UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1W02B8.1W02B8.18e-95chrII 13,900,226
2C09G9.3C09G9.3n/achrIV 8,871,534contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
3smf-2K11G12.3n/achrX 6,717,366C. elegans SMF-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01566 Natural resistance-associated macrophage protein contains similarity to Interpro domain IPR001046 (Natural resistance-associated macrophage protein)
4trxr-2ZK637.10n/achrIII 8,915,015C. elegans TRXR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF02852 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain) , PF07992 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) , PF00070 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR012999 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site), IPR004099 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation), IPR006338 (Thioredoxin and glutathione reductase selenoprotein), IPR016156 (FAD/NAD-linked reductase, dimerisation), IPR001327 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region), IPR000815 (Mercuric reductase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
5T23F6.2T23F6.2n/achrIV 12,722,330
6sru-4C33A12.10n/achrIV 9,498,965C. elegans SRU-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
7acbp-4F56C9.5n/achrIII 7,308,549acbp-4 encodes an Acyl-CoA-binding protein.
8Y116A8C.15Y116A8C.15n/achrIV 16,996,337contains similarity to Homo sapiens similar to KIAA1357 protein; ENSEMBL:ENSP00000258005
9C11G6.2C11G6.2n/achrX 16,329,525contains similarity to Interpro domain IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
10fbxa-112Y102A5C.13n/achrV 16,947,523C. elegans FBXA-112 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
11srh-136F36D3.6n/achrV 16,496,767C. elegans SRH-136 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
12rab-33F43D9.2n/achrIII 10,501,953C. elegans RAB-33 protein; contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR002041 (Ran GTPase), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006688 (ADP-ribosylation factor), IPR013753 (Ras)
13lis-1T03F6.5n/achrIII 13,373,822lis-1 encodes an ortholog of human LIS1, which when mutated leads to lissencephaly (OMIM:247200); it also encodes an ortholog of the Aspergillus nidulans nudF, which mediates nuclear migration along Aspergillus hyphae.
14sru-19T04A11.8n/achrIV 12,499,445C. elegans SRU-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
15R06B9.4R06B9.4n/achrII 13,754,197contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
16C46H11.1C46H11.1n/achrI 5,055,865
17rog-1F54D12.6n/achrII 1,374,343rog-1 encodes a protein with an insulin receptor substrate-1 (IRS-type) phosphotyrosine-binding (PTB) domain that is required for the progression from pachytene to diakinesis in meiosis; rog-1 is primarily transcribed in germ cells, and this expression is required for oocyte development; ROG-1 is orthologous to human FRS2 (OMIM:607743) and FRS3 (OMIM:607744); rog-1(tm1031) mutant oocytes fail to progress from pachytene to diakinesis, a phenotype reminiscent of let-60 or mpk-1 mutant oocytes, and rog-1(tm1031) gonads lack phosphorylated MPK-1; rog-1(tm1031) and rog-1(RNAi) hermaphrodites show reduced brood sizes and increased embryonic lethality, with rog-1(tm1031) being more phenotypically severe than rog-1(RNAi); rog-1(tm1031) germ cell, brood size, and MPK-1 phosphorylation phenotypes are suppressed by the gain-of-function mutations let-60(n1046) or let-60(ga89ts); during meiosis, ROG-1 may function as an adaptor downstream of LET-23 and upstream of LET-60.
18M01H9.1M01H9.1n/achrIV 4,487,922contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
19B0391.3B0391.3n/achrV 15,616,248contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000802 (Arsenical pump membrane protein)
20mcd-1Y51H1A.6n/achrII 13,891,577mcd-1 encodes a highly acidic C2H2-type zinc-finger protein that, in conjunction with LIN-35/Rb, DPL-1/DP, EFL-1/E2F, LIN-37/Mip40, and LIN-52, promotes the developmentally programmed progression of cells through full apoptosis; MCD-1 can promote ectopic apoptosis in cells normally fated to live, and is thus active in such cells; MCD-1 is not required for CED-3-independent cell death, does not regulate CED-9, and probably does not transcriptionally regulate egl-1; MCD-1 and its partners do not act together with CED-1 or CED-8, and their function in cell death is distinct from the LET-60/RAS or SynMuv pathways; however, MCD-1 is redundantly required with some class B/C synMuv proteins for viability (LIN-9, LIN-35/Rb, or LIN-37/Mip40) and normally rapid growth (DPL-1/DP, LIN-13, LIN-53, LIN-54, or MYS-1); in mcd-1(n4005) animals, cells that would normally undergo apoptosis can instead pass through an episode of pre-apoptotic condensation, after which they sometimes revert to normal shape, survive, and differentiate; MCD-1 contains an N-terminal low-complexity region and a single central zinc-finger, but no other recognizable protein domains; MCD-1 is paralogous to Y48E1B.7, but has no obvious non-nematode orthologs.
21Y49F6C.8Y49F6C.8n/achrII 3,369,682
22srd-56E04F6.14n/achrII 7,202,553C. elegans SRD-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23C18G1.7C18G1.7n/achrV 4,746,815contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
24brc-2T07E3.5n/achrIII 6,901,783brc-2 encodes a BRC domain-containing protein that is homologous to human BRCA2 which when mutated leads to early-onset breast cancer 2 or hereditary male breast cancer (OMIM:600185); in C. elegans, BRC-2 activity is essential for RAD-51-mediated repair of meiotic and radiation-induced double-strand breaks (DSBs); BRC-2 physically interacts with RAD-51 and single-stranded DNA and is required for proper localization of RAD-51 to sites of DNA damage and stabilization of RAD-51-DNA filaments; BRC-2 can also promote RAD-51-independent DSB repair via single-strand annealing (SSA) when the homologous recombination (HR) and nonhomologous end joining pathways (NHEJ) are compromised; in nonirradiated animals, BRC-2 is seen at diffuse, low levels in germline nuclei, but upon radiation treatment BRC-2 localizes to discrete foci that coincide with presumptive sites of DNA damage.
25srv-8F53F1.7n/achrV 13,419,959C. elegans SRV-8 protein; contains similarity to Interpro domains IPR002456 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B)
26apc-11F35G12.9n/achrIII 4,594,070apc-11 encodes a predicted key catalytic subunit of the anaphase promoting complex that is required for embryonic development past the embryonic one- cell stage.
27F54E4.4F54E4.4n/achrX 14,643,359contains similarity to Pfam domain PF03931 Skp1 family, tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR001232 (SKP1 component), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR016073 (SKP1 component, POZ)
28sre-49C50E10.9n/achrII 12,319,870C. elegans SRE-49 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
29str-71T23F1.4n/achrV 15,458,547C. elegans STR-71 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30C37E2.3C37E2.3n/achrX 14,180,268contains similarity to Pfam domain PF04750 FAR-17a/AIG1-like protein contains similarity to Interpro domains IPR006838 (FAR-17a/AIG1-like protein), IPR002208 (SecY protein)
31F25H2.3F25H2.3n/achrI 10,548,642contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
32W04C9.6W04C9.6n/achrI 485,237contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
33srbc-83C31A11.3n/achrV 16,297,797C. elegans SRBC-83 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR002231 (5-Hydroxytryptamine receptor)
34tbx-31C36C9.2n/achrX 1,672,652tbx-31 encodes a diverged member of the T-box transcription factor family; by homology, TBX-31 is predicted to function as a transcriptional regulator during development, but as loss of tbx-31 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of TBX-31 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
35D1007.9D1007.9n/achrI 4,591,009
36K07D4.4K07D4.4n/achrII 4,032,008
37srw-139C44C3.7n/achrV 2,984,742C. elegans SRW-139 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
38B0302.4B0302.4n/achrX 17,176,549
39F53E10.3F53E10.3n/achrV 2,606,470
40C24A3.1C24A3.1n/achrX 9,003,584contains similarity to Aedes aegypti Condensin, SMC5-subunit, putative (Fragment).; TR:Q16IF0
41cdh-8F18F11.3n/achrIV 351,612cdh-8 encodes a cadherin that may be nematode specific; CDH-8 is predicted to function as a membrane protein that plays a role in cell adhesion and/or morphogenesis, but as loss of cdh-8 activity via mutation or large-scale RNAi experiments results in no obvious abnormalities, the precise role of cdh-8 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
42W10G11.4W10G11.4n/achrII 3,563,054contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
43T05B4.13T05B4.13n/achrV 4,126,750contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
44F47G4.8F47G4.8n/achrI 14,053,124
45D1086.1D1086.1n/achrV 14,099,606contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
46srw-112K12D9.9n/achrV 3,005,101C. elegans SRW-112 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
47F14E5.1F14E5.1n/achrII 8,418,639contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
48F55E10.5F55E10.5n/achrX 8,335,538
49B0399.2B0399.2n/achrV 19,551,938contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
50srh-269T03E6.5n/achrV 16,591,043C. elegans SRH-269 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)