UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1col-176ZC373.73e-67chrX 10,078,040C. elegans COL-176 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3ram-2F38A3.2n/achrII 11,016,138ram-2 encodes a cuticle collagen that interacts with unc-6 to affect ray cell migration, and interacts with unc-5 and unc-6 to affect embryonic viability; also affects ray morphology in males such that the structural cells and the hypodermis of the rays are swollen in mutants.
4col-117T28C6.4n/achrIV 8,823,550C. elegans COL-117 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
5alh-3F36H1.6n/achrIV 11,024,207alh-3 encodes an aldehyde dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
6col-125C29F4.1n/achrIV 11,225,985C. elegans COL-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
7F48G7.8F48G7.8n/achrV 627,379contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
8col-10B0222.82e-46chrV 9,164,776col-10 encodes a collagen protein; expressed exclusively in hypodermal cells
9lys-2Y22F5A.5n/achrV 10,280,860lys-2 is one of ten C. elegans lysozyme genes; as such, lys-2 can be predicted to have a role in lysozymal function including immune function.
10C30F12.7C30F12.7n/achrI 6,975,813contains similarity to Pfam domain PF00180 Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR004434 (Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent, mitochondrial), IPR001804 (Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase)
11col-173F41C6.5n/achrX 6,876,334C. elegans COL-173 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
12Y17D7B.4Y17D7B.4n/achrV 18,776,427
13col-130F08G5.40.00000001chrIV 12,427,979C. elegans COL-130 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
14C32E12.4C32E12.4n/achrI 5,236,241contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Variable membrane protein, putative.; TR:A2FNC4
15col-144B0222.62e-46chrV 9,160,126C. elegans COL-144 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
16D1086.3D1086.3n/achrV 14,093,402contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
17clc-1C09F12.1n/achrX 11,048,302clc-1 encodes a claudin homolog, closely similar to CLC-2, that is required for normal cohesion of apical junctions in epithelia; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water; CLC-1 maintains the impermeability ('barrier function') of epithelia, since clc-1(RNAi) animals have abnormal permeability of the pharynx to dyes; clc-1 is expressed in spermatheca, pharynx, intestine, hypodermis, the excretory-secretory system, and the cell-cell junctions of the vulva; in pharyngeal cells, CLC-1 colocalizes with AJM-1 in long thin lines, parallel to the pharyngeal axis and lining the lumenal surface, that appear to correspond with apical intercellular junctions.
18F58H1.6F58H1.6n/achrV 11,943,743contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
19zig-6T03G11.8n/achrX 5,187,948zig-6 encodes a predicted secreted protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; loss of zig-6 activity in large-scale RNAi screens results in a Clear phenotype; a zig-6::gfp reporter fusion is expressed in anterior and posterior body wall muscle.
20col-91F09G8.6n/achrIII 8,262,929col-91 encodes a cuticle collagen; loss of col-91 via large-scale RNAi results in no obvious defects.
21C30H6.5C30H6.5n/achrIV 17,373,653contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN)
22F47D12.3F47D12.3n/achrIII 6,298,853contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
23ZK84.1ZK84.1n/achrII 6,021,961contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
24C31H1.5C31H1.5n/achrIV 5,795,862contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
25Y11D7A.14Y11D7A.14n/achrIV 9,278,808Y11D7A.14 encodes a putative myosin, with an N-terminal myosin head motor domain and a C-terminal coiled-coil domain; Y11D7A.14 has no obvious function in mass RNAi assays.
26F40F9.3F40F9.3n/achrV 9,715,769contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
27asp-3H22K11.1n/achrX 6,791,899asp-3 encodes an aspartyl protease homolog that is required, in parallel with ASP-4 but downstream of CLP-1 and TRA-3, for degenerative (necrotic-like) cell death in neurons induced by mutations such as mec-4(d), deg-3(d), or gsa-1(gf).
28pqn-54R09B5.5n/achrV 1,465,672The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
29glh-1T21G5.3n/achrI 6,856,107glh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase that contains four CCHC zinc fingers and is homologous to Drosophila VASA, a germ-line-specific, ATP-dependent RNA helicase; at permissive temperature, GLH-1 is required redundantly with GLH-4 for proper germ-line development and fertility, specifically for regulating the normal extent of germ-line proliferation, oogenesis, and the production of functional sperm; GLH-1 activity is also likely required for the wild-type morphology of P granules and for localization of several protein components, such as PGL-1, but not for accumulation of P granule mRNAs; GLH-1 interacts in vivo with CSN-5, a COP9 signalosome component, and in vitro with itself and with KGB-1, a JNK-like MAP kinase, ZYX-1, a LIM domain-containing zyxin homologue, and GLH-3; GLH-1 is a constitutive P granule component and thus, with the exception of mature sperm, is expressed in germ cells at all stages of development; consistent with its P granule localization, GLH-1 is cytoplasmic in oocytes and the early embryo, while perinuclear in all later developmental stages as well as in the distal and medial regions of the hermaphrodite gonad; GLH-1 is also expressed in males.
30F10G2.1F10G2.1n/achrV 7,332,942contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
31T10B5.7T10B5.7n/achrV 1,847,108contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domain IPR002921 (Lipase, class 3)
32col-89F17C8.25e-43chrIII 4,748,632C. elegans COL-89 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
33col-174F46C8.2n/achrX 7,547,524C. elegans COL-174 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
34C42D4.1C42D4.1n/achrIV 7,189,738contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domains IPR002395 (HMW kininogen), IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
35C36C5.14C36C5.14n/achrV 3,165,115contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
36ZK593.9ZK593.9n/achrIV 10,941,883contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000980 (SH2 motif), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
37dpy-13F30B5.1n/achrIV 4,236,154dpy-13 encodes a member of the collagen superfamily containing 20 copies of the collagen triple helix repeat; transcipt levels oscillate, peaking once during each larval stage.
38F45E4.6F45E4.6n/achrIV 7,631,176contains similarity to Interpro domain IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
39K03H1.10K03H1.10n/achrIII 9,923,743contains similarity to Pfam domains PF02172 (KIX domain) , PF02135 (TAZ zinc finger) contains similarity to Interpro domains IPR003101 (Coactivator CBP, KIX), IPR000197 (Zinc finger, TAZ-type)
40C05C12.4C05C12.4n/achrIV 11,247,231contains similarity to Interpro domains IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
41C07H6.3C07H6.3n/achrIII 7,511,662contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
42F55G11.8F55G11.8n/achrIV 12,963,684contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
43F13H8.8F13H8.8n/achrII 6,266,588contains similarity to Drosophila hydei Axoneme-associated protein mst101(2).; SW:Q08696
44F57H12.6F57H12.6n/achrIV 7,975,882contains similarity to Onchocerca volvulus OV39 antigen (Fragment).; SW:P31730
45clec-180F32E10.3n/achrIV 7,571,306C. elegans CLEC-180 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
46C27A2.4C27A2.4n/achrII 5,058,455contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
47F07D3.3F07D3.3n/achrV 9,461,634contains similarity to Listeria monocytogenes Shikimate 5-dehydrogenase (EC 1.1.1.25).; SW:AROE_LISMO
48T10E9.3T10E9.3n/achrI 6,536,631contains similarity to Pfam domain PF03351 DOMON domain contains similarity to Interpro domains IPR005018 (DOMON related), IPR013050 (DOMON)
49C18E9.9C18E9.9n/achrII 8,988,878contains similarity to Thermoplasma volcanium Hypothetical protein TV1312.; TR:Q978V3
50F10E7.3F10E7.3n/achrII 7,124,926