UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1R09E12.6R09E12.60chrV 767,566contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
2mut-7ZK1098.8n/achrIII 9,540,593mut-7 encodes a homolog of RnaseD that represses transposition of Tc1, Tc3, Tc4, and Tc5, perhaps by degrading transposon-specific messages; also affects sperm development, sensitivity to RNAi of mainly germline expressed genes, silencing of some germline transgenes, X chromosome loss, and is required for cosuppression (functional silencing of chromosomal loci induced by transgenes) and for silencing induced by antisense RNA oligomers; cellular fractionation experiments indicate that MUT-7 is expressed in adult worms, and resides in a complex in both the cytosol and nucleus; in the cytosolic complex, MUT-7 interacts with RDE-2, a novel protein also required for RNA interference.
3srw-96K04F1.2n/achrV 1,674,580C. elegans SRW-96 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
4nhr-51K06B4.1n/achrV 15,677,024C. elegans NHR-51 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5clec-115C49A1.6n/achrI 14,246,758C. elegans CLEC-115 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
6K06H6.4K06H6.4n/achrV 580,280contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
7cpsf-2F09G2.4n/achrV 7,181,006C. elegans CPSF-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00753 (Metallo-beta-lactamase superfamily) , PF07521 (RNA-metabolising metallo-beta-lactamase) contains similarity to Interpro domains IPR011108 (RNA-metabolising metallo-beta-lactamase), IPR001279 (Beta-lactamase-like)
8C44C10.3C44C10.3n/achrX 11,703,337contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
9clec-190M199.4n/achrIV 15,125,488C. elegans CLEC-190 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
10gpa-11C16A11.1n/achrII 4,254,160gpa-11 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in ADL and ASH amphid neurons.
11str-114F59B1.1n/achrV 3,650,602C. elegans STR-114 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
12K03B4.1K03B4.1n/achrV 4,690,455
13coq-4T03F1.2n/achrI 3,869,644coq-4 encodes an ortholog of S. cerevisiae COQ4; while COQ-4 is conserved between eukaryotes and bacteria, its biochemical function is unknown; by orthology, COQ-4 is predicted to peripherally associate with the matrix face of the mitochondrial inner membrane, in a complex with COQ-3 (and perhaps COQ-6), and to be required to maintain a steady-state level of CLK-1/COQ-7 protein; COQ-4 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; coq-4(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans.
14C41D11.1C41D11.1n/achrI 4,458,028
15csb-1F53H4.1n/achrX 15,863,557csb-1 is orthologous to human gene ERCC6 (OMIM:133530, mutated in Cockayne syndