UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1fbxb-31M151.57e-168chrII 3,638,541C. elegans FBXB-31 protein; contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
2C37C3.1C37C3.1n/achrV 7,858,917contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domains IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464), IPR005448 (Voltage-dependent calcium channel, P/Q-type, alpha-1 subunit)
3rnp-3K08D10.3n/achrIV 4,175,171rnp-3 encodes the small nuclear ribonucleoprotein (snRNP)-associated protein RNP-3/U2B''; genetically, rnp-3 appears to function redundantly with rnp-2/U1A: loss of rnp-3 activity alone results in low levels of embryonic and total lethality, while animals doubly mutant for rnp-3 and rnp-2/U1A show much higher levels of embryonic and total lethality; in addition, animals doubly mutant for SAP-1/U2A' and RNP-3/U2B'', display a much more severe phenotype than either single mutation, indicating that in vivo, these proteins have some independent functions; immunoprecipitation experiments indicate that RNP-3 associates with U2 RNA in vivo and that this association does not require the presence of SAP-1/U2A'.
4T07A9.1T07A9.1n/achrIV 384,318contains similarity to Homo sapiens Protein; VG:OTTHUMP00000025811
5C50E3.11C50E3.11n/achrV 7,602,879contains similarity to Interpro domain IPR002666 (Reduced folate carrier)
6K08F11.2K08F11.2n/achrIV 4,718,190contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
7mtr-4W08D2.7n/achrIV 9,828,133C. elegans MTR-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF08148 (DSHCT (NUC185) domain) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR016438 (RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR012961 (DSH, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
8F59A2.5F59A2.5n/achrIII 3,405,129F59A2.5 encodes a moderately small (123-residue) protein; F59A2.5 is orthologous to Brugia 14979.m04575, and more distantly similar to budding yeast Pcc1p, to human CTAG1B (OMIM:300156, cancer antigen), CTAG2 (OMIM:300396, melanoma antigen), and LAGE3 (OMIM:300060), and to many other uncharacterized proteins, ~80-200 residues long, in animals, fungi, and plants; F59A2.5 is required for fertility and embryonic development in mass RNAi assays and is bound by CKU-80 in two-hybrid assays; F59A2.5 is transcriptionally activated by HLH-2 and HLH-8, but has no known expression pattern; while F59A2.5 is putatively secreted and its human homologs are antigens, its yeast homolog Pcc1p is thought to be a transcription factor.
9ZC395.11ZC395.11n/achrIII 5,286,154
10C49D10.10C49D10.10n/achrII 3,875,377C49D10.10 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; C49D10.10 has no clear orthologs in other organisms.
11die-1C18D1.1n/achrII 10,064,931die-1 encodes a C2H2 zinc finger protein containing four fingers, homologous to CG18265-PA in Drosophila; DIE-1 is autonomously required in the posterior dorsal hypodermis for intercalation, for morphogenesis in other embryonic tissues, and for normal postembryonic growth and vulval development.
12srx-53T27C5.2n/achrV 17,400,916C. elegans SRX-53 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010989 (t-SNARE)
13C25G6.5C25G6.5n/achrX 1,253,316contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002232 (5-Hydroxytryptamine 6 receptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
14vhl-1F08G12.4n/achrX 11,307,692vhl-1 is orthologous to the mammalian tumor suppressor gene Von Hippel-Landau syndrome (VHL; OMIM:193300), which is part of a ubiquitylation complex targetting proteins for proteasomal degradation.
15B0261.1B0261.1n/achrI 5,266,041contains similarity to Pfam domain PF00249 Myb-like DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR014778 (Myb, DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
16dnj-15K08D10.2n/achrIV 4,177,547This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
17elb-1Y41C4A.10n/achrIII 11,719,034elb-1 encodes an Elongin B ortholog required for chromosome condensation and segregation during mitosis and meiotic division II, and also for cell proliferation (probably through degradation of CKI-1); elb-1(RNAi) animals tend to arrest at the second meiotic cell division, with escapers showing many other defects in chromosomal dynamics and cell cycle control such as abnormal pronuclear rotation and cortical protrusion, aberrant chromosomal structures in the intestine, and deficient germ cell proliferation; ELB-1 interacts with ELC-1 and ELC-2 in bacterial two-hybrid experiments.
