UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1dat-1T23G5.50chrIII 9,244,759dat-1 encodes a plasma membrane dopamine transporter; DAT-1 is predicted to regulate dopaminergic neurotransmission via reuptake of dopamine into presynaptic neurons; when expressed in HeLa cells, DAT-1 exhibits high affinity, saturable dopamine transport; further, in primary cultures of C. elegans dopaminergic neurons, DAT-1 also exhibits a channel mode of conduction that leads to membrane depolarization; in hermaphrodites, dat-1 is expressed in the eight dopaminergic neurons (4 CEPs, 2 ADEs, and 2 PDEs), while in males dat-1 is additionally expressed in the three pairs of tail dopaminergic neurons; dat-1 expression begins during embryogenesis with the exception of expression in the PDE neurons which are born postembryonically.
2his-12ZK131.6n/achrII 13,821,298his-12 encodes an H2A histone; his-12 is contained within the histone gene cluster HIS3.
3nhr-78F36A4.14n/achrIV 4,276,441C. elegans NHR-78 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
4C50E3.2C50E3.2n/achrV 7,610,647contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
5alr-1R08B4.2n/achrX 11,123,705C. elegans ALR-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR000047 (Helix-turn-helix motif, lambda-like repressor), IPR013847 (POU), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
6F48G7.7F48G7.7n/achrV 626,072contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
7F28C10.3F28C10.3n/achrX 533,819contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
8sru-29C50C10.2n/achrV 9,812,012C. elegans SRU-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
9seld-1Y45F10A.4n/achrIV 13,507,532C. elegans SELD-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02769 (AIR synthase related protein, C-terminal domain) , PF00586 (AIR synthase related protein, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016188 (PurM, N-terminal-like), IPR000728 (AIR synthase related protein), IPR010918 (AIR synthase related protein, C-terminal), IPR004536 (Selenide water dikinase)
10aps-1F29G9.3n/achrV 6,018,404aps-1 encodes an adaptin: specifically, it encodes an ortholog of the sigma1 subunit of adaptor protein complex 1 (AP-1).
11kgb-1T07A9.3n/achrIV 407,854kgb-1 encodes a serine/threonine kinase that is a member of the JNK (Jun-N-terminal kinase) subfamily of MAP (mitogen-activated protein)kinases; loss of kgb-1 activity results in temperature-sensitive sterility in hermaphrodites and males; in hermaphrodites, this sterility is associated with disorganized gonads and endomitotic oocytes that have likely failed to undergo oocyte maturation; in kgb-1 mutant males, sperm is present, but is non-functional; KGB-1 interacts in vitro with all four C. elegans germline helicases, GLH-1, -2, -3, and -4, that localize to P granules in vivo; Northern analyses indicate that kgb-1 mRNA is present in both somatic and germline tissues.
12nhr-125R02D1.1n/achrV 4,322,934C. elegans NHR-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
13C52B11.5C52B11.5n/achrX 1,274,112contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
14F53B1.2F53B1.2n/achrX 2,110,346contains similarity to Pfam domains PF07647 (SAM domain (Sterile alpha motif)) , PF00536 (SAM domain (Sterile alpha motif)) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR013761 (Sterile alpha motif-type), IPR001660 (Sterile alpha motif SAM), IPR011510 (Sterile alpha motif homology 2)
15emb-27F10B5.6n/achrII 8,160,979emb-27 encodes a tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein that is the C. elegans ortholog of the anaphase-promoting complex (APC) subunit APC-6 (CDC16); required maternally and paternally, EMB-27 activity is essential for proper execution of the metaphase-to-anaphase transition during meiosis (both oogenesis and spermatogenesis) and mitosis (during germline proliferation); EMB-27 activity is also critical for embryonic anterior-posterior (A-P) axis formation, production of the secreted eggshell, and normal vulval development; in establishing the embryonic A-P axis, EMB-27 likely acts upstream of the separin protease to ensure proper localization of PAR-3 and PAR-2 to the anterior and posterior cortices, respectively.
16cacn-1W03H9.4n/achrII 14,137,700cacn-1 encodes an ortholog of Drosophila CACTIN and human C19orf29 that is required for normal distal tip cell migration, embryonic viability, fertility, locomotion, vulval morphogenesis, and normally rapid growth; like CACTIN, CACN-1 contains predicted coiled-coil domains, but otherwise lacks recognizable similarity to known proteins.
17skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
18F18F11.1F18F11.1n/achrIV 335,994contains similarity to Interpro domain IPR014467 (Peroxisomal membrane protein 4)
19T07F10.5T07F10.5n/achrV 12,866,209contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR002168 (Lipase, GDXG, active site), IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
20str-82B0213.8n/achrV 3,975,447C. elegans STR-82 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21Y47H9C.7Y47H9C.7n/achrI 11,892,653Y47H9C.7 is orthologous to the human gene EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 2B, SUBUNIT 2 (BETA, 39KD) (EIF2B2; OMIM:606454), which when mutated leads to disease.
