UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1spo-11T05E11.40chrIV 11,123,963spo-11 encodes an ortholog of Spo11p in S. cerevisiae that is required for meiotic DNA recombination, and (in conjunction with CHK-2 and MRE-11) for the localization of RAD-51 to foci in late zygotene/early pachytene nuclei; like its yeast ortholog, SPO-11 is related to a subunit of archaebacterial topoisomerase VI, and probably causes double-stranded DNA breaks through a topoisomerase-like transesterase mechanism; however, unlike Spo11p, SPO-11 is dispensable for homologous synapsis and formation of the synaptonemal complex; SPO-11 is active even in syp-1 mutants where its double-stranded breaks cannot be correctly processed; spo-11 is transcribed in the germline.
2F26H11.4F26H11.4n/achrII 14,410,374contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial ATPase (similar to E. coli FtsH protein) that resides in the innner mitochondrial membrane; SGD:YMR089C
3sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
4skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
5D2030.7D2030.7n/achrI 7,589,605contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
6T23D8.7T23D8.7n/achrI 9,991,647contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF08699 (Domain of unknown function (DUF1785)) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR014811 (Region of unknown function DUF1785), IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
7btb-20F57C2.1n/achrII 14,522,887C. elegans BTB-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
8EEED8.14EEED8.14n/achrII 5,413,091contains similarity to Sulfolobus solfataricus DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:Q97WH0
9bath-2F52C6.11n/achrII 1,922,182C. elegans BATH-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
10syp-3F39H2.4n/achrI 8,663,589syp-3 encodes a coiled-coil protein; SYP-3 activity is required during meiosis for chromosome synapsis and chiasma formation, specifically for proper assembly of the central region of the synaptonemal complex; thus, SYP-3 is essential activity is essential for normal embryonic development; immunolocalization studies indicate that SYP-3 is likely a structural component of the central element of the synaptonemal complex.
11F08G5.1F08G5.1n/achrIV 12,409,650contains similarity to Homo sapiens Putative protein TPRXL; ENSEMBL:ENSP00000322097
12bir-2C50B8.2n/achrV 13,569,366The bir-2 gene encodes a protein with two BIR domains that may be involved in apoptosis.
13C55B7.11C55B7.11n/achrI 6,512,726
14taf-11.2K10D3.3n/achrI 7,133,402C. elegans TAF-11.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF04719 hTAFII28-like protein conserved region contains similarity to Interpro domains IPR006809 (TAFII28-like protein), IPR009072 (Histone-fold)
15nos-1R03D7.7n/achrII 10,952,444nos-1 encodes an putative RNA-binding protein that contains a zinc-binding motif homologous to that of Drosophila Nanos, a posterior-group protein required for embryonic patterning and primordial germ cell development; in C. elegans, NOS-1 is required redundantly with NOS-2, a second Nanos homolog, for maintenance of germ cell viability during postembryonic development and for preventing primordial germ cells from dividing in the absence of food; nos-1 mRNA is expressed dynamically in the embryo, with early expression seen throughout the embryo and later expression restricted solely to germline blastomeres; nos-1 mRNA becomes undetectable after the 200-cell stage, but reappears later at the 550-cell stage; NOS-1 protein is not detectable in germline blastomeres until the 550-cell stage, suggesting that NOS-1 might actually function zygotically in germline specification.
16lsl-1F52F12.4n/achrI 9,902,069C. elegans LSL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
17C41G7.3C41G7.3n/achrI 9,516,858contains similarity to Pfam domains PF00013 (KH domain) , PF03073 (TspO/MBR family) contains similarity to Interpro domains IPR004307 (TspO/MBR-related protein), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
18W03C9.2W03C9.2n/achrII 11,963,758contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Transcription elongation factor S-II (TFIIS).; SW:TFS2_SCHPO
19skr-17C06A8.4n/achrII 7,784,177skr-17 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a core component of the SCF (Skp1p, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that facilitates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-17 has no known function in vivo, since skr-17(RNAi) animals are at least superficially normal, and SKR-17 does not appear to interact in vitro with any of the C. elegans cullin homologs.
20F49E8.2F49E8.2n/achrIV 7,549,959contains similarity to Interpro domains IPR011767 (Glutaredoxin active site), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
21bath-15C08C3.2n/achrIII 7,775,331C. elegans BATH-15 protein; contains similarity to Pfam domains PF00917 (MATH domain) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
22C29A12.1C29A12.1n/achrV 10,812,876contains similarity to Mesocricetus auratus Synaptonemal complex protein 1 (SCP-1 protein) (Meiotic chromosomessynaptic protein) (Fragment).; SW:SCP1_MESAU
23ZC477.5ZC477.5n/achrIV 7,102,332
24zif-1F59B2.6n/achrIII 9,003,725zif-1 encodes a SOCS-box protein that promotes establishment of the germ line by targetting germline proteins for cullin-dependent degradation in non-germline (somatic) cells; ZIF-1 binds germline CCCH-(zinc)-finger proteins and the E3 ubiquitin ligase subunit elongin C (ELC-1); while ZIF-1 has no obvious homologs, it may be analogous to the Drosophila SOCS-box protein GUSTAVUS, which is required for VASA localization to the germline and which does have mammalian homologs.
