UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1hsp-16.49T27E4.92e-78chrV 9,089,499hsp-16.49 encodes a 16-kD heat shock protein (HSP) that is a member of the hsp16/hsp20/alphaB-crystallin (HSP16) family of heat shock proteins, and that is identical to the protein encoded by hsp-16.48; HSP-16.49 is likely to function as a passive ligand temporarily preventing unfolded proteins from aggregating.
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3hsp-16.11T27E4.21e-27chrV 9,090,335hsp-16.11 encodes a 16-kD heat shock protein (HSP) that is a member of the hsp16/hsp20/alphaB-crystallin (HSP16) family of heat shock proteins, and that is identical to the protein encoded by hsp-16.1; hsp-16.11 expression is induced in response to heat shock or other environmental stresses; HSP-16.11 is likely to function as passive ligand temporarily preventing unfolded proteins from aggregating; HSP-16.11 has been shown to interact with intracellular human beta amyloid peptide, a primary component of the extracellular plaques found in Alzheimer's disease.
4hsp-16.1T27E4.81e-27chrV 9,087,496hsp-16.1 encodes a 16-kD heat shock protein (HSP) that is a member of the hsp16/hsp20/alphaB-crystallin (HSP16) family of heat shock proteins, and that is identical to the protein encoded by hsp-16.11; an hsp-16.1 reporter fusion, expressed broadly but most strongly in muscle and hypodermis, is induced solely in response to heat shock or other environmental stresses; expression is detectable in somatic tissues in post-gastrulation embryos, all larval stages, and in adults; HSP-16.1 is likely to function as a passive ligand temporarily preventing unfolded proteins from aggregating.
5W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
6C10E2.1C10E2.1n/achrX 16,765,099
7F44E5.5F44E5.5n/achrII 11,760,682F44E5.5 encodes a member of the Hsp70 family of heat shock proteins; as loss of F44E5.5 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious defects, the precise role of F44E5.5 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
8F44E5.4F44E5.4n/achrII 11,758,124F44E5.4 encodes a member of the Hsp70 family of heat shock proteins; as loss of F44E5.4 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious defects, the precise role of F44E5.4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
9T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
10skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
11F33H2.3F33H2.3n/achrI 15,034,979contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003603 (U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal)
12R06C1.4R06C1.4n/achrI 11,931,232contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR002343 (Paraneoplastic encephalomyelitis antigen)
13math-41T08E11.4n/achrII 1,827,415C. elegans MATH-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
14tni-1F42E11.4n/achrX 11,376,606tni-1 encodes a member of the troponin family that affects body morphology, locomotion, egg laying, and epithelial morphogenesis in a large-scale RNAi analysis.
15F53F1.4F53F1.4n/achrV 13,411,377contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR013286 (Annexin, type VII)
16nhr-3H01A20.1n/achrX 14,559,886nhr-3 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain; nhr-3 has been identified and characterised as a gene affected by ethanol exposure in a microarray analysis of all C. elegans ORFs.
17T09B4.8T09B4.8n/achrI 6,165,631contains similarity to Pfam domain PF00202 Aminotransferase class-III contains similarity to Interpro domains IPR005814 (Aminotransferase class-III), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
18uaf-2Y116A8C.35n/achrIV 17,117,717uaf-2 encodes an essential U2AF35 homolog clustered in an operon with cyp-13 (RRM/cyclophilin); UAF-2's sequence is somewhat atypical for U2AF proteins (it lacks an identifiable N-terminal RNA-binding RS domain, while having an glycine-rich C-terminal region).
19ZK682.5ZK682.5n/achrV 9,285,827contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR000483 (Cysteine-rich flanking region, C-terminal), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR000480 (Glutelin)
20C30C11.4C30C11.4n/achrIII 8,445,492C30C11.4 encodes a member of the Hsp70 family of heat shock proteins; loss of C30C11.4 activity via large-scale RNAi screens results in a variety of defects including embryonic and larval lethality, slow growth rates, and locomotory and morphological defects; in addition loss of C30C11.4 has been reported to result in a small but reproducible reduction in adult lifespan in otherwise long-lived animals.
21nhr-45F16H11.5n/achrX 4,658,348C. elegans NHR-45 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
22myo-3K12F2.1n/achrV 12,230,556myo-3 encodes MHC A, the minor isoform of MHC (myosin heavy chain) that is essential for thick filament formation, and for viability, movement, and embryonic elongation; expressed in body muscle, the somatic sheath cell covering the hermaphrodite gonad, and also expressed in enteric muscle, vulval muscles of the hermaphrodite and the diagonal muscles of the male tail.
23F57B9.3F57B9.3n/achrIII 6,940,892contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
24lpd-6K09H9.6n/achrI 3,146,111lpd-6 encodes a predicted rRNA-binding protein that is orthologous to Drosophila Peter Pan and the Saccharomyces cerevisiae SSF1 and SSF2 proteins that are required for ribosomal large subunit maturation; loss of lpd-6 activity via RNAi indicates that, in C. elegans, LPD-6 is required for fat storage and for larval growth and development; based upon its similarity to yeast SSF1 and SSF2, LPD-6 is predicted to be a nucleolar protein.
25Y45G12C.3Y45G12C.3n/achrV 2,556,848contains similarity to Pfam domain PF02798 Glutathione S-transferase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
26F39H12.3F39H12.3n/achrX 839,898contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) (3), PF02197 (Regulatory subunit of type II PKA R-subunit) contains similarity to Interpro domains IPR003117 (cAMP-dependent protein kinase, regulatory subunit, type I/II alpha/beta), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region)
27col-76M110.1n/achrII 8,205,836C. elegans COL-76 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
28dnj-13F54D5.8n/achrII 11,546,449This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
29gei-13F58A4.11n/achrIII 9,634,553gei-13 encodes a protein, with a BED finger domain (predicted to be DNA-binding) and a glutamine/asparagine-rich domain; GEI-13 physically interacts with GEX-3, and is required for normal body shape, cuticle synthesis, and locomotion.
30inx-5R09F10.4n/achrX 8,301,164inx-5 encodes a predicted member of the innexin family; expressed in the embryonic hypodermis, developing vulva, seam cells, and spermatheca.
31atp-2C34E10.6n/achrIII 5,229,290atp-2 encodes the beta subunit of the soluble, catalytic F1 portion of ATP synthase (mitochondrial respiratory chain [MRC] complex V); atp-2 activity is required for embryonic and larval development past the L3 stage, as well as for normal mobility, pharyngeal pumping, defecation, growth rate, and larval lifespan; in males, atp-2 activity is also required cell autonomously in male-specific sensory neurons for response to hermaphrodite contact, the first step in a series of stereotypical male mating behaviors; in vitro, the N-terminus of ATP-2 interacts directly with the conserved PLAT domains of human polycystin (PC)-1 and C. elegans LOV-1, which is expressed exclusively in adult male sensory neurons and is also required for the response to hermaphrodite contact; atp-2 is widely expressed throughout development in both sexes; ATP-2 localizes to mitochondria and to cilia of male-specific neurons; in the male-specific CEM neurons ATP-2 colocalizes with PKD-2, the C. elegans homolog of human polycystin (PC)-2.
32Y57A10C.6Y57A10C.6n/achrII 12,424,519contains similarity to Pfam domain PF00108 Thiolase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR002155 (Thiolase), IPR016039 (Thiolase-like)
33F53F1.5F53F1.5n/achrV 13,415,573contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR001859 (Ribosomal protein P2), IPR013286 (Annexin, type VII)
34hex-2C14C11.3n/achrV 5,656,509hex-2 encodes a beta-N-acetylhexosaminidase.
35gst-13T26C5.1n/achrII 9,231,840C. elegans GST-13 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
36pqn-71T23F1.6n/achrV 15,466,350The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
37eif-3.DR08D7.3n/achrIII 8,970,522eif-3.D encodes the C. elegans ortholog of the translation initiation factor 3 subunit d (eIF3d/Moe1); by homology, EIF-3.D is predicted to function as part of the eIF3 translation initiation complex but also as part of a Ras-mediated pathway that regulates mitotic spindle formation; in C. elegans, large-scale RNAi screens indicate that eif-3.D is required for embryonic and germline development, locomotion, and normal rates of post-embryonic growth; in the early embryo, eif-3.D is specifically required for the fidelity of meiotic divisions and normal pseudocleavage; eif-3.D function is likely conserved, as expression of eif-3.D in Schizosaccharomyces pombe can rescue the mitotic spindle and growth defects associated with moe1 mutant cells; to date, eif-3.D expression has been reported in anterior neurons and the pharynx, beginning at late stages of embryogenesis.
38scl-6C39E9.4n/achrIV 13,069,292C. elegans SCL-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
39F48E3.3F48E3.3n/achrX 7,498,278contains similarity to Pfam domain PF06427 UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR009448 (UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase)
40R102.2R102.2n/achrIV 10,687,836contains similarity to Oryza sativa Hypothetical protein.; TR:Q8H050
41ife-2R04A9.4n/achrX 382,059ife-2 encodes a translation initiation factor 4F, cap-binding subunit (eIF-4E); by homology, IFE-2 is predicted to function in cap-dependent mRNA translation initiation; loss of ife-2 activity in adult animals extends lifespan.
42dnj-19T05C3.5n/achrV 5,504,025This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
43nol-5W01B11.3n/achrI 3,268,107C. elegans NOL-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF01798 (Putative snoRNA binding domain) , PF08060 (NOSIC (NUC001) domain) , PF08156 (NOP5NT (NUC127) domain) contains similarity to Interpro domains IPR012974 (NOP5, N-terminal), IPR005819 (Histone H5), IPR002687 (Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, binding region), IPR012976 (NOSIC)
44aip-1F58E10.4n/achrV 14,012,966aip-1 encodes an AN-1-like zinc finger-containing protein homologous to arsenite-inducible RNA-associated protein (AIRAP), conserved among C. elegans, Drosophila, and mammals; like AIRAP itself, AIP-1 protects cells from arsenite toxicity; AIP-1 is a predicted RNA binding protein that may function in ubiquitin-mediated proteolysis following aresenite treatment; AIP-1 does not appear to be essential for viability, but is expressed at high levels in hypodermal and intestinal cells following such treatment.
45F14D7.6F14D7.6n/achrV 14,303,902contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
46Y47D3B.6Y47D3B.6n/achrIII 11,427,622contains similarity to Pfam domain PF01683 EB module contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
47R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
48ile-2T04G9.3n/achrX 769,684C. elegans ILE-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF03388 (Legume-like lectin family) , PF00139 (Legume lectin domain) contains similarity to Interpro domains IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR001220 (Legume lectin, beta domain), IPR005052 (Legume-like lectin), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
49F29C12.4F29C12.4n/achrII 13,119,692contains similarity to Pfam domains PF03764 (Elongation factor G, domain IV) , PF03144 (Elongation factor Tu domain 2) , PF00009 (Elongation factor Tu GTP binding domain) , PF00679 (Elongation factor G C-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR005517 (Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR004161 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2), IPR009000 (Translation elongation and initiation factors/Ribosomal, beta-barrel), IPR000640 (Translation elongation factor EFG/EF2, C-terminal), IPR004540 (Translation elongation factor EFG/EF2), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold), IPR009022 (Elongation factor G, III and V)
50H06H21.3H06H21.3n/achrIV 4,811,443contains similarity to Pfam domain PF01176 Translation initiation factor 1A / IF-1 contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR006196 (S1, IF1 type), IPR001253 (Eukaryotic initiation factor 1A (eIF-1A))