22sprr-2F42D1.3n/achrX 14,802,137C. elegans SPRR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
23C10C6.6C10C6.6n/achrIV 11,476,280contains similarity to Pfam domains PF00122 (E1-E2 ATPase) , PF00702 (haloacid dehalogenase-like hydrolase) contains similarity to Interpro domains IPR008250 (E1-E2 ATPase-associated region), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit), IPR006544 (P-type ATPase of unknown pump specificity (type V)), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
24atf-6F45E6.2n/achrX 12,482,840atf-6 is an ortholog of mammalian ATF6alpha, a proximal sensor required for the unfolded protein response (UPR) in the endoplasmic reticulum (ER); ATF6alpha is a transmembrane protein, with a bZIP transcription factor domain in its cytosolic amino terminus that is released and activated by proteolytic cleavage upon ER stress; either ire-1 or xbp-1 deletions are synthetically lethal with atf-6 or pek-1 deletions, producing arrest in L2 larvae; RNAi of Y56A3A.2 (a S2P protease homolog) is synthetically lethal with ire-1(RNAi), consistent with the hypothesis that Y56A3A.2 cleaves ATF-6; atf-6 regulates few genes that are transcriptionally induced by UPR, but regulates roughly one-quarter of genes that require UPR constitutively; pdr-1 transcripts are strongly upregulated in a atf-6(ok551) mutant background, but atf-6(ok551);pdr-1(lg103) double mutants have a grossly normal phenotype ; atf-6 is dispensable for proper localization of GLR-1 glutamate receptors.
25Y54E2A.6Y54E2A.6n/achrII 14,768,030contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) (2), PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) (2), PF02889 (Sec63 Brl domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR004179 (Sec63), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
26srw-60T11F1.1n/achrII 2,960,240C. elegans SRW-60 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
27ptc-2F21H12.4n/achrII 6,084,701ptc-2 encodes an ortholog of Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome), which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; PTC-2 is required for normal fat storage; PTC-2 is also required for normal egg osmotic integrity, locomotion, egg laying, and viability in mass RNAi assays.
28F53H1.3F53H1.3n/achrIV 1,334,268contains similarity to Pfam domain PF07792 Protein of unknown function (DUF1630) contains similarity to Interpro domain IPR012860 (Protein of unknown function DUF1630)
29F34H10.2F34H10.2n/achrX 9,630,584contains similarity to Anabaena sp Hypothetical protein Alr0331.; TR:Q8YZX4
30B0432.9B0432.9n/achrII 283,160contains similarity to Pfam domain PF00753 Metallo-beta-lactamase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR001279 (Beta-lactamase-like)
31EEED8.4EEED8.4n/achrII 5,410,795contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
32fbxb-76H02I12.2n/achrIV 11,378,732This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
33srh-131Y102A5C.31n/achrV 17,006,090C. elegans SRH-131 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34Y57G11A.4Y57G11A.4n/achrIV 14,484,352contains similarity to Interpro domain IPR005018 (DOMON related)
35C05E7.4C05E7.4n/achrX 12,966,891contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
36C26E1.1C26E1.1n/achrV 13,297,767contains similarity to Rattus norvegicus GLUT4 vesicle protein.; TR:Q9Z1X1
37lin-1C37F5.1n/achrIV 2,288,106lin-1 encodes an Ets-domain-containing transcription factor that is a member of the ETS gene family that includes human ELK1, 3, and 4 (OMIM:600247); LIN-1 functions as a general effector of MAP kinase-mediated signaling; when MAP kinase is inactive, LIN-1 forms a complex with LIN-31/WH that inhibits vulval cell fate specification; upon MAP kinase activation (vulval induction), LIN-1 is phosphorylated, dissociates from LIN-31, and becomes inactive, thus allowing for vulval development.
38T09E11.1T09E11.1n/achrI 12,338,593contains similarity to Pfam domain PF03360 Glycosyltransferase family 43 contains similarity to Interpro domain IPR005027 (Glycosyl transferase, family 43)
39rheb-1F54C8.5n/achrIII 9,455,024rheb-1 encodes a GTPase orthologous to the mammalian Rheb and Rheb1 GTPases; loss of rheb-1 activity via RNAi indicates that RHEB-1 is involved in the mitochondrial unfolded protein response and that its function is required for normal growth rates, body size, osmoregulation, reproduction, and locomotion.
40fbxa-203W05F2.5n/achrI 3,372,801This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
41Y44E3A.3Y44E3A.3n/achrI 3,318,281contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR015467 (Thioredoxin family), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
42F57G4.6F57G4.6n/achrV 17,643,424contains similarity to Interpro domains IPR013048 (Meiotic recombination Spo11), IPR006578 (MADF)
43F58B3.6F58B3.6n/achrIV 11,637,391contains similarity to Pfam domains PF04836 (Interferon-related protein conserved region) , PF05004 (Interferon-related developmental regulator (IFRD)) contains similarity to Interpro domains IPR007701 (Interferon-related developmental regulator), IPR006921 (Interferon-related protein conserved region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
44srd-68F09C6.7n/achrV 16,901,990C. elegans SRD-68 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45F18A12.7F18A12.7n/achrII 3,412,942contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
46C06E4.4C06E4.4n/achrIV 7,259,079contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
47T07D1.5T07D1.5n/achrX 2,419,146
48glr-8F22A3.3n/achrX 6,508,340glr-8 encodes a highly divergent putative ionotropic glutamate receptor subunit, unclassifiable as NMDA or non-NMDA (though possibly of the Delta subfamily), and without any clear close homologs in metazoa or plants; glr-8 is expressed in the pharyngeal nervous system, the body wall mechanoreceptors ALM and PLM, and two other neurons (BDU and URB); glr-8 is expressed from embryogenesis to adulthood.
49srx-59T07H8.3n/achrV 6,972,490C. elegans SRX-59 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
50srw-118C44C3.5n/achrV 2,979,418C. elegans SRW-118 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)