UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nas-20T11F9.30chrV 11,471,595nas-20 encodes an astacin-like metalloprotease.
2fbxa-2T13F3.5n/achrV 16,268,911This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
3C06E4.8C06E4.8n/achrIV 7,284,853contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
4lov-1ZK945.9n/achrII 10,115,543lov-1 encodes an ortholog of human PKD1 (OMIM:601313; mutated in autosomal dominant polycystic kidney disease) that is expressed in the ciliated sensory endings of three types of male-specific neurons and that is required for two aspects of male mating behavior: response to hermaphrodite contact and vulva location; LOV-1 acts with PKD-2; EGL-44 and EGL-46 regulate cell-specific expression of lov-1 and pkd-2 to specify the behavioral function of the HOB neuron; in vitro, LOV-1 interacts, via its conserved PLAT domain, with the N-terminus of ATP-2, the beta subunit of ATP synthase that also localizes to cilia, suggesting that ATP synthase may play a role in C. elegans polycystin signaling.
5skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
6pax-3F27E5.2n/achrII 10,149,568pax-3 encodes a divergent paired-like homeodomain protein that does not belong to the Q50, K50, or S50 classes; PAX-3 is required for locomotion and vulval development; pax-3(RNAi) animals have consistent Pvl and Unc phenotypes (as well as less consistent Bmd, Rup, and Stp phenotypes).
7ZC196.2ZC196.2n/achrV 8,740,693contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
8srh-193F47D2.9n/achrV 4,289,288C. elegans SRH-193 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
9fbxb-70ZK909.5n/achrI 14,956,357C. elegans FBXB-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
10W05B2.4W05B2.4n/achrIII 10,975,818contains similarity to Pfam domain PF08393 Dynein heavy chain, N-terminal region 2 contains similarity to Interpro domains IPR011010 (DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core), IPR013602 (Dynein heavy chain, N-terminal region 2)
11Y20C6A.1Y20C6A.1n/achrV 17,374,108This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
12ocr-3T10B10.7n/achrX 15,171,101ocr-3 encodes a predicted TRPV channel (transient receptor potential cation channel, subfamily V) containing six membrane-spanning regions, cytoplasmic ankyrin repeats, and a long, unconserved cytoplasmic tail that is related to the mammalian TRPV1 cation channel (OMIM:602076) activated by capsaicin and other noxious stimuli; although the precise role of OCR-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, OCR-3 expression is detected solely in the rectal gland cells and occasionally the glial socket cells of the head, suggesting that OCR-3 may function in sensory signal transduction in these cell types.
13skr-5F47H4.10n/achrV 17,348,283The skr-5 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-5(RNAi) animals are at least superficially normal.
14srab-17T11A5.2n/achrV 9,867,491C. elegans SRAB-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
15old-2ZK938.5n/achrII 9,848,462old-2 encodes a transmembrane protein tyrosine kinase (also known as 'kin-28') that affects mean and maximum life span with multiple paralogs in C. elegans; the expression of old-2 was experimentally verified by RT-PCR.
16C13A2.10C13A2.10n/achrV 7,274,350contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
17let-502C10H11.9n/achrI 4,741,246let-502 encodes a Rho-binding Ser/Thr kinase orthologous to human myotonic dystrophy kinase (DM-kinase); let-502 is required for early embryonic cleavages, embryonic elongation, migration of hypodermal P cells to a ventral position, normal spermathecal contraction, and fertility; LET-502 is required for hypodermal cells to properly change their shape, and is expressed in those cells, during embryonic elongation; let-502 mutations are suppressed by mel-11 mutations, and the pattern of LET-502 expression in the embryonic epidermis and the spermatheca is opposite to that of MEL-11, indicating that LET-502 and MEL-11 have opposing functions (presumably tissue contraction and relaxation); MEL-11 requires LET-502 (along with the nonmuscle myosin NMY-1) for proper localization.
18F47B8.6F47B8.6n/achrV 14,329,569contains similarity to Drosophila heteroneura Aminopeptidase N (Fragment).; TR:O61534
19R06B9.1R06B9.1n/achrII 13,764,398contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR000698 (Arrestin), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
20sru-18T04A11.9n/achrIV 12,503,147C. elegans SRU-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domains IPR003839 (Protein of unknown function DUF215), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
21C03G6.6C03G6.6n/achrV 7,358,148contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
22srw-15C41G6.3n/achrV 15,231,194C. elegans SRW-15 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
23twk-2T12C9.3n/achrII 4,447,199twk-2 encodes one of 44 C. elegans TWK (two-P domain K+) potassium channel subunits that contain two pore-forming domains and four transmembrane domains; the precise role of TWK-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, but TWK-2 may function redundantly with other TWK channels; TWK-2 is expressed in a subset of neurons.
24srr-8C13D9.3n/achrV 5,002,438C. elegans SRR-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domain IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species)
25F35C11.5F35C11.5n/achrII 8,254,199contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
26T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
27ttr-1K03H1.6n/achrIII 9,929,635ttr-1 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; although TTR-1 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known, loss of ttr-1 function via RNAi can result in enhanced dauer formation and daf-16-dependent lifespan extension.
28C13G5.2C13G5.2n/achrIII 8,617,549contains similarity to Interpro domain IPR001680 (WD40 repeat)
29C13A10.1C13A10.1n/achrII 1,353,185
30nhr-18F44C8.3n/achrV 2,228,092The nhr-18 gene encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain; the human homolog of nhr-18, CYP21, when mutated leads to congenital adrenal hyperplasia (OMIM:201910).
31C11D2.1C11D2.1n/achrIV 6,191,401
32C13A2.3C13A2.3n/achrV 7,283,523contains similarity to Pfam domain PF03269 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF268 contains similarity to Interpro domain IPR004951 (Protein of unknown function DUF268, Caenorhabditis species)
33tag-97C33A11.4n/achrX 15,373,762C. elegans TAG-97 protein; contains similarity to Pfam domains PF02198 (Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain) , PF00178 (Ets-domain) contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR000418 (Ets), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR003118 (Sterile alpha motif/pointed), IPR013761 (Sterile alpha motif-type)
34C08F11.3C08F11.3n/achrIV 13,620,866contains similarity to Homo sapiens HOR5'Beta8; ENSEMBL:ENSP00000332473
35F07G11.9F07G11.9n/achrV 7,317,554contains similarity to Pfam domains PF01476 (LysM domain) (12), PF05938 (Plant self-incompatibility protein S1) , PF00704 (Glycosyl hydrolases family 18) contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR010264 (Plant self-incompatibility S1), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001579 (Glycoside hydrolase, chitinase active site), IPR002482 (Peptidoglycan-binding LysM), IPR001002 (Chitin-binding, type 1)
36srw-120K12D9.5n/achrV 2,995,551C. elegans SRW-120 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
37C05D11.13C05D11.13n/achrIII 6,443,485contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG2839-PA;; FLYBASE:CG2839
38ric-3T14A8.1n/achrIV 7,819,689The ric-3 gene encodes a novel, highly charged protein with two transmembrane domains and extensive coiled-coil domains; it is necessary for the function of at least four nicotinic acetylcholine receptors; specifically, it is needed for assembly or trafficking of the DEG-3 nicotinic acetylcholine receptor.
39C34C6.3C34C6.3n/achrII 8,692,922contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) , PF07974 (EGF-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR000585 (Hemopexin), IPR006209 (EGF-like), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR005018 (DOMON related), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular)
40srw-33T26H5.5n/achrV 15,450,551C. elegans SRW-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
41cyp-13A7T10B9.10n/achrII 9,804,455cyp-13A7 encodes a homolog of cytochrome P450 proteins; these proteins are membrane proteins with a heme prosthetic group that catalyse the synthesis of steroid hormones (and bile salts), and also detoxify foreign substances (xenobiotic compounds).
42str-182C12D8.12n/achrV 10,232,595C. elegans STR-182 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
43nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
44W02B12.4W02B12.4n/achrII 11,457,473contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
45K02E2.7K02E2.7n/achrV 20,380,450contains similarity to Homo sapiens RB1-inducible coiled-coil protein 1; ENSEMBL:ENSP00000025008
46grl-23E02A10.2n/achrV 12,576,078grl-23 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, a glycine-rich low-complexity region, a Ground-like (Grl) domain, and an acid-rich low-complexity region; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
47fbxb-48F45C12.13n/achrII 1,718,632C. elegans FBXB-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
48C06G3.3C06G3.3n/achrIV 7,036,272
49ZC581.3ZC581.3n/achrI 6,653,325contains similarity to Interpro domain IPR011046 (WD40 repeat-like)
50C50F4.8C50F4.8n/achrV 9,518,171