UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1arr-1F53H8.20chrX 952,505arr-1 encodes the C. elegans beta-arrestin ortholog (OMIM:107940, 107941, mice lacking beta-arrestin family members display defects in G protein-coupled receptor desensitization); by homology, ARR-1 is predicted to be a multifunctional adaptor protein that interacts with intracellular signaling molecules as well as activated and phosphorylated G protein-coupled and TGF-beta receptors to: 1) downregulate receptor signaling, 2) promote receptor endocytosis, and 3) activate MAP kinase- and Src-dependent signaling pathways; in vivo, arr-1 activity is required for normal egg laying and for proper olfactory adaptation and recovery to volatile odorants; in addition, animals doubly mutant for arr-1 and grk-2, which encodes a G protein-coupled receptor kinase, are sick and slow growing; ARR-1 is detected throughout the nervous system and is highly expressed in the amphid chemosensory neurons; in neuronal cells, ARR-1 appears to be largely cytoplasmic; ARR-1 interacts physically with clathrin and beta2-adaptin, two proteins involved in receptor endocytosis.
2R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
3sel-7K04G11.2n/achrX 14,336,558sel-7 encodes a novel protein with two predicted PEST sequences that is conserved in the related nematode C. briggsae and several parasitic nematodes, but has no known homologs in other organisms; sel-7 was identified in screens for suppressors of dominant lin-12 mutations that result in vulvaless and egg-laying defective animals; although loss of SEL-7 function via mutation or RNAi results in no obvious defects in a wild-type background, genetic studies suggests that SEL-7 acts downstream of LIN-12/Notch to positively regulate LIN-12 signaling, perhaps by regulating the activity or formation of the LAG-1, LIN-12(intra), SEL-8 nuclear complex; in vitro, SEL-7 self-associates and also interacts with TIR-1 (F13B10.1B), a protein that contains sterile alpha and Toll interleukin receptor motifs, and MDT-29 (K08E3.8), a glutamine-rich protein similar to mediator complex subunits, however the functional significance of these interactions is not yet known; a SEL-7::GFP translational fusion reveals expression in the nuclei of several cell types, including vulval precursor cells and those of the developing gonad.
4plx-2K04B12.1n/achrII 14,421,292C. elegans PLX-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF01833 (IPT/TIG domain) (3), PF01437 (Plexin repeat) (3), PF08337 (Plexin cytoplasmic region) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR002165 (Plexin), IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR002909 (Cell surface receptor IPT/TIG), IPR001627 (Semaphorin/CD100 antigen), IPR003659 (Plexin/semaphorin/integrin), IPR016201 (Plexin-like fold), IPR013548 (Plexin cytoplasmic region), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
5lin-66B0513.1n/achrIV 13,891,003lin-66 encodes an unfamiliar protein, with visible homologs only in nematodes, that was identified in screens for molecules that interact with GEX-3, a homolog of mammalian protein ligands of the small GTPase Rac1, that is essential for ventral enclosure during embryonic development; LIN-66 is expressed in body wall and vulval muscles, and is also detected in the intestine, neurons, and probably the hypodermis.
6T13H5.3T13H5.3n/achrII 8,522,122contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001579 (Glycoside hydrolase, chitinase active site), IPR001002 (Chitin-binding, type 1)
7nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
8ssr-2C14A11.7n/achrX 2,825,197C. elegans SSR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR002041 (Ran GTPase), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras), IPR006689 (ARF/SAR superfamily)
9tbb-4B0272.1n/achrX 9,435,612C. elegans TBB-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00091 (Tubulin/FtsZ family, GTPase domain) , PF03953 (Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002454 (Gamma tubulin), IPR002452 (Alpha tubulin), IPR002453 (Beta tubulin), IPR000158 (Cell division protein FtsZ, N-terminal), IPR000217 (Tubulin), IPR003008 (Tubulin/FtsZ, GTPase), IPR008280 (Tubulin/FtsZ, C-terminal), IPR013838 (Beta tubulin, autoregulation binding site), IPR004057 (Epsilon tubulin), IPR002967 (Delta tubulin)
10W08G11.1W08G11.1n/achrV 16,348,431contains similarity to Pfam domains PF00788 (Ras association (RalGDS/AF-6) domain) , PF02204 (Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain) contains similarity to Interpro domains IPR013995 (Vacuolar sorting protein 9, subgroup), IPR003123 (Vacuolar sorting protein 9), IPR000159 (Ras-association)
11klp-6R144.1n/achrIII 5,034,241klp-6 encodes a predicted monomeric kinesin and member of the UNC-104 family.
