UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1sos-1T28F12.30chrV 4,533,472The sos-1 gene, also known as let-341, encodes an ortholog of Son of sevenless, a guanine nucleotide exchange factor that affects viability, sex myoblast migration, vulval induction, and oogenesis; it acts genetically downstream of let-23 and upstream of let-60 with respect to vulval development.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3srx-34T01C4.4n/achrV 7,119,646C. elegans SRX-34 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
4sra-6AH6.10n/achrII 9,549,075sra-6 encodes a seven-transmembrane chemosensory receptor; an sra-6::GFP fusion reporter is expressed in the ASH (strongly) and ASI (weakly) amphid sensory neurons, the PVQ interneurons, and in the SPD and SPV male spicule neurons; sra-6 expression in the ASH neurons is positively regulated by KIN-29, a serine/threonine kinase, acting through the HDA-4 class II histone deacetylase and the MEF-2 MADS domain transcription factor; in addition, maintenance of sra-6::gfp expression in the ASH and ASI requires activity of the DAF-7/TGF-beta signaling pathway.
5T20D4.17T20D4.17n/achrV 3,395,750contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domain IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
6daf-11B0240.3n/achrV 11,721,848The daf-11 gene encodes a guanylate cyclase that affects dauer formation, chemotaxis, and axon formation; it is genetically upstream of daf-12 with respect to dauer larvae formation and is expressed in a subset of amphid neurons.
7C13B9.2C13B9.2n/achrIII 6,621,178contains similarity to Pfam domain PF05161 MOFRL family contains similarity to Interpro domain IPR007835 (MOFRL)
8abf-3F54B8.5n/achrV 15,817,602abf-3 encodes a homolog of the antibacterial factor ASABF from Ascaris suum; ABF-3 may play a role in innate immunity, though at present the only evidence for its having an antimicrobial humoral function is its sequence similarity.
9R09D1.5R09D1.5n/achrII 9,448,892contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
10C16D9.8C16D9.8n/achrV 8,262,448
11ZK892.6ZK892.6n/achrII 9,979,541contains similarity to Vibrio parahaemolyticus Hypothetical protein.; TR:Q87PB2
12tni-4W03F8.1n/achrIV 5,205,854tni-4 encodes one of the four elegans troponin I proteins; tni-4 is required for the normal development of the pharynx during embryonic development; TNI-4 interacts only with the pharyngeal troponin C; tni-4 is expressed exclusively in the pharyngeal muscles.
13srd-47F17A2.11n/achrX 12,334,389C. elegans SRD-47 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
14srab-1C04F5.4n/achrV 5,101,092C. elegans SRAB-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domain IPR002184 (Serpentine beta receptor)
15srv-7T22B7.5n/achrX 5,643,888C. elegans SRV-7 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000832 (GPCR, family 2, secretin-like)
16srh-139F57E7.3n/achrV 16,484,653C. elegans SRH-139 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
17F53F1.1F53F1.1n/achrV 13,405,004contains similarity to Pfam domains PF00169 (PH domain) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00130 (Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR015727 (Protein kinase C mu-related), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
18F56H6.9F56H6.9n/achrI 12,305,199contains similarity to Pfam domain PF03385 Protein of unknown function, DUF288 contains similarity to Interpro domain IPR005049 (Protein of unknown function DUF288)
19egl-38C04G2.7n/achrIV 10,108,695The egl-38 gene encodes a Pax5 homolog.
20F38A1.11F38A1.11n/achrIV 1,248,205contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
21exc-9F20D12.5n/achrIV 7,940,302exc-9 encodes a LIM domain-containing protein; exc-9 activity is required for proper development and morphogenesis of the excretory cell canal.
22srx-73F41F3.7n/achrV 4,664,669C. elegans SRX-73 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
23ZK112.6ZK112.6n/achrIII 7,740,126contains similarity to Leptospira interrogans serogroup Icterohaemorrhagiae serovar copenhageni Acetyl-coenzyme A synthetase (EC 6.2.1.1) (Acetate--CoA ligase) (Acyl-sactivating enzyme).; SW:Q72LY9
24C04E6.3C04E6.3n/achrV 5,920,241
25srw-109ZK488.9n/achrV 607,863C. elegans SRW-109 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR008075 (Lipocalin-1 receptor)
26kin-30M01B2.1n/achrV 15,246,214kin-30 encodes a predicted tyrosine kinase; kin-30 is expressed during larval stages, but has not been detected in adults; the expression of kin-30 was experimentally verified by RT-PCR.