18mdt-29K08E3.8n/achrIII 13,776,056mdt-29 encodes a putative mediator subunit with a prion-like (asparagine- or glutamine-rich) domain; note that K08E3.8 is allegedly an ortholog of Drosophila INTERSEX/IX, but the actual C. elegans IX ortholog appears to be PQN-15); in yeast two-hybrid screens, MDT-29 interacts with SEL-7 and SEL-8; MDT-29 protein also self-associates; RNAi of K08E3.8 weakly enhances the two-anchor-cell phenotype of lin-12(ar170), roughly as much as sel-7 RNAi; since SEL-7 is a novel nuclear protein, MDT-29/SEL-7/SEL-8 is likely to form a nuclear complex formed in response to LIN-12 activation.
19fbxb-74R08C7.90.0004chrIV 4,438,735This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
20taf-4R119.6n/achrI 385,688taf-4 encodes a TAFII (TBP(TATA-binding protein)-associated factor) that is orthologous to human TAF4 (hTAFII130); TAF-4 is predicted to be a component of the TFIID mRNA transcription complex and is generally required for early embryonic mRNA transcription; consistent with this observation, taf-4(RNAi) results in embryonic lethality at the ~100-cell stage with little cell differentiation, similar to the loss of AMA-1/RNA polymerase II activity; TAF-4 is detected in nuclei in the adult germline, oocytes, and embryo, from the 2-cell stage through early morphogenesis.
21F23C8.9F23C8.9n/achrI 2,433,103contains similarity to Pfam domain PF07962 Replication Fork Protection Component Swi3 contains similarity to Interpro domain IPR012923 (Replication fork protection component Swi3)
22T05H4.11T05H4.11n/achrV 6,425,085
23Y53C12B.6Y53C12B.6n/achrII 9,723,099contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
24C18A3.2C18A3.2n/achrII 5,719,035contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
25C41H7.3C41H7.3n/achrII 3,006,666contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
26dpm-1Y66H1A.2n/achrIV 447,058dpm-1 encodes a putative catalytic subunit of dolichol phosphate mannosyltransferase, orthologous to budding yeast and human DPM1 (OMIM:603503, mutated in congenital disorder of glycosylation type Ie); in mass RNAi assays, DPM-1 is required for embryonic viability and proper cortical motion in the early embryo.
27rha-1T07D4.3n/achrII 8,880,999rha-1 encodes an ATP-dependent DEAD/H box RNA helicase orthologous to human RNA helicase A and Drosophila Maleless, an essential component of the dosage compensation machinery required for increased X-linked transcription in males; by homology, RHA-1 is predicted to function in regulation of transcription, translation, RNA processing, and/or RNA replication; in C. elegans, RHA-1 is required for germ cell proliferation, normal germ cell nuclear morphology, RNA-mediated interference (RNAi) of germline-expressed genes, and silencing of germline-expressed transgenes; RHA-1 is reported to localize to the nucleus and the cytoplasm.
28ZK154.4ZK154.4n/achrX 7,779,677
29hda-2C08B11.2n/achrII 8,021,602hda-2 encodes a Class I histone deacetylase; by homology, HDA-2 is predicted to function in deacetylation of histone residues and transcriptional regulation; loss of hda-2 activity via RNAi results in an increased spontaneous mutation rate, suggesting that hda-2 also plays a role in regulating genome stability.
30C50D2.5C50D2.5n/achrII 98,671contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR002343 (Paraneoplastic encephalomyelitis antigen)
31F12F6.8F12F6.8n/achrIV 11,556,346contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Adenylate cyclase (EC 4.6.1.1) (ATP pyrophosphate-lyase) (Adenylylscyclase).; SW:CYAA_SCHPO
32fbxa-200T07D3.1n/achrII 905,248C. elegans FBXA-200 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
33psa-4F01G4.1n/achrIV 11,128,568The psa-4 (phasmid socket absent) gene encodes an ortholog of SWI2/SNF2, a component of the SWI/SNF complex that is conserved from yeast to mammals and that is involved in chromatin remodeling; psa-4 is probably required during mitosis of the T cells for asymmetric cell division.
34gcy-20F21H7.9n/achrV 16,251,158gcy-20 encodes a predicted guanylate cyclase.
35efl-1Y102A5C.18n/achrV 16,962,099efl-1 encodes a homolog of mammalian E2F that is required for embryonic asymmetry and that functions as a transcriptional repressor; during vulval development, efl-1, a class B synMuv gene, acts with class B synMuv genes dpl-1 and lin-35/Rb to antagonize receptor tyrosine kinase and Ras-mediated signaling; EFL-1 also negatively regulates the G1 to S phase cell cycle transition.