12vab-9T22C8.8n/achrII 8,636,902vab-9 encodes a claudin homolog orthologous to human brain cell membrane protein 1 (BCMP1) and Drosophila CG6982; VAB-9 colocalizes with HMP-1 to an apical layer of the adherens junctions of all epithelial cells, one layer more apically than AJM-1; vab-9 mutants have disorganized F-actin at the adherens junction, implying that VAB-9 links junctions to circumferential actin filaments; VAB-9 is also expressed in the nerve ring; VAB-9 requires the cadherin HMR-1 to localize to the cell membrane, and both alpha-catenin (HMP-1) and beta-catenin (HMP-2) to remain at the cell junction after membrane localization.
13W05H9.3W05H9.3n/achrX 6,252,987
14F22E5.1F22E5.1n/achrII 2,676,663contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
15ift-74C18H9.8n/achrII 6,681,205C. elegans IFT-74 protein; contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR000694 (Proline-rich region)
16K06A1.3K06A1.3n/achrII 6,442,625contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
17C27F2.8C27F2.8n/achrIII 4,994,766contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
18T09F3.1T09F3.1n/achrII 10,386,641contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
19F13A7.7F13A7.7n/achrV 16,382,944contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Nucleolar protein that binds nuclear localization sequences, required for pre-rRNA processing and ribosome biogenesis; SGD:YGR159C
20tba-9F40F4.5n/achrX 3,254,559tba-9 encodes one of nine C. elegans alpha tubulins; by homology, TBA-9 is predicted to be a component of microtubules; as loss of tba-9 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, TBA-9 likely functions redundantly with other alpha tubulins as a basic component of cellular architecture that may play additional roles in processes such as cell division, cell movement, and intracellular transport.
21R90.1R90.1n/achrV 12,893,678contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
22srg-67ZC317.4n/achrV 5,462,245C. elegans SRG-67 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
23acr-2K11G12.2n/achrX 6,705,942A homolog of a non-alpha type nicotinic acetylcholine receptor subunit that forms a functional channel when co-expressed with the unc-38 alpha subunit.
24K11G9.1K11G9.1n/achrV 6,677,918contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
25C24B5.1C24B5.1n/achrV 9,193,748contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
26F13D11.1F13D11.1n/achrX 5,830,678contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
27K12H4.4K12H4.4n/achrIII 8,045,336contains similarity to Pfam domain PF04573 Signal peptidase subunit contains similarity to Interpro domain IPR007653 (Signal peptidase 22 kDa subunit)
28ZK265.7ZK265.7n/achrI 8,265,494contains similarity to Drosophila yakuba Salivary glue protein Sgs-3 precursor.; SW:P13728
29W02F12.2W02F12.2n/achrV 6,696,417contains similarity to Pfam domain PF05875 Alkaline phytoceramidase (aPHC) contains similarity to Interpro domain IPR008901 (Alkaline phytoceramidase)
30Y38H6C.16Y38H6C.16n/achrV 20,532,568contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
31srw-20T05E12.4n/achrV 17,079,045C. elegans SRW-20 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
32C44F1.1C44F1.1n/achrIII 3,761,814contains similarity to Interpro domain IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding)
33rhgf-1F13E6.6n/achrX 10,704,787rhgf-1 encodes an RGS RhoGEF (Regulator of G-protein Signaling Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor); RHGF-1 functions within cholingergic motor neurons in one of four G-protein-mediated signaling pathways that control locomotion via regulation of acetylcholine (ACh) release at neuromuscular junctions; in regulating ACh release, RHGF-1 functions downstream of the C. elegans Galpha12 ortholog, GPA-12, and upstream of the Rho GTPase ortholog, RHO-1; additionally, rhgf-1 activity is required for normal mechanosensory behavior, egg laying, and embryonic development; an rhgf-1 reporter fusion is expressed in ventral cord motor neurons as well as several head neurons.
