UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1T20F7.5T20F7.50chrX 16,850,352contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
2C08H9.1C08H9.1n/achrII 9,876,448contains similarity to Pfam domain PF00450 Serine carboxypeptidase contains similarity to Interpro domain IPR001563 (Peptidase S10, serine carboxypeptidase)
3dpy-22F47A4.2n/achrX 9,816,134dpy-22 encodes a broadly expressed protein, homologous to the human transcriptional mediator protein TRAP230, which is involved in WNT and RAS signaling, as well as in dosage compensation; DPY-22 has a C-terminal glutamine-rich domain that is dispensable for inhibition of RAS-dependent cell differentiation, but is required for inhibition of BAR-1-dependent gene expression.
4M04C9.4M04C9.4n/achrI 9,356,115contains similarity to Bos taurus Osteopontin precursor (Bone sialoprotein 1).; SW:OSTP_BOVIN
5skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
6Y17D7C.2Y17D7C.2n/achrV 18,717,931contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
7clec-263F26F2.6n/achrV 20,571,518C. elegans CLEC-263 protein; contains similarity to Pfam domains PF08277 (PAN-like domain) (2), PF00024 (PAN domain) contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
8fbxb-85R17.1n/achrIII 10,848,088This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
9F22F1.3F22F1.3n/achrX 8,162,399contains similarity to Pfam domain PF02172 KIX domain contains similarity to Interpro domain IPR003101 (Coactivator CBP, KIX)
10R08B4.3R08B4.3n/achrX 11,119,911contains similarity to Homo sapiens 23 kDa protein; VG:OTTHUMP00000170038
11R12B2.6R12B2.6n/achrIII 5,834,841
12aat-1F27C8.1n/achrIV 9,600,317aat-1 encodes an amino acid transporter catalytic subunit; when co-expressed in Xenopus oocytes with the ATG-2 glycoprotein subunit, AAT-1 is able to facilitate amino acid uptake and exchange, showing a relatively high affinity for small and some large neutral amino acids; in addition, AAT-1 is able to covalently associate with ATG-2 or ATG-1 to form heterodimers in the Xenopus expression system; when co-expressed with ATG-2, AAT-1 localizes to the cell surface of oocytes, but when expressed alone or with ATG-1, AAT-1 localizes intracellularly.
13srh-15C50B6.6n/achrV 13,321,651C. elegans SRH-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
14ZK938.3ZK938.3n/achrII 9,832,928contains similarity to Pfam domain PF00612 IQ calmodulin-binding motif contains similarity to Interpro domain IPR000048 (IQ calmodulin-binding region)
15C01H6.3C01H6.3n/achrI 7,208,985contains similarity to Pfam domain PF00096 (Zinc finger, C2H2 type)
16srh-268C54F6.1n/achrV 7,540,084C. elegans SRH-268 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
17ptd-2F07C3.1n/achrV 9,252,223C. elegans PTD-2 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000731 (Sterol-sensing 5TM box), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
18F54A5.2F54A5.2n/achrI 966,565contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
19che-13F59C6.7n/achrI 10,511,288che-13 encodes a novel protein homologous to mammalian IFT57/Hippi (OMIM:606621, protein interactor of Huntingtin-interacting protein 1 that is implicated in neuronal apoptosis in the Huntington disease state); CHE-13 is a proposed component of the intraflagellar transport (IFT) complex B, and is required for the construction and maintenance of cilia on a subset of sensory neurons; in addition, CHE-13 is required for proper localization of OSM-5, a murine polaris homolog, to IFT complex B; CHE-13 is expressed in ciliated sensory neurons including the amphids, phasmids, inner and outer labial neurons, and sensory rays of the male tail, localizing to the cilia base (transition zone) as well as to the axoneme; che-13 expression, like that of ciliogenic genes osm-1, osm-5, osm-6, and che-2, is positively regulated by the DAF-19 RFX-type transcription factor.
