UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1mat-2W10C6.10chrII 11,116,985mat-2 encodes a subunit of the anaphase-promoting complex or cyclosome (APCC) which is a multi-subunit E3 ubiquitin ligase that targets proteins for degradation during the metaphase-to-anaphase transition of the cell cycle; mat-2 is required for chromosome segregation during meiosis I and is involved in polarity specification of the anterior/posterior axis in the developing embryo.
2srsx-26C51E3.1n/achrV 10,149,791C. elegans SRSX-26 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
3ZK792.5ZK792.5n/achrIV 11,686,516contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
4skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
5F46B6.8F46B6.8n/achrV 9,792,368contains similarity to Pfam domains PF04083 (ab-hydrolase associated lipase region) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR006693 (AB-hydrolase associated lipase region), IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR008262 (Lipase, active site)
6C04E6.11C04E6.11n/achrV 5,915,960contains similarity to Homo sapiens Leucine-rich PPR motif-containing protein, mitochondrial precursor; ENSEMBL:ENSP00000260665
7F08F1.3F08F1.3n/achrX 8,430,035
8F47B8.6F47B8.6n/achrV 14,329,569contains similarity to Drosophila heteroneura Aminopeptidase N (Fragment).; TR:O61534
9srbc-29C02A12.2n/achrV 3,470,161C. elegans SRBC-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
10F42A9.6F42A9.6n/achrIV 8,610,474
11C34G6.5C34G6.5n/achrI 5,873,231contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
12C16C10.3C16C10.3n/achrIII 4,174,219contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
13him-17T09E8.2n/achrV 13,178,423him-17 encodes a protein with no obvious non-nematode homologs that localizes to chromatin in germline nuclei, and that is required for double-stranded break (DSB) formation, chiasmata, crossovers, and genetic recombination during meiosis, but is dispensable for homolog pairing and synapsis, spo-11 germline transcription, or the conversion of DSBs into chiasmata; HIM-17 is also required for normal organization of meiotic stages in the germline, and to promote its orderly transistion from (potentially tumorous) mitosis to meiosis; moreover, HIM-17 is required for normal dimethylation of lysine 9 residues on H3 histones in meiotic prophase chromosomes from early pachytene onward, with null him-17(ok424) mutants showing greatly reduced or delayed dimethylation in both hermaphrodite and male germlines; HIM-17 cooperates with GLP-1 to promote meiotic entry, and with EGO-1 to promote germline viability; HIM-17 has six THAP and THAP-like domains, a domain type also found in CDC-14B, CTB-1, GON-14, LIN-15A, LIN-15B, and LIN-36, along with ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1; missense or truncating mutations of HIM-17's THAP and THAP-like domains cause partial loss of function, implying that the domains collectively and partially contribute to HIM-17 activity; of the C. elegans genes encoding THAP or THAP-like domains, at least four (lin-15A, lin-15B, lin-36, and him-17) interact genetically with lin-35/Rb.
14F35C11.5F35C11.5n/achrII 8,254,199contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
15syp-3F39H2.4n/achrI 8,663,589syp-3 encodes a coiled-coil protein; SYP-3 activity is required during meiosis for chromosome synapsis and chiasma formation, specifically for proper assembly of the central region of the synaptonemal complex; thus, SYP-3 is essential activity is essential for normal embryonic development; immunolocalization studies indicate that SYP-3 is likely a structural component of the central element of the synaptonemal complex.
16C04E7.3C04E7.3n/achrX 345,208contains similarity to Homo sapiens inner centromere protein antigens 135/155kDa isoform 2; ENSEMBL:ENSP00000278849
17W02B12.4W02B12.4n/achrII 11,457,473contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
18srd-4ZK863.5n/achrV 12,185,574C. elegans SRD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
19rnh-1.2ZK938.7n/achrII 9,840,817C. elegans RNH-1.2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF00075 (RNase H) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
20clec-38T25E12.10n/achrV 16,734,718C. elegans CLEC-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
21W06D4.4W06D4.4n/achrI 9,061,846contains similarity to Interpro domain IPR014644 (Protein arginine N-methyltransferase)
22twk-2T12C9.3n/achrII 4,447,199twk-2 encodes one of 44 C. elegans TWK (two-P domain K+) potassium channel subunits that contain two pore-forming domains and four transmembrane domains; the precise role of TWK-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, but TWK-2 may function redundantly with other TWK channels; TWK-2 is expressed in a subset of neurons.
23cyb-2.1Y43E12A.1n/achrIV 10,986,675C. elegans CYB-2.1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00134 (Cyclin, N-terminal domain) , PF02984 (Cyclin, C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR004367 (Cyclin, C-terminal), IPR014400 (Cyclin, A/B/D/E)
24F56C9.3F56C9.3n/achrIII 7,312,130contains similarity to Pfam domain PF01545 Cation efflux family contains similarity to Interpro domain IPR002524 (Cation efflux protein)
25Y40H7A.10Y40H7A.10n/achrIV 15,212,835contains similarity to Pfam domains PF08246 (Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29)) , PF00112 (Papain family cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR013201 (Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
26sago-1K12B6.1n/achrV 6,306,024sago-1 encodes an Argonaute homolog that is partially required for the amplification phase of RNAi responses; a multiply mutant strain (MAGO), consisting of ppw-1(tm914), sago-1(tm1195), sago-2(tm894), F58G1.1(tm1019), C06A1.4(tm887), and M03D4.6(tm1144) alleles, is completely resistant to both germline and somatic RNAi; sago-1 is genetically redundant with ppw-1 and sago-2, with any one of these genes being able to transgenically partially restore the deficiency of MAGO worms; GFP-tagged SAGO-1 binds small secondary siRNAs produced by RNAi against GFP; MAGO is not transgenically rescued by rde-1; strains overexpressing GFP::SAGO-1 exhibited an enhanced level of RNAi overall, suggesting that SAGO-1 and its congeners are rate-limiting in vivo for RNAi.
27ZC443.1ZC443.1n/achrV 12,809,256contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
28ric-3T14A8.1n/achrIV 7,819,689The ric-3 gene encodes a novel, highly charged protein with two transmembrane domains and extensive coiled-coil domains; it is necessary for the function of at least four nicotinic acetylcholine receptors; specifically, it is needed for assembly or trafficking of the DEG-3 nicotinic acetylcholine receptor.
29C17E4.4C17E4.4n/achrI 9,419,701contains similarity to Thermoplasma acidophilum Hypothetical membrane protein.; TR:Q9HLF7
30puf-12ZK945.3n/achrII 10,101,606C. elegans PUF-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF08144 CPL (NUC119) domain contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR012959 (CPL), IPR016024 (Armadillo-type fold)
31C36B1.11C36B1.11n/achrI 8,756,734contains similarity to Interpro domain IPR001576 (Phosphoglycerate kinase)
32T04A8.15T04A8.15n/achrIII 4,713,844contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Ubiquitin-specific protease; SGD:YDL122W
33F54D5.9F54D5.9n/achrII 11,543,652F54D5.9 encodes an F-box protein orthologous to to human FBXO47 (OMIM:609498, deleted in renal cell carcinoma) and paralogous to PROM-1, that suppresses excess embryonic cell division; F54D5.9(RNAi) animals show hyperproliferating embryonic tissues, while having no obvious meiotic defects.
34srj-25C05E4.10n/achrV 735,347C. elegans SRJ-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
35F14H12.8F14H12.8n/achrX 4,363,765
36F33E11.2F33E11.2n/achrV 298,304contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
37ulp-1T10F2.3n/achrIII 5,167,689C. elegans ULP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
38C33H5.2C33H5.2n/achrIV 7,806,489contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
39K11H3.3K11H3.3n/achrIII 9,852,736contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
40lsl-1F52F12.4n/achrI 9,902,069C. elegans LSL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
41M02B7.1M02B7.1n/achrIV 3,806,054
42ard-1F01G4.2n/achrIV 11,132,448ard-1 encodes a homolog of mammalian 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (HADH II)/amyloid-beta binding alcohol dehydrogenase (ABAD) that is predicted to be mitochondrial.
43C06A5.6C06A5.6n/achrI 5,984,551
44B0035.3B0035.3n/achrIV 11,314,534contains similarity to Pfam domain PF01661 Macro domain contains similarity to Interpro domain IPR002589 (Appr-1-p processing)
45F52H3.4F52H3.4n/achrII 10,041,733contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Protein gar2.; SW:P41891
46btb-20F57C2.1n/achrII 14,522,887C. elegans BTB-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
47pap-1Y32F6A.3n/achrV 10,444,197pap-1 encodes a poly (A) polymerase; large-scale RNAi screens indicate that PAP-1 activity is essential for reproduction, embryonic and larval development, proper body morphology, normal rates of growth, and coordinated locomotion.
48fbxb-70ZK909.5n/achrI 14,956,357C. elegans FBXB-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
49T13F2.6T13F2.6n/achrIV 9,779,719
50C50B8.1C50B8.1n/achrV 13,566,397contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)