UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nhr-218T13F3.20chrV 16,259,537C. elegans NHR-218 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
2D1022.5D1022.5n/achrII 7,458,058
3col-168T10E10.1n/achrX 6,326,741C. elegans COL-168 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
4T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
5nuc-1C07B5.5n/achrX 9,541,102The nuc-1 gene encodes a DNase II homolog similar to mammalian and Drosophila DNaseII enzymes and is required for DNA degradation during apoptosis as well as for degradation of dietary DNA during normal feeding; during apoptosis, NUC-1 functions in apoptotic cells at an intermediate stage of DNA degradation, after the killing step, but prior to cell-corpse engulfment.
6srn-1K12B6.5n/achrV 6,285,660C. elegans SRN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
7F22B8.3F22B8.3n/achrV 16,091,524contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8C32D5.11C32D5.11n/achrII 6,354,177contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
9srz-54Y102A5C.25n/achrV 16,981,243C. elegans SRZ-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
10srg-23Y25C1A.11n/achrII 3,095,026C. elegans SRG-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
11T11F8.2T11F8.2n/achrIV 5,477,982
12scl-27ZK6.3n/achrV 400,930C. elegans SCL-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
13T10B11.6T10B11.6n/achrI 6,944,267contains similarity to Pfam domain PF05705 Eukaryotic protein of unknown function (DUF829) contains similarity to Interpro domain IPR008547 (Protein of unknown function DUF829, eukaryotic)
14C44C10.3C44C10.3n/achrX 11,703,337contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
15Y37D8A.21Y37D8A.21n/achrIII 12,929,839contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
16ZK858.1ZK858.1n/achrI 9,119,671contains similarity to Pfam domains PF03828 (Poly(A) polymerase) , PF01909 (Nucleotidyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002934 (Nucleotidyltransferase), IPR002058 (PAP/25A-associated)
17ZK228.1ZK228.1n/achrV 18,445,683contains similarity to Mus musculus SOX-13 protein.; SW:SX13_MOUSE
18srx-51T10H4.9n/achrV 15,282,706C. elegans SRX-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
19B0507.7B0507.7n/achrV 8,757,284contains similarity to Pfam domains PF04960 (Glutaminase) , PF00023 (Ankyrin repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR015868 (Glutaminase, core), IPR007043 (Glutaminase), IPR012338 (Beta-lactamase-type transpeptidase fold), IPR002110 (Ankyrin)
20F26E4.5F26E4.5n/achrI 9,769,984F26E4.5 encodes an SH2 domain-containing tyrosine kinase related to the vertebrate FER non-receptor protein tyrosine kinase; loss of F26E4.5 activity in an RNAi-hypersensitive strain results in axon guidance defects indicating that F26E4.5 likely plays a role in regulation of axon navigation.
21cpsf-2F09G2.4n/achrV 7,181,006C. elegans CPSF-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00753 (Metallo-beta-lactamase superfamily) , PF07521 (RNA-metabolising metallo-beta-lactamase) contains similarity to Interpro domains IPR011108 (RNA-metabolising metallo-beta-lactamase), IPR001279 (Beta-lactamase-like)
22F25H9.3F25H9.3n/achrV 13,456,608contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
23rab-39D2013.1n/achrII 9,322,411rab-39 encodes a small, monomeric Rab GTPase that is most closely related to the human and Drosophila Rab39 GTPases; by homology, RAB-39 is predicted to function as a membrane-associated GTPase required for intracellular vesicular trafficking and for regulation of endo- and exocytosis; however, as loss of rab-39 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of RAB-39 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
24M4.1M4.1n/achrIV 3,215,716contains similarity to Pfam domain PF00498 FHA domain contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR009053 (Prefoldin), IPR000253 (Forkhead-associated)
25rlbp-1T23G11.5n/achrI 7,688,763C. elegans RLBP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00620 RhoGAP domain contains similarity to Interpro domains IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR000198 (RhoGAP)
26D2007.1D2007.1n/achrIII 8,155,633
27str-12B0391.4n/achrV 15,611,921C. elegans STR-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
28T24C2.5T24C2.5n/achrX 14,538,539contains similarity to Homo sapiens Nuclear receptor co-repressor 1; ENSEMBL:ENSP00000268712
29R09E12.6R09E12.6n/achrV 767,566contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
30C50B8.3C50B8.3n/achrV 13,567,762contains similarity to Pfam domain PF08547 Complex I intermediate-associated protein 30 (CIA30) contains similarity to Interpro domain IPR013857 (NADH:ubiquinone oxidoreductase complex I intermediate-associated protein 30)
31Y40H7A.9Y40H7A.9n/achrIV 15,207,561contains similarity to Pfam domains PF01461 (7TM chemoreceptor) , PF00112 (Papain family cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
32dsc-1C18B12.3n/achrX 15,032,922C. elegans DSC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
33rab-8D1037.4n/achrI 3,683,497rab-8 encodes a rab related protein of the Ras GTPase superfamily that affects ovarian morphology and function, thereby affecting fertility; acts downstream of let-60 with respect to vulval development based on genetic analysis.
34fbxa-187F47H4.7n/achrV 17,340,899This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
35T14G10.7T14G10.7n/achrIV 10,148,080contains similarity to Bos taurus GPI transamidase component PIG-S (Phosphatidylinositol-glycansbiosynthesis class S protein).; SW:Q3SZL5
36srd-11F53F4.9n/achrV 13,618,750C. elegans SRD-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37ZK632.9ZK632.9n/achrIII 9,825,065contains similarity to Barley yellow dwarf virus Coat protein.; SW:COAT_BYDVN
38pme-2E02H1.4n/achrII 9,594,003pme-2 encodes a poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) orthologous to human PARP2 (OMIM:607725); PME-2 has a predicted C-terminal catalytic domain; PME-2 has PARP activity in vitro, which is blocked by mammalian PARP inhibitors; since these inhibitors also cause embryonic lethality in worms exposed to ionizing radiation, PME-1 is likely to be required in vivo for repairing broken DNA.
39F26F12.2F26F12.2n/achrV 5,838,075
40htp-3F57C9.5n/achrI 4,828,421C. elegans HTP-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF02301 HORMA domain contains similarity to Interpro domain IPR003511 (DNA-binding HORMA)
41srw-96K04F1.2n/achrV 1,674,580C. elegans SRW-96 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
42C25D7.8C25D7.8n/achrV 15,066,857contains similarity to Interpro domains IPR003323 (Ovarian tumour, otubain), IPR016615 (Ubiquitin thioesterase Otubain)
43djr-1.1B0432.2n/achrII 291,212djr-1.1 encodes an ortholog of DJ-1 (OMIM:602533, mutated in early-onset Parkinson disease); DJR-1.1 is required for resistance to rotenone, a mitochondrial complex I inhibitors that mimics Parkinson disease (PD); djr-1.1(RNAi) animals are partly rescued from PD-like sensitivity by D-beta-hydroxybutyrate or tauroursodeoxycholic acid, and fully rescued by both; by orthology with DJ-1, DJR-1.1 may promote stability of the transcription factors SKN-1 or SKNR-1 (homologs of mammalian NFE2L2).
44F36F12.2F36F12.2n/achrV 2,093,433contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
45T12D8.4T12D8.4n/achrIII 13,628,781contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
46C07G1.2C07G1.2n/achrIV 8,208,755contains similarity to Pfam domains PF00057 (Low-density lipoprotein receptor domain class A) , PF00051 (Kringle domain) , PF00024 (PAN domain) contains similarity to Interpro domains IPR001190 (Speract/scavenger receptor), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN), IPR000001 (), IPR013806 (Kringle-like fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR017448 (Speract/scavenger receptor related)
47F20E11.7F20E11.7n/achrV 17,465,622contains similarity to Pfam domain PF03436 Domain of unknown function (DUF281) contains similarity to Interpro domains IPR005098 (Protein of unknown function DUF281), IPR006662 (Thioredoxin-related)
48F53G2.2F53G2.2n/achrII 2,483,921
49acy-1F17C8.1n/achrIII 4,726,505The acy-1 gene encodes a protein with 40% identity to mammalian adenylyl cyclases, most closely related to the divergent mouse isoform type IX, that affects viability, muscle contraction, locomotion, and molting; it acts genetically downstream of gsa-1 and is expressed in excitable cells.
50F21F3.3F21F3.3n/achrI 4,902,556contains similarity to Pfam domain PF04140 Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase (ICMT) family contains similarity to Interpro domains IPR007269 (Isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase), IPR001958 (Tetracycline resistance protein, TetA)