20T09E11.3T09E11.3n/achrI 12,369,888contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
21K06H7.2K06H7.2n/achrIII 8,094,871This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
22C52A10.2C52A10.2n/achrV 5,235,946contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
23C12D5.10C12D5.10n/achrV 7,692,770contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
24F52H2.1F52H2.1n/achrX 2,574,893
25ZC482.3ZC482.3n/achrIII 12,762,606contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
26C34F6.10C34F6.10n/achrX 11,233,244contains similarity to Pfam domain PF00041 Fibronectin type III domain contains similarity to Interpro domains IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR000694 (Proline-rich region)
27sru-3C33A12.11n/achrIV 9,497,224C. elegans SRU-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
28W06B11.1W06B11.1n/achrX 5,850,462contains similarity to Pfam domain PF05301 Protein of unknown function (DUF738) contains similarity to Interpro domain IPR007965 (Protein of unknown function DUF738)
29sre-24F37B4.9n/achrV 2,885,567C. elegans SRE-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR001046 (Natural resistance-associated macrophage protein), IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
30C03F11.1C03F11.1n/achrX 5,392,402contains similarity to Pfam domains PF03530 (Calcium-activated SK potassium channel) , PF02888 (Calmodulin binding domain) , PF07885 (Ion channel) contains similarity to Interpro domains IPR004178 (Calmodulin-binding), IPR015449 (Potassium channel, calcium-activated, SK), IPR011996 (Potassium channel, calcium-activated, SK, conserved region), IPR003091 (Voltage-dependent potassium channel), IPR013099 (Ion transport 2)
31clec-182C33D9.2n/achrIV 8,797,600C. elegans CLEC-182 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
32cdk-2K03E5.3n/achrI 3,411,552C. elegans CDK-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
33F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
34R09A1.3R09A1.3n/achrV 1,025,455
35gcy-3R134.1n/achrII 9,504,941gcy-3 is predicted to encode a guanylate cyclase.
36gcy-11C30G4.3n/achrX 17,049,964C. elegans GCY-11 protein; contains similarity to Pfam domains PF00069 (Protein kinase domain) , PF00211 (Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001054 (Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
37C41C4.3C41C4.3n/achrII 8,110,504contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
38gpa-5F53B1.7n/achrX 2,119,972gpa-5 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in AWA, with faint expression in ASI.
39T21D11.1T21D11.1n/achrIII 7,246,672contains similarity to Pfam domain PF00413 Matrixin contains similarity to Interpro domains IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001506 (Peptidase M12A, astacin), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR001818 (Peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin)
40rhgf-1F13E6.6n/achrX 10,704,787rhgf-1 encodes an RGS RhoGEF (Regulator of G-protein Signaling Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor); RHGF-1 functions within cholingergic motor neurons in one of four G-protein-mediated signaling pathways that control locomotion via regulation of acetylcholine (ACh) release at neuromuscular junctions; in regulating ACh release, RHGF-1 functions downstream of the C. elegans Galpha12 ortholog, GPA-12, and upstream of the Rho GTPase ortholog, RHO-1; additionally, rhgf-1 activity is required for normal mechanosensory behavior, egg laying, and embryonic development; an rhgf-1 reporter fusion is expressed in ventral cord motor neurons as well as several head neurons.
41srw-39F19B2.3n/achrV 20,166,056C. elegans SRW-39 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domain IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300)
42ugt-61F39G3.1n/achrV 4,743,888C. elegans UGT-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
43F15A4.5F15A4.5n/achrII 12,470,242contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8ICX2
44C11G10.1C11G10.1n/achrX 15,157,907
45C46H3.3C46H3.3n/achrX 1,228,487contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
46vps-32.2C37C3.3n/achrV 7,850,487C. elegans VPS-32.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
47ift-74C18H9.8n/achrII 6,681,205C. elegans IFT-74 protein; contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR000694 (Proline-rich region)
48C30F12.5C30F12.5n/achrI 6,995,898contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
49rab-11.2W04G5.2n/achrI 11,633,357C. elegans RAB-11.2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR002041 (Ran GTPase), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR006688 (ADP-ribosylation factor), IPR013753 (Ras), IPR006689 (ARF/SAR superfamily)
50VW02B12L.2VW02B12L.2n/achrII 11,439,443contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase)