UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y44E3A.3Y44E3A.36e-58chrI 3,318,281contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR015467 (Thioredoxin family), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3crml-1K07G5.1n/achrI 7,154,627C. elegans CRML-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003590 (Leucine-rich repeat, ribonuclease inhibitor subtype)
4hsr-9T05F1.6n/achrI 9,628,707hsr-9 encodes a protein containing a BRCT (BRCA 1 C terminus) domain that is found in proteins that regulate the cell cycle checkpoint in response to DNA damage; HSR-9 activity is required for a normal response to DNA damage caused by gamma-irradiation; loss of HSR-9 function via RNA-mediated interference after gamma-irradiation results in defects in mitotic cell cycle arrest, reduction of apoptosis of pachytene nuclei, and radiation sensitivity of progeny; the expression pattern and subcellular localization of HSR-9 are not yet known.
5str-82B0213.8n/achrV 3,975,447C. elegans STR-82 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6eif-3.HC41D11.2n/achrI 4,445,653C. elegans EIF-3.H protein; contains similarity to Pfam domain PF01398 Mov34/MPN/PAD-1 family contains similarity to Interpro domains IPR000555 (Mov34/MPN/PAD-1), IPR003639 (Mov34-1)
7F16B12.6F16B12.6n/achrX 14,105,057contains similarity to Mus musculus Neurofilament triplet H protein (200 kDa neurofilament protein)s(Neurofilament heavy polypeptide) (NF-H).; SW:NFH_MOUSE
8M02G9.2M02G9.2n/achrII 10,323,075contains similarity to Pfam domains PF06493 (Protein of unknown function (DUF1096)) , PF02363 (Cysteine rich repeat) (8)contains similarity to Interpro domains IPR009475 (Protein of unknown function DUF1096), IPR003566 (T-cell surface glycoprotein CD5)
9rheb-1F54C8.5n/achrIII 9,455,024rheb-1 encodes a GTPase orthologous to the mammalian Rheb and Rheb1 GTPases; loss of rheb-1 activity via RNAi indicates that RHEB-1 is involved in the mitochondrial unfolded protein response and that its function is required for normal growth rates, body size, osmoregulation, reproduction, and locomotion.
10F25B4.4F25B4.4n/achrV 5,685,274
11nhr-78F36A4.14n/achrIV 4,276,441C. elegans NHR-78 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
12F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
13M116.2M116.2n/achrIV 8,399,310contains similarity to Pfam domain PF01501 Glycosyl transferase family 8 contains similarity to Interpro domain IPR002495 (Glycosyl transferase, family 8)
14F52E10.3F52E10.3n/achrX 16,283,853contains similarity to Salmonella typhimurium Secretion system apparatus protein ssaM.; SW:SSAM_SALTY
15K02B7.1K02B7.1n/achrII 14,689,509contains similarity to Pfam domains PF00628 (PHD-finger) (2), PF00439 (Bromodomain) contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR001487 (Bromodomain), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
16srw-118C44C3.5n/achrV 2,979,418C. elegans SRW-118 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
17C52B11.5C52B11.5n/achrX 1,274,112contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
18F32B4.1F32B4.1n/achrI 11,511,408contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
19srd-2R05H5.1n/achrII 10,186,817C. elegans SRD-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
20dat-1T23G5.5n/achrIII 9,244,759dat-1 encodes a plasma membrane dopamine transporter; DAT-1 is predicted to regulate dopaminergic neurotransmission via reuptake of dopamine into presynaptic neurons; when expressed in HeLa cells, DAT-1 exhibits high affinity, saturable dopamine transport; further, in primary cultures of C. elegans dopaminergic neurons, DAT-1 also exhibits a channel mode of conduction that leads to membrane depolarization; in hermaphrodites, dat-1 is expressed in the eight dopaminergic neurons (4 CEPs, 2 ADEs, and 2 PDEs), while in males dat-1 is additionally expressed in the three pairs of tail dopaminergic neurons; dat-1 expression begins during embryogenesis with the exception of expression in the PDE neurons which are born postembryonically.
21C06C3.3C06C3.3n/achrII 9,370,697contains similarity to Pfam domain PF03607 Doublecortin contains similarity to Interpro domain IPR003533 (Doublecortin)
22T20F7.1T20F7.1n/achrX 16,875,523contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
23hlh-3T24B8.6n/achrII 9,086,866hlh-3 encodes a basic helix-loop-helix transcription factor homologous to Drosophila Achaete-scute; in vitro, HLH-3 can heterodimerize, and bind an E-box-containing probe, with HLH-2, the C. elegans E/daughterless ortholog with which it is coexpressed in the nuclei of embryonic neuronal precursors.
24str-101Y6E2A.2n/achrV 15,711,366C. elegans STR-101 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25F48G7.7F48G7.7n/achrV 626,072contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
26T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
27seld-1Y45F10A.4n/achrIV 13,507,532C. elegans SELD-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02769 (AIR synthase related protein, C-terminal domain) , PF00586 (AIR synthase related protein, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016188 (PurM, N-terminal-like), IPR000728 (AIR synthase related protein), IPR010918 (AIR synthase related protein, C-terminal), IPR004536 (Selenide water dikinase)
28F18F11.1F18F11.1n/achrIV 335,994contains similarity to Interpro domain IPR014467 (Peroxisomal membrane protein 4)
29atf-6F45E6.2n/achrX 12,482,840atf-6 is an ortholog of mammalian ATF6alpha, a proximal sensor required for the unfolded protein response (UPR) in the endoplasmic reticulum (ER); ATF6alpha is a transmembrane protein, with a bZIP transcription factor domain in its cytosolic amino terminus that is released and activated by proteolytic cleavage upon ER stress; either ire-1 or xbp-1 deletions are synthetically lethal with atf-6 or pek-1 deletions, producing arrest in L2 larvae; RNAi of Y56A3A.2 (a S2P protease homolog) is synthetically lethal with ire-1(RNAi), consistent with the hypothesis that Y56A3A.2 cleaves ATF-6; atf-6 regulates few genes that are transcriptionally induced by UPR, but regulates roughly one-quarter of genes that require UPR constitutively; pdr-1 transcripts are strongly upregulated in a atf-6(ok551) mutant background, but atf-6(ok551);pdr-1(lg103) double mutants have a grossly normal phenotype ; atf-6 is dispensable for proper localization of GLR-1 glutamate receptors.
30C15C7.6C15C7.6n/achrX 3,169,031contains similarity to Interpro domain IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5)
31C10C6.6C10C6.6n/achrIV 11,476,280contains similarity to Pfam domains PF00122 (E1-E2 ATPase) , PF00702 (haloacid dehalogenase-like hydrolase) contains similarity to Interpro domains IPR008250 (E1-E2 ATPase-associated region), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit), IPR006544 (P-type ATPase of unknown pump specificity (type V)), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
32ZC190.7ZC190.7n/achrV 8,686,461
33H28G03.4H28G03.4n/achrX 5,223,420contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
34dpm-1Y66H1A.2n/achrIV 447,058dpm-1 encodes a putative catalytic subunit of dolichol phosphate mannosyltransferase, orthologous to budding yeast and human DPM1 (OMIM:603503, mutated in congenital disorder of glycosylation type Ie); in mass RNAi assays, DPM-1 is required for embryonic viability and proper cortical motion in the early embryo.
35sdc-2C35C5.1n/achrX 11,528,006The sdc-2 gene encodes a protein that represses transcription of X chromosomes to achieve dosage compensation, and that also represses the male sex-determination gene her-1 to elicit hermaphrodite differentiation.
36T01C3.2T01C3.2n/achrV 14,991,380T01C3.2 encodes a divergent ortholog of Drosophila melanogaster E(Y)2 and budding yeast Sus1p; by orthology, T01C3.2 is predicted to enable both transcriptional activation and silencing in chromatin; however, T01C3.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
37vha-1R10E11.8n/achrIII 9,781,407vha-1 encodes an ortholog of subunit c of the membrane-bound (V0) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-1 is a predicted V-ATPase transmembrane rotor component; VHA-1 and VHA-2/3 comprise a closely related family of subunit c co-orthologs, predicted to carry protons from the cytosol to a-subunits (VHA-5, VHA-6, VHA-7, or UNC-32) for transmembrane export; VHA-1, like VHA-12 and VHA-17, antagonizes EFF-1-mediated cell fusion in hypodermal cells; VHA-1 is required for ovulation and embryogenesis, since vha-1(RNAi) animals are sterile with polyploid, unmatured oocytes and dead progeny; VHA-1 is required for alae formation, like the V0 subunits VHA-4 and VHA-5, but not like the V1 subunits VHA-8 or VHA-13; vha-1 shares an operon with vha-2 and R10E11.6; both vha-1 and vha-2 are expressed in the excretory cell, the rectum, and a pair of cells near the anus.
38ing-3Y51H1A.4n/achrII 13,879,211Y51H1A.4 is orthologous to the human gene P33ING1B (ING1; OMIM:601566), which when mutated leads to disease.
39rpb-4F43E2.2n/achrII 7,374,771C. elegans RPB-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF03874 RNA polymerase Rpb4 contains similarity to Interpro domains IPR010997 (HRDC-like), IPR005574 (RNA polymerase II, Rpb4), IPR006590 (RNA polymerase II, Rpb4, core)
40Y54E2A.6Y54E2A.6n/achrII 14,768,030contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) (2), PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) (2), PF02889 (Sec63 Brl domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR004179 (Sec63), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
41srd-68F09C6.7n/achrV 16,901,990C. elegans SRD-68 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
42C05C9.3C05C9.3n/achrX 11,148,023The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
43nhx-1B0395.1n/achrX 16,020,136nhx-1 encodes a sodium/proton exchanger expressed intracellularly within hypodermal and muscle cells; NHX-1 is required for embryonic viability, and is thought to prevent intracellular acidification by catalysing the electroneutral exchange of vesicular sodium for an intracellular proton.
44fbxa-84T09F5.11n/achrV 15,183,260This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
45ZC395.4ZC395.4n/achrIII 5,270,595contains similarity to Homo sapiens Putative uncharacterized protein (Fragment); ENSEMBL:ENSP00000333119
46Y48A5A.1Y48A5A.1n/achrIV 1,967,552contains similarity to Pfam domain PF04925 SHQ1 protein contains similarity to Interpro domain IPR007009 (SHQ1 protein)
47T07G12.8T07G12.8n/achrIV 10,553,796contains similarity to Thermoplasma volcanium ABC transport system permease protein P1P2A1A2.; TR:Q978R0
48C07A4.1C07A4.1n/achrX 10,169,900contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
49srt-1C13B7.1n/achrV 2,436,754C. elegans SRT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
50C37C3.1C37C3.1n/achrV 7,858,917contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domains IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464), IPR005448 (Voltage-dependent calcium channel, P/Q-type, alpha-1 subunit)