36K10E9.1K10E9.1n/achrI 196,071
37F32B6.3F32B6.3n/achrIV 9,883,182contains similarity to Pfam domains PF02840 (Prp18 domain) , PF08799 (pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like) contains similarity to Interpro domains IPR014906 (Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like), IPR003648 (Splicing factor motif), IPR004098 (Prp18)
38glb-18F52A8.4n/achrI 7,344,423glb-18 encodes a globin; glb-18 is expressed in larval and adult neurons and excretory gland cells, and in adult spermetheca and vulva; glb-18 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-18 has no obvious function in mass RNAi assays.
39C17E4.6C17E4.6n/achrI 9,426,826contains similarity to Pfam domains PF05764 (YL1 nuclear protein) , PF08265 (YL1 nuclear protein C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013272 (YL1 nuclear, C-terminal), IPR008895 (YL1 nuclear)
40chn-1T09B4.10n/achrI 6,182,743chn-1 encodes an ortholog of mammalian carboxyl-terminus of Hsc70 interacting protein (CHIP), an E4 ubiquitin-chain elongation factor; chn-1 is ubiquitously expressed; chn-1(by155) mutants are viable and superficially normal, but have reduced fertility and arrest as larvae if subjected to heat shock; chn-1 overexpression causes either embryonic lethality (if strong) or defective egg-laying and locomotion, along with constitutive dauer formation (if weak); chn-1(by155) mutations suppress viable unc-45(e286ts) and unc-45(m94ts) mutations, but not lethal unc-45(st604) ones; chn-1(by155) mutants, unlike wild-type, show defective sarcomeres if overexpressing unc-45 from a extrachromosomal array; CHN-1 binds the ubiquitin conjugating enzyme UFD-2, which in turn binds the Hsp90 cochaperone UNC-45; UNC-45 is a substrate for CHN-1- and UFD-2-dependent multiubiquitination; the parkin ortholog PDR-1 binds CHN-1, and requires CHN-1 for self-ubiquitination; chn-1(RNAi) animals accumulate abnormally phosphorylated tau proteins.
41F22B5.10F22B5.10n/achrII 8,467,514contains similarity to Pfam domain PF05809 Eukaryotic protein of unknown function (DUF841) contains similarity to Interpro domain IPR008559 (Protein of unknown function DUF841, eukaryotic)
42spr-5Y40B1B.6n/achrI 13,443,987spr-5 encodes the C. elegans ortholog of the human histone demethylase LSD1 (lysine-specific demethylase 1) that functions to mediate chromatin remodeling and transcriptional regulation; loss of spr-5 activity can suppress the egg-laying defective (Egl) phenotype of mutations in sel-12/presenilin and derepresses expression of hop-1, which encodes the second C. elegans presenilin, by 20- to 30-fold; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-5 interacts with SPR-1, the C. elegans ortholog of CoREST.
43Y47H9C.8Y47H9C.8n/achrI 11,895,073contains similarity to Streptococcus pneumoniae Magnesium transporter, CorA family.; TR:Q97SX8
44spt-4F54C4.2n/achrIII 69,455C. elegans SPT-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF06093 Transcription elongation protein Spt4 contains similarity to Interpro domains IPR016046 (Transcription initiation Spt4-like), IPR009287 (Transcription initiation Spt4)
45ceh-49F17A9.6n/achrV 6,119,282ceh-49 encodes a divergent ONECUT class CUT homeobox protein with a single N-terminal cut domain; CEH-49 has an atypical tyrosine residue at position 48 of its homeodomain rather than a phenylalanine or tryptophan residue; the cut domain may be a compact DNA-binding domain composed of alpha helices; phylogenetically, CEH-49 is (somewhat distantly) affiliated with CEH-48, Drosophila ONECUT, and mammalian HNF6 proteins; CEH-49 has no obvious function in mass RNAi assays.
46T23E1.2T23E1.2n/achrIV 3,144,252
47mix-1M106.1n/achrII 10,832,781The mix-1 gene encodes a homolog of SMC2 involved in chromosome segregation, X-chromosome gene regulation, and repression of X-linked genes during dosage compensation.
48C24D10.4C24D10.4n/achrIV 5,160,919
49T22C1.6T22C1.6n/achrI 7,944,147contains similarity to Homo sapiens Alpha-taxilin; ENSEMBL:ENSP00000362711
50T10C6.5T10C6.5n/achrV 16,023,741contains similarity to Pfam domain PF04889 Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein contains similarity to Interpro domain IPR006973 (Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein)