UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ttr-14T05A10.31.0000000000000001e-106chrX 10,788,525C. elegans TTR-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domains IPR001534 (Transthyretin-like), IPR000533 (Tropomyosin)
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3cgh-1C07H6.5n/achrIII 7,496,952cgh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase, orthologous to budding yeast Dhh1p, fission yeast Ste13p, Drosophila ME31B, and human DDX6 (OMIM:600326); CGH-1 inhibits physiological apoptosis in oocytes, keeping it down to a normal level of ~50% in hermaphrodite gonads; independently of apoptosis, CGH-1 is also required for sperm function, oocyte fertilization, and early embryonic cytokinesis; by orthology with budding yeast, CGH-1 is expected to enable decapping-dependent mRNA degradation; CGH-1 is expressed in meiotic germ cells, oocytes, sperm, early embryonic P granules, other unidentified cytoplasmic foci of the gonad core and early embryos, and the germline precursors Z2 and Z3; cgh-1(RNAi) hermaphrodites lose ~100% of their oocytes to physiological apoptosis; gonadal CGH-1 accumulation is suppressed by either glh-1/4 RNAi or gld-1(q485);gld-2(q497) mutations, yet physiological apoptosis (which would normally be elevated by loss of CGH-1) is also abnormally low in these genotypes; cgh-1(RNAi) males have sterile sperm with abnormally short pseudopods; CGH-1 associates with CAR-1, DCAP-2, and CEY-2/3/4 in P granules and cytoplasmic particles of the early embryo; CGH-1 is required for normal CAR-1 localization in early embyros, and binds CAR-1 in an RNA-dependent manner.
4col-62C15A11.6n/achrI 7,403,843C. elegans COL-62 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
5scl-22T05A10.5n/achrX 10,790,085C. elegans SCL-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR002413 (Ves allergen), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
6F29C4.6F29C4.6n/achrIV 120,551contains similarity to Pfam domain PF01171 PP-loop family contains similarity to Interpro domains IPR011063 (PP-loop), IPR012089 (PP-loop ATPase, YdaO-related), IPR000541 (Protein of unknown function UPF0021), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
7col-120Y11D7A.11n/achrIV 9,261,167C. elegans COL-120 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
8H11L12.1H11L12.1n/achrX 17,710,993
9col-179C34F6.3n/achrX 11,201,934C. elegans COL-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
10bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
11egg-5R12E2.10n/achrI 4,170,287C. elegans EGG-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
12T27A10.6T27A10.6n/achrX 3,592,684contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
13col-19ZK1193.1n/achrX 422,242col-19 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies) that is required for normal structure of the alae; expressed during the L2-to-dauer and L4-to-adult molts with strongest expression in adult animals.
14C14B1.9C14B1.9n/achrIII 3,725,339contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000307805
15F36A4.5F36A4.5n/achrIV 4,266,416contains similarity to Pfam domain PF05912 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF870) contains similarity to Interpro domain IPR008588 (Protein of unknown function DUF870, Caenorhabditis species)
16col-129M18.1n/achrIV 12,109,435C. elegans COL-129 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
17egg-2R01H2.3n/achrIII 7,059,489C. elegans EGG-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00057 Low-density lipoprotein receptor domain class A contains similarity to Interpro domain IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
18ugt-58F35H8.6n/achrII 9,585,502C. elegans UGT-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
19C41G7.3C41G7.3n/achrI 9,516,858contains similarity to Pfam domains PF00013 (KH domain) , PF03073 (TspO/MBR family) contains similarity to Interpro domains IPR004307 (TspO/MBR-related protein), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
20zif-1F59B2.6n/achrIII 9,003,725zif-1 encodes a SOCS-box protein that promotes establishment of the germ line by targetting germline proteins for cullin-dependent degradation in non-germline (somatic) cells; ZIF-1 binds germline CCCH-(zinc)-finger proteins and the E3 ubiquitin ligase subunit elongin C (ELC-1); while ZIF-1 has no obvious homologs, it may be analogous to the Drosophila SOCS-box protein GUSTAVUS, which is required for VASA localization to the germline and which does have mammalian homologs.
21col-7C15A11.5n/achrI 7,402,211col-7 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies); expressed during the L2-to-dauer molt and the L4-to-adult molt.
22sss-2F47B8.11n/achrV 14,346,480C. elegans SSS-2 protein ;
23Y43E12A.3Y43E12A.3n/achrIV 10,988,514contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
24klp-16C41G7.2n/achrI 9,513,594klp-16 encodes a C-terminal motor kinesin orthologous to the Drosophila melanogaster Ncd and Saccharomyces cerevisiae Kar3; however KLP-16 along with KLP-3, KLP-15 and KLP-17 form an unique subgroup based on amino acid sequence and secondary structure analysis; klp-16 is involved in development of the nervous system in embryos and in chromosome segregation; in situ RNA hybridization experiments indicate that klp-16 is localized in the anterior nervous system in the head region of late embryos.
25ZK856.12ZK856.12n/achrV 10,214,597contains similarity to Homo sapiens similar to hypothetical protein FLJ12851; ENSEMBL:ENSP00000301962
26K06B9.2K06B9.2n/achrIV 4,192,443K06B9.2 encodes a putative UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase, paralogous to C36A4.4 and orthologous to human UAP1 (OMIM:602862) and UAP1L1; K06B9.2 is thought to catalyse the fourth step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; K06B9.2 transcripts are enriched during oogenesis; K06B9.2(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
27srd-4ZK863.5n/achrV 12,185,574C. elegans SRD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
28zim-3T07G12.11n/achrIV 10,559,796zmp-3 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include HIM-8, ZIM-1/-2, and C02F5.12; ZIM-3 is specifically required for homolog pairing, synapsis, and segregation of chromosomes I and IV during meiosis; zim-3(tm2303) oocytes ending prophase have ~4 bivalents and ~4 univalents, the latter of which are consistently chromosomes I and IV; ZIM-3 associates with the right end of chromosome I and the left end of chromosome IV, which may indicate an association with their pairing centers; while the C-terminal region of ZIM-3 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region instead most closely resembles those of its paralogs in C. elegans, indicating coevolving, species-specific functions; ZIM-3 foci, like HIM-8 foci, associate with the nuclear envelope during meiotic prophase; zim-3 mutants also have some defective segregation of the X chromosome (yielding a Him phenotype), but this may be an indirect effect of autosomal asynapsis.
29W06D4.4W06D4.4n/achrI 9,061,846contains similarity to Interpro domain IPR014644 (Protein arginine N-methyltransferase)
30klc-1M7.2n/achrIV 11,085,048klc-1 encodes one of two C. elegans kinesin light chains; by homology, KLC-1 is predicted to function, along with kinesin-like heavy chains, as part of a multimeric kinesin complex involved in intracellular transport; consistent with this, KLC-1 has been shown to interact with UNC-116/kinesin, KCA-1/kinesin cargo adaptor, and the ARX-2/Arp2/3 complex component in yeast two-hybrid assays; RNAi experiments indicate that klc-1 activity is required for normal embryonic development.
31btb-20F57C2.1n/achrII 14,522,887C. elegans BTB-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
32T04A8.8T04A8.8n/achrIII 4,694,596contains similarity to Homo sapiens;Mus musculus;Rattus norvegicus;Bos taurus;Sus scrofa Ubiquitin-like protein SMT3B (Sentrin 2) (HSMT3).; SW:SM32_HUMAN
33cdc-6C43E11.10n/achrI 4,269,180cdc-6 encodes a homolog of an origin complex component (CDC6) which in yeast controls the start of DNA replication, and also has a distant paralog (Y39A1A.12) within the C. elegans genome; CDC-6 is superficially dispensable for embryonic viability, perhaps because of redundancy with Y39A1A.12.
34ivd-1C02B10.1n/achrIV 5,087,748The C02B10.1 gene encodes an isovaleryl-CoA dehydrogenase; this function has been verified by both sequence homology and direct biochemical assay.
35T23D8.7T23D8.7n/achrI 9,991,647contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF08699 (Domain of unknown function (DUF1785)) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR014811 (Region of unknown function DUF1785), IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
36R09E10.6R09E10.6n/achrIV 10,293,542contains similarity to Coturnix coturnix Nectinepsin.; TR:Q90351
37cyp-35B2K07C6.3n/achrV 3,943,321C. elegans CYP-35B2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
38C16C8.16C16C8.16n/achrII 3,447,247contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
39F56C9.3F56C9.3n/achrIII 7,312,130contains similarity to Pfam domain PF01545 Cation efflux family contains similarity to Interpro domain IPR002524 (Cation efflux protein)
40R02F2.4R02F2.4n/achrIII 5,485,028R02F2.4 encodes a protein with six chitin-binding peritrophin-A domains; R02F2.4 transcripts are enriched during oogenesis; like CEJ-1 and CPG-2, R02F2.4 might participate in eggshell synthesis and early embryonic development, and R02F2.4's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin; however, R02F2.4 has no obvious function in mass RNAi assays; while R02F2.4 is more closely similar to CPG-2 than CEJ-1, it may be less strongly expressed (since it has substantially fewer ESTs) and thus be less important in development.
41M01A10.1M01A10.1n/achrI 5,565,037M01A10.1 encodes a protein, belonging to an ancient family of single-stranded nucleic acid-binding proteins, that is predicted to regulate gene expression through binding either mRNA or (locally) single-stranded DNA; it is most likely to specifically bind one or more discrete mRNAs and regulate their spatial localization or alternative splicing.
42ZK632.4ZK632.4n/achrIII 9,806,382ZK632.4 is orthologous to the human gene PHOSPHOMANNOSE ISOMERASE (MPI; OMIM:154550), which when mutated leads to disease.
43F32D8.4F32D8.4n/achrV 10,892,425F32D8.4 is homologous to Yip1p, an essential Golgi membrane protein in S. cerevisiae that specifically binds the transport GTPases Ypt1p and Ypt31p, as well as Yop1p (the yeast homolog of human ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI 1); F32D8.4 is also homologous to the Golgi membrane protein SB140 of H. sapiens, and contains a glutamine/asparagine-rich domain.
44col-175C35B8.1n/achrX 9,234,064C. elegans COL-175 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
45him-17T09E8.2n/achrV 13,178,423him-17 encodes a protein with no obvious non-nematode homologs that localizes to chromatin in germline nuclei, and that is required for double-stranded break (DSB) formation, chiasmata, crossovers, and genetic recombination during meiosis, but is dispensable for homolog pairing and synapsis, spo-11 germline transcription, or the conversion of DSBs into chiasmata; HIM-17 is also required for normal organization of meiotic stages in the germline, and to promote its orderly transistion from (potentially tumorous) mitosis to meiosis; moreover, HIM-17 is required for normal dimethylation of lysine 9 residues on H3 histones in meiotic prophase chromosomes from early pachytene onward, with null him-17(ok424) mutants showing greatly reduced or delayed dimethylation in both hermaphrodite and male germlines; HIM-17 cooperates with GLP-1 to promote meiotic entry, and with EGO-1 to promote germline viability; HIM-17 has six THAP and THAP-like domains, a domain type also found in CDC-14B, CTB-1, GON-14, LIN-15A, LIN-15B, and LIN-36, along with ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1; missense or truncating mutations of HIM-17's THAP and THAP-like domains cause partial loss of function, implying that the domains collectively and partially contribute to HIM-17 activity; of the C. elegans genes encoding THAP or THAP-like domains, at least four (lin-15A, lin-15B, lin-36, and him-17) interact genetically with lin-35/Rb.
46cpar-1F54C8.2n/achrIII 9,434,486cpar-1 encodes one of two C. elegans proteins homologous to the inner kinetochore histone H3 variant CENP-A (the other is encoded by hcp-3); loss of cpar-1 and hcp-3 activity via RNAi results in mitotic chromosome segregation defects, but no significant defects in meiotic chromosome segregation; when expressed in the germline using the pie-1 promoter, a CPAR-1::GFP fusion protein localizes to meiotic chromosomes during late prophase/prometaphase of meiosis I, but is not seen on chromosomes during meiosis II.
47H02I12.5H02I12.5n/achrIV 11,402,613
48F45C12.16F45C12.16n/achrII 1,737,908contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
49rec-8W02A2.6n/achrIV 13,351,138rec-8 encodes a meiosis-specific cohesin complex subunit orthologous to Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe Rec8p; REC-8 is essential for pairing of homologoues and sister chromatids during meiosis and thus for proper chromosome disjunction; in the germline, REC-8 associates with chromatin of transition zone nuclei, and co-localizes with SMC-1 along the longitudinal axes of synapsed chromosomes at pachytene and in a cruciform pattern at diakinesis; REC-8 localization to chromatin is dependent upon TIM-1, a HEAT/Armadillo repeat-containing protein related to Drosophila TIMELESS, and additionally, REC-8 and SCC-3 are mutually required for chromatin localization; REC-8 cleavage and degradation during meiosis I is dependent on the AIR-2 aurora-like kinase and during meiosis II on AIR-2 and the PLK-1 polo-like kinase.
50col-60F22D6.10n/achrI 7,106,021C. elegans COL-60 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)