP-C), a conserved kinetochore component that likely directs kinetochore assembly; KNL-3 copurifies with a group of 10 closely interacting kinetochore proteins that includes KNL-1, NDC-80, MIS-12, HIM-10, and KBP-1, -2, -3, -4, and-5; KNL-3 also copurifies with HCP-4(CENP-C).
14T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
15K06B9.4K06B9.4n/achrIV 4,192,228
16F21H12.1F21H12.1n/achrII 6,098,704contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
17arx-7M01B12.3n/achrI 3,069,767arx-7 encodes the C. elegans ortholog of the p16Arc subunit of the actin-related protein (Arp)2/3 complex.
18F54H12.2F54H12.2n/achrIII 7,965,139contains similarity to Interpro domain IPR000358 (Ribonucleotide reductase)
19scc-3F18E2.3n/achrV 12,765,914scc-3 encodes a cohesin complex subunit homologous to Saccharomyces cerevisiae Irr1p/Scc3p; SCC-3 is required during meiosis for synaptonemal complex formation and sister chromatid cohesion, proper localization of REC-8 to chromosomes, mitotic chromosome segregation, embryonic development, and vulval morphogenesis; in embryos, SCC-3 forms a cohesin complex with SCC-1, SMC-1, SMC-3, and TIM-1, a HEAT/Armadillo repeat-containing protein related to Drosophila TIMELESS; in the germline, SCC-3 associates with chromatin of transistion zone nuclei, assembles along the longitudinal axes of synapsed chromosomes at pachytene, and unlike other cohesins, localizes throughout chromatin at diakinesis; SCC-3 localization requires TIM-1, and SCC-3 and REC-8 are mutually required for chromatin localization.
20npp-11F53F10.5n/achrI 3,819,703C. elegans NPP-11 protein; contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR007758 (Nucleoporin, Nsp1-like, C-terminal)
21T07G12.8T07G12.8n/achrIV 10,553,796contains similarity to Thermoplasma volcanium ABC transport system permease protein P1P2A1A2.; TR:Q978R0
22fipr-15F13E9.3n/achrIV 10,880,611C. elegans FIPR-15 protein; contains similarity to Interpro domain IPR005137 (Photosystem I assembly BtpA)
23abu-3F31A3.1n/achrX 17,553,848abu-3 encodes a transmembrane protein with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-3 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum (ER), and ABU-3 may function within the ER to protect the organism from damage by improperly folded nascent protein; abu-3 expression is enhanced in ER-stressed animals in which the unfolded protein response (UPR) is blocked by mutations in xbp-1, a bZIP transcription factor.
24snr-2W08E3.1n/achrI 13,339,794C. elegans SNR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01423 LSM domain contains similarity to Interpro domains IPR001163 (Like-Sm ribonucleoprotein, core), IPR006649 (Like-Sm ribonucleoprotein, eukaryotic and archaea-type, core), IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
25T07F12.4T07F12.4n/achrX 4,897,382contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
26Y8A9A.3Y8A9A.3n/achrII 3,791,812contains similarity to Interpro domain IPR009071 (High mobility group box, HMG)
27ckb-3B0285.10n/achrIII 4,371,823ckb-3 encodes a putative choline kinase; CKB-1 through CKB-4 comprise a related group ('B') of choline kinases.
28C03H5.3C03H5.3n/achrII 387,056contains similarity to Interpro domain IPR002408 (Natriuretic peptide, brain type)
29Y47H9C.8Y47H9C.8n/achrI 11,895,073contains similarity to Streptococcus pneumoniae Magnesium transporter, CorA family.; TR:Q97SX8
30srg-47C53A5.8n/achrV 14,555,611C. elegans SRG-47 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
31C05C8.2C05C8.2n/achrV 7,231,951contains similarity to Interpro domain IPR004087 (K Homology)
32T20F5.7T20F5.7n/achrI 3,926,864contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
33pat-3ZK1058.2n/achrIII 3,911,515C. elegans PAT-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) , PF00362 (Integrin, beta chain) , PF07965 (Integrin beta tail domain) , PF07974 (EGF-like domain) (2), PF08725 (Integrin beta cytoplasmic domain) contains similarity to Interpro domains IPR002369 (Integrin beta subunit, N-terminal), IPR012896 (Integrin beta subunit, tail), IPR001169 (Integrin beta subunit, C-terminal), IPR006209 (EGF-like), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR015812 (Integrin beta subunit), IPR014836 (Integrin beta subunit, cytoplasmic), IPR003659 (Plexin/semaphorin/integrin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR012012 (Integrin beta subunit, subgroup), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
34B0348.5B0348.5n/achrV 6,100
35ent-1ZK809.4n/achrIV 11,654,417ent-1 encodes a predicted equilibrative nucleoside transporter 1 that affects growth.