27ZC13.2ZC13.2n/achrX 881,854
28C44C10.7C44C10.7n/achrX 11,687,559contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
29tsg-101C09G12.9n/achrIV 3,512,510C09G12.9 encodes the C. elegans ortholog of S. cerevisiae vacuolar protein sorting protein Vps23p and human TUMOR SUSCEPTIBILITY GENE 101 (TSG101; OMIM:601387), mutations in which are associated with several types of cancer and with varying responses to HIV infection; the product of C09G12.9 is predicted to be a component of C. elegans ESCRT-1 (Endosomal Sorting Complex Required for Transport), and RNAi experiments indicate that its activity is essential for embryonic and larval development.
30ZC190.10ZC190.10n/achrV 8,696,074
31F25E2.3F25E2.3n/achrX 812,150contains similarity to Pfam domain PF02551 Acyl-CoA thioesterase contains similarity to Interpro domain IPR003703 (Acyl-CoA thioesterase)
32lev-8C35C5.5n/achrX 11,562,231lev-8 encodes a novel nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) alpha subunit that is a member of the ACR-8 group of nAChR subunits; LEV-8 activity is required for normal rates of pharyngeal pumping and for fully wild-type responses (increased egg laying and body wall muscle contraction) to the nAChR agonist and antihelmintic levamisole; expression of a LEV-8::GFP reporter construct begins at the L1 larval stage and is detected in neurons, body wall and uterine muscle cells, and socket cells of the IL and OL mechanosensory neurons; expression in body wall muscles is strongest in the anterior, consistent with increased levamisole resistance of head, or anterior, muscles seen in lev-8 mutant animals.
33Y18D10A.4Y18D10A.4n/achrI 12,816,155contains similarity to Thecacera pennigera Cytochrome oxidase subunit I (EC 1.9.3.1) (Cytochrome c oxidasespolypeptide I) (Fragment).; TR:Q9T6F2
34C52A11.3C52A11.3n/achrII 10,737,705contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
35D2096.9D2096.9n/achrIV 8,382,356
36T21E12.3T21E12.3n/achrI 4,403,989contains similarity to Pfam domain PF03761 Domain of unknown function (DUF316) contains similarity to Interpro domains IPR005514 (Protein of unknown function DUF316), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
37acr-5K03F8.2n/achrIII 6,512,172acr-5 encodes a predicted member of the alpha subunit family of nicotinic acetylcholine receptors that is expressed in the nervous system.
38C48C5.1C48C5.1n/achrX 8,982,602contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002286 (P2 purinoceptor), IPR005390 (Neuromedin U receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
39col-78W07A12.5n/achrII 9,153,340C. elegans COL-78 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
40srh-219C06B8.6n/achrV 15,496,906C. elegans SRH-219 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41W04D2.5W04D2.5n/achrV 12,493,975contains similarity to Pfam domain PF00411 Ribosomal protein S11 contains similarity to Interpro domain IPR001971 (Ribosomal protein S11)
42F35E8.9F35E8.9n/achrV 15,916,920contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
43R02D5.6R02D5.6n/achrV 14,513,495contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
44srd-12C39H7.6n/achrIV 5,629,500C. elegans SRD-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001073 (Complement C1q protein)
45fipr-21F41E7.5n/achrX 10,304,659C. elegans FIPR-21 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG8157-PA;; FLYBASE:CG8157
46K10C3.4K10C3.4n/achrI 9,861,391contains similarity to Xenopus laevis Transmembrane protein 98.; SW:Q6INX1
47T02B11.6T02B11.6n/achrV 887,079contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
48glb-8C26C6.7n/achrI 7,510,602glb-8 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays; glb-8 expression is induced by anoxia in a HIF-1 dependent manner, although it is also paradoxically upregulated in a hif-1 mutant background; glb-8 expression is downregulated in a daf-2(e1370) mutant background under normoxic conditions; glb-8 expression is lower in L3 larvae than in young adults or dauers.
49C07A9.10C07A9.10n/achrIII 9,685,849contains similarity to Pfam domain: PF00442 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases family 2), Score=28.0, E-value=1e-05, N=1
50C25A1.15C25A1.15n/achrI 10,197,447contains similarity to Human herpesvirus 6 Hypothetical protein.; TR:Q89893