34gpa-15M04C7.1n/achrI 8,533,150gpa-15 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in ADL, ASH, ASK, PHA, PHB, the distal tip cell, the anchor cell, and many male-specific neurons.
35srt-72C36C5.9n/achrV 3,148,851C. elegans SRT-72 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
36gon-1F25H8.3n/achrIV 9,940,393gon-1 encodes a functional metalloprotease that defines a new sub-family of secreted proteases known as MPT (metalloprotease with thrombospondin type 1 repeats); the other two members of this family are the bovine procollagen I N-protease ( PINP ) and the murine enzyme ADAMTS-1; gon-1 is essential for hermaphrodite gonadal morphogenesis; sequence homology with other metalloproteases suggests that it functions by remodelling the extracellular matrix; GON-1 is expressed at high levels within the gonadal distal tip cell during migration.
37clec-241F49H6.2n/achrV 17,012,698C. elegans CLEC-241 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
38clec-263F26F2.6n/achrV 20,571,518C. elegans CLEC-263 protein; contains similarity to Pfam domains PF08277 (PAN-like domain) (2), PF00024 (PAN domain) contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
39T24F1.4T24F1.4n/achrII 11,313,796contains similarity to Danio rerio Delta-like protein A precursor (DeltaA protein).; SW:Q6DI48
40C27C12.4C27C12.4n/achrX 14,855,245contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF05978 (Eukaryotic protein of unknown function (DUF895)) contains similarity to Interpro domains IPR010291 (Protein of unknown function DUF895, eukaryotic), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
41F54C9.11F54C9.11n/achrII 8,584,206contains similarity to Interpro domain IPR008126 (Outer membrane adhesion, Yersinia)
42col-75K03H9.2n/achrII 6,426,809C. elegans COL-75 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
43T11B7.2T11B7.2n/achrIV 8,844,038contains similarity to Homo sapiens remodeling and spacing factor 1; ENSEMBL:ENSP00000311513
44dpy-22F47A4.2n/achrX 9,816,134dpy-22 encodes a broadly expressed protein, homologous to the human transcriptional mediator protein TRAP230, which is involved in WNT and RAS signaling, as well as in dosage compensation; DPY-22 has a C-terminal glutamine-rich domain that is dispensable for inhibition of RAS-dependent cell differentiation, but is required for inhibition of BAR-1-dependent gene expression.
45K09B3.1K09B3.1n/achrIV 3,795,512contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
46unc-108F53F10.4n/achrI 3,825,732unc-108 encodes a small GTPase homologous to the Rab GTPases that function in endocytosis, membrane fusion, and vesicular trafficking events.
47nmgp-1F13H8.4n/achrII 6,261,707F13H8.4 encodes a homolog of the human neuronal membrane glycoproteins PLP1 (OMIM:300401, mutated in Pelizaeus-Merzbacher disease and spastic paraplegia), M6A (OMIM:601275), and M6B (300051); the presence of a myelin-related protein in C. elegans is currently unexplained, but suggests that some evolutionary precursor of myelin may exist in invertebrates, perhaps involving septate junctions between cells.
48T14D7.2T14D7.2n/achrII 8,850,480T14D7.2 encodes an acyltransferase; large-scale RNAi experiments indicate that T14D7.2 activity is required for egg laying, coordination locomotion, and normal vulval morphology.
49T07H6.5T07H6.5n/achrX 6,288,966contains similarity to Pfam domain PF00084 Sushi domain (SCR repeat) contains similarity to Interpro domains IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR016060 (Complement control module)
50F40H3.3F40H3.3n/achrII 6,172,163