36C02C2.4C02C2.4n/achrIII 7,863,860contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
37pqn-20C37A2.2n/achrI 6,794,248The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
38F10C2.4F10C2.4n/achrV 12,043,441F10C2.4 encodes a homolog of the DNA polymerase delta complex subunit A that is required in embryos for the normal timing of embryonic cell divisions (much as DIV-1 is) and, also, for normal chromosome segregation (probably because of defective DNA replication).
39drr-2T12D8.2n/achrIII 13,643,031C. elegans DRR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
40Y47G7B.2Y47G7B.2n/achrII 2,706,989
41bub-1R06C7.8n/achrI 7,253,581bub-1 encodes a serine/threonine kinase orthologous to Saccharomyces cerevisiae BUB1 which is required for proper function of the mitotic spindle assembly checkpoint and human BUB1 (OMIM:602452) which is mutated in some colorectal cancers; BUB-1 activity is required at several stages of development, including embryogenesis; BUB-1 is expressed predominantly in the anterior of the embryo and in hypodermal seam cells during the L1 and L2 larval stages.
42M01E5.4M01E5.4n/achrI 13,288,518contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of UPF0561 protein; ENSEMBL:ENSP00000304410
43tac-1Y54E2A.3n/achrII 14,753,292tac-1 encodes the sole C. elegans member of the transforming acidic coiled-coil (TACC) protein family whose members contain highly conserved C-terminal coiled-coil domains; during early embryogenesis, TAC-1 activity is essential for such microtubule-based processes as pronuclear migration and mitotic spindle elongation; TAC-1 interacts in vivo with, and mutually stabilizes, ZYG-9, a microtubule-associated protein (MAP) also required for pronuclear migration; TAC-1 also interacts with ZYG-8, a kinase domain-containing MAP required for proper spindle positioning during anaphase of the first embryonic cell division; TAC-1 is a core component of centrosomes, and also localizes to the meiotic spindle poles, the mitotic spindle, and the cytoplasm.
44T08D2.1T08D2.1n/achrX 162,831contains similarity to Pfam domain PF01105 emp24/gp25L/p24 family/GOLD contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR009038 (GOLD), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
45F57B10.1F57B10.1n/achrI 6,582,350contains similarity to Pfam domains PF07716 (Basic region leucine zipper) , PF00170 (bZIP transcription factor) contains similarity to Interpro domains IPR002112 (Transcription factor Jun), IPR011700 (Basic leucine zipper), IPR004827 (Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor), IPR002227 (Tyrosinase), IPR008917 (Eukaryotic transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding), IPR011616 (bZIP transcription factor, bZIP-1)
46M03C11.8M03C11.8n/achrIII 10,432,042contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR000330 (SNF2-related), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
47ZK632.7ZK632.7n/achrIII 9,821,105contains similarity to Interpro domain IPR011009 (Protein kinase-like)
48T08A11.2T08A11.2n/achrIII 4,266,506T08A11.2 encodes the C. elegans ortholog of splicing factor 3b subunit 1, also known as SAP155; by homology, the product of T08A11.2 is predicted to be a component of the U2 snRNP that is required for pre-mRNA splicing; large-scale RNAi assays indicate that T08A11.2 activity is essential for a number of processes including embryonic development, normal adult lifespan, vulval morphogenesis, locomotion, and transgene expression and localization.
49glt-6R05G6.6n/achrIV 7,505,011glt-6 encodes an ortholog of glutamate/aspartate and neutral amino acid transporters.
50zyg-9F22B5.7n/achrII 8,461,098zyg-9 encodes a predicted microtubule-association protein (MAP) of the XMAP215 family; during early embryonic development, maternal zyg-9 activity is required for microtubule-dependent processes such as meiotic and mitotic spindle organization and pronuclear migration; further, zyg-9 is essential for formation of long astral microtubules; ZYG-9 is required for centrosomal localization of TAC-1, the sole C. elegans TACC family member, with which it interacts, and mutually stabilizes, in vivo; in early embryos, ZYG-9 localizes to the meiotic spindle and spindle poles, as well as to mitotic centrosomes; during metaphase and anaphase ZYG-9 localizes to the central spindle region, and during interphase ZYG-9 is cytoplasmic; proper localization of ZYG-9 to the meiotic spindle is dependent upon wild-type activity of MEI-1, an ATPase essential for meiotic spindle formation, while proper localization of ZYG-9 to centrosomes is dependent, at least in part, upon TAC-1.