UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1rga-2Y53C10A.40chrI 11,982,522C. elegans RGA-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00620 RhoGAP domain contains similarity to Interpro domains IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR006564 (Zinc finger, PMZ-type), IPR000198 (RhoGAP)
2gsk-3Y18D10A.5n/achrI 12,821,999C. elegans GSK-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
3srw-95H06H21.2n/achrIV 4,813,069C. elegans SRW-95 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
4lam-1W03F8.5n/achrIV 5,176,291lam-1 encodes a laminin beta that affects degenerin-induced cell death and is required redundantly with lam-2 for morphogenesis.
5srx-78C01G10.3n/achrV 15,096,226C. elegans SRX-78 protein
6ugt-51C03A7.11n/achrV 5,176,130C. elegans UGT-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
7pat-4C29F9.7n/achrIII 92,134The pat-4 gene encodes a serine/threonine kinase orthologous to human integrin-linked kinase (ILK, OMIM:602366) and is required for formation of integrin-mediated muscle cell attachments during embryogenesis; PAT-4 probably functions as an adaptor molecule and localizes to dense bodies and M lines; PAT-4 forms a ternary complex with PAT-6/actopaxin and UNC-112, and requires UNC-112, UNC-52/perlecan, PAT-2/alpha integrin, and PAT-3/beta integrin for proper localization to newly forming integrin adhesion complexes.
8R08C7.5R08C7.5n/achrIV 4,431,281contains similarity to Pfam domain PF03941 Inner centromere protein, ARK binding region contains similarity to Interpro domains IPR005819 (Histone H5), IPR005635 (Inner centromere protein, ARK binding region)
9dyb-1F47G6.1n/achrI 1,486,779The dyb-1 gene encodes a homolog of mammalian alpha-dystrobrevin (DTNA; OMIM:601239), mutation of which can lead to left ventricular noncompaction with congenital heart defects.
10R02D5.1R02D5.1n/achrV 14,508,925contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delayed Anaerobic Gene; SGD:YJR151C
11F16H11.1F16H11.1n/achrX 4,670,622contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
12F39G3.3F39G3.3n/achrV 4,732,719contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Zinc finger CCCH domain-containing protein 13; ENSEMBL:ENSP00000282007
13ugt-52F56B3.7n/achrIV 781,452C. elegans UGT-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
14M05B5.2M05B5.2n/achrI 7,173,298contains similarity to Mus musculus Hypothetical protein.; TR:Q8BQG5
15Y45F10A.3Y45F10A.3n/achrIV 13,511,278contains similarity to Mus musculus Probable arylformamidase (EC 3.5.1.9) (Kynurenine formamidase) (KF).; SW:Q8K4H1
16T25G12.5T25G12.5n/achrX 17,216,027contains similarity to Pfam domains PF08028 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) , PF00441 (Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain) , PF02771 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013107 (Acyl-CoA dehydrogenase, type 2, C-terminal), IPR006090 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type 1), IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR006089 (Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR009075 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal), IPR006092 (Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal)
17clec-64F35C5.7n/achrII 12,899,255C. elegans CLEC-64 protein; contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
18Y59C2A.3Y59C2A.3n/achrII 2,217,700contains similarity to Tetrahymena thermophila SB210 Putative uncharacterized protein.; TR:Q22WK5
19R03C1.1R03C1.1n/achrII 14,908,902contains similarity to Homo sapiens Mucin-5AC precursor (Fragment); ENSEMBL:ENSP00000351148
20F52G3.1F52G3.1n/achrX 16,968,223contains similarity to Pfam domain PF07001 BAT2 N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR009738 (BAT2, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region)
21B0285.7B0285.7n/achrIII 4,360,726contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)
22F02D10.4F02D10.4n/achrX 13,458,404contains similarity to Emericella nidulans Anucleate primary sterigmata protein B.; SW:APSB_EMENI
23pmp-2C44B7.9n/achrII 6,885,843C. elegans PMP-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF06472 (ABC transporter transmembrane region 2) , PF00005 (ABC transporter) contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR011527 (ABC transporter, transmembrane region, type 1), IPR010509 (ABC transporter, N-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR005283 (Peroxysomal long chain fatty acyl transporter)
24C41G7.7C41G7.7n/achrI 9,534,916contains similarity to Plasmodium falciparum S-antigen (Fragment).; TR:Q9GZB4
25rpm-1C01B7.6n/achrV 8,812,661rpm-1 encodes an E3 ubiquitin ligase that contains an N-terminal RCC1 (regulator of chromosome condensation)-like guanine nucleotide exchange factor (GEF) domain and that is orthologous to Drosophila highwire and murine Phr1; RPM-1 functions autonomously within several different types of neurons to regulate presynaptic differentiation; in regulating axon termination, RPM-1 acts through the GLO-4 guanine nucleotide exchange factor that positively regulates vesicular trafficking through GLO-1/Rab; in regulating synaptogenesis, RPM-1 functions as part of an SCF-like ubiquitin ligase complex that negatively regulates signaling through the DLK-1 MAP kinase cascade; RPM-1 is expressed in most, if not all, neurons from the comma stage of embryogenesis through adulthood; RPM-1 expression is also seen in the pharynx, coelomocytes, and distal tip cells; in neurons, RPM-1 localizes to presynaptic terminals.
26Y41E3.8Y41E3.8n/achrIV 15,028,708contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1; ENSEMBL:ENSP00000226796
27rnp-2K08D10.4n/achrIV 4,173,038rnp-2 encodes the small nuclear ribonucleoprotein (snRNP)-associated protein RNP-2/U1A, which associates with U1 snRNPs; rnp-2 is coexpressed with rnp-3, dnj-15, and K08D10.12 in an operon; RNP-2 and RNP-3 are paralogs with ~50% identity that are more closely related to one another than to non-nematode orthologs; despite their association with distinct snRNPs, RNP-2 and RNP-3 are functionally interchangeable in vivo; either rnp-2(RNAi) or rnp-3(ok1424) animals are viable, with only rpn-2(RNAi) rpn-3(ok1424) animals showing lethality; moreover, RNAi against only RNP-3 causes RNP-2 to associate with RNP-3's normal U2 snRNP partners.
28ife-4C05D9.5n/achrX 1,105,125The ife-4 gene encodes a member of the Initiation Factor 4E (eIF4E) family.
29C43G2.2C43G2.2n/achrIV 6,569,098contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
30sea-2K10G6.3n/achrII 3,966,905sea-2 is an autosomal signal element gene, whose protein product contains four C2H2 zinc finger domains and three involucrin repeats embedded in extensive regions of low-complexity (e.g., glutamine/asparagine-rich) protein sequence; sea-2 has no obvious biological function in mass RNAi assays.
31K11C4.2K11C4.2n/achrV 6,895,906contains similarity to Pfam domain PF03006 Haemolysin-III related contains similarity to Interpro domain IPR004254 (Hly-III related proteins)
32Y116A8C.23Y116A8C.23n/achrIV 17,054,490contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
33B0303.14B0303.14n/achrIII 8,714,993contains similarity to Homo sapiens 33 kDa protein; VG:OTTHUMP00000025234
34T28D9.11T28D9.11n/achrII 6,491,500
35F12A10.4F12A10.4n/achrII 5,489,365F12A10.4 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; F12A10.4 has no clear orthologs in other organisms.
36syg-2C26G2.1n/achrX 14,658,836syg-2 encodes a transmembrane protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; during larval development, SYG-2 activity is required in vulval epithelial cells for proper synaptic specificity of the HSNL neuron; in regulating synapse formation, SYG-2 acts as a guidepost protein for the SYG-1 receptor that interacts with SYG-2 and acts within HSNL to regulate synaptic specificity; a SYG-2::GFP fusion protein is expressed in the primary vulval cell lineages beginning at the L3 larval stage, with expression increasing during the L4 stage and finally disappearing by adulthood; in embryos, SYG-2::GFP expression is detected in some head neurons and body wall muscles, the latter of which also express the reporter during the L1 and L2 larval stages.
37B0280.11B0280.11n/achrIII 7,137,323contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type)
38M151.1M151.1n/achrII 3,642,785
39C56G2.3C56G2.3n/achrIII 6,347,461contains similarity to Pfam domain PF01746 tRNA (Guanine-1)-methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016009 (tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase), IPR007356 (tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, eukaryotic)
40K07D4.6K07D4.6n/achrII 4,017,758contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG31439-PA;; FLYBASE:CG31439
41T01B6.1T01B6.1n/achrX 2,342,147n/a
42F01G12.6F01G12.6n/achrX 16,401,117contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG11727-PA;; FLYBASE:CG11727
43sre-1B0495.1n/achrII 7,710,540sre-1 encodes a putative seven transmembrane chemoreceptor; an SRE-1::GFP reporter is expressed in the ADL and ASJ amphid sensory neurons.
44taf-11.1F48D6.1n/achrX 4,255,964C. elegans TAF-11.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04719 hTAFII28-like protein conserved region contains similarity to Interpro domains IPR006809 (TAFII28-like protein), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR009072 (Histone-fold)
45tag-335C42C1.5n/achrIV 12,277,039C. elegans TAG-335 protein; contains similarity to Pfam domains PF00132 (Bacterial transferase hexapeptide (three repeats)) (4), PF00483 (Nucleotidyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR001451 (Bacterial transferase hexapeptide repeat), IPR005835 (Nucleotidyl transferase), IPR011004 (Trimeric LpxA-like)
46aha-1C25A1.11n/achrI 10,195,452aha-1 encodes an ortholog of human aryl-hydrocarbon receptor nuclear translocator; interacts with AHR-1 and HIF-1 in vitro, requires HIF-1 for proper localization, and is expressed ubiquitously.
47col-177F59F3.2n/achrX 11,000,722C. elegans COL-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
48C25A1.4C25A1.4n/achrI 10,171,209contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
49wrt-3F38E11.7n/achrIV 9,476,571wrt-3 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a Wart domain, and a region of low-complexity sequence; WRT-3 is expressed in the trinucleate pharyngeal gland cell g1 beginning at the three-fold stage of embryogenesis, in seam cells and hypodermis, and in single muscle cells and the distal tip cells of late stage larvae and adults; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-3 is required for normal growth to full size and locomotion; both of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
50fbxb-36F07E5.6n/achrII 2,061,815C. elegans FBXB-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)