25F45F2.11F45F2.11n/achrV 8,520,032contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
26C16C8.14C16C8.14n/achrII 3,450,118C16C8.14 encodes a Caenorhabditis-specific protein, with a central predicted coiled-coil and a C-terminal ubiqutin-like domain; C16C8.14 inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis, as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51; C16C8.14 is paralogous to C16C8.4, C16C8.11, C16C8.12, C16C8.13, C16C8.15, C16C8.16, and F54D10.7.
27C54G4.9C54G4.9n/achrI 8,025,714contains similarity to Pyrococcus furiosus Hypothetical protein PF0537.; TR:Q8U3D2
28C17F4.5C17F4.5n/achrII 3,247,215This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
29C10A4.4C10A4.4n/achrX 7,402,753
30T04A8.8T04A8.8n/achrIII 4,694,596contains similarity to Homo sapiens;Mus musculus;Rattus norvegicus;Bos taurus;Sus scrofa Ubiquitin-like protein SMT3B (Sentrin 2) (HSMT3).; SW:SM32_HUMAN
31W05F2.6W05F2.6n/achrI 3,370,130contains similarity to Interpro domains IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR001620 (Dopamine D3 receptor)
32C16C8.11C16C8.11n/achrII 3,454,183contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
33edc-3R05D11.8n/achrI 8,603,637C. elegans EDC-3 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
34F44B9.8F44B9.8n/achrIII 8,028,820contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF08542 (Replication factor C) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR000767 (Disease resistance protein), IPR001270 (Chaperonin clpA/B), IPR013748 (Replication factor C), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
35F56C9.3F56C9.3n/achrIII 7,312,130contains similarity to Pfam domain PF01545 Cation efflux family contains similarity to Interpro domain IPR002524 (Cation efflux protein)
36ZK418.8ZK418.8n/achrIII 7,084,302contains similarity to Pfam domain PF00013 KH domain contains similarity to Interpro domains IPR009019 (K Homology, prokaryotic type), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
37efn-3F15A2.5n/achrX 13,476,463efn-3 encodes a potential GPI-modified ephrin that is, with EFN-2, is required for normal epidermal organization in the male tail; EFN-3, along with EFN-1 and EFN-2, activates the VAB-1 tyrosine kinase in vivo and binds it in vitro, and has a minor role in embryonic epiboly.
38C16C8.13C16C8.13n/achrII 3,451,870contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
39T05B9.1T05B9.1n/achrII 11,260,588contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mlp proteins restrict telomere length by influencing the Rif1-Tel1 pathway of telomerase regulation; also involved in the translocation of macromolecules between the nucleoplasm and the NPC; SGD:YKR095W
40gak-1C05D2.5n/achrIII 5,605,958gak-1 encodes a protein that contains an AT hook motif, a DNA-binding domain that shows a preference for binding stretches of A/T base pairs; GAK-1 appears to play a role in meiotic chromosome segregation, as overexpression results in post-prophase I chromosome segregation abnormalities, and a corresponding increase in embryonic lethality and the proportion of genotypically XO males in an otherwise self-fertile, XX hermaphrodite population; loss of gak-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) results in sterility in the injected hermaphrodites, suggesting a possible role in germline development as well; gak-1 expression is enhanced in the germline, although its precise subcellular localization has not been reported.
41W02D9.4W02D9.4n/achrI 12,538,320contains similarity to Oryza sativa Hypothetical protein.; TR:Q8H7L3
42ZK632.11ZK632.11n/achrIII 9,828,713contains similarity to Pfam domain PF04046 PSP contains similarity to Interpro domains IPR006568 (PSP, proline-rich), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
43T05B11.4T05B11.4n/achrV 7,753,022contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
44fbxa-108F59A1.7n/achrV 17,657,524This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
45ftr-1Y113G7B.4n/achrV 20,192,960This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
46F29G9.7F29G9.7n/achrV 6,036,359This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
47B0001.2B0001.2n/achrIV 12,148,704contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
48F31F6.2F31F6.2n/achrX 14,870,061F31F6.2 encodes a novel protein that is conserved in C. elegans; three other genes related to F31F6.2 are present in tandem on the X chromosome; loss of F31F6.2 function via large-scale RNAi results in increased fat content.
49C48B4.11C48B4.11n/achrIII 9,565,286contains similarity to Interpro domain IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
50C52B11.4C52B11.4n/achrX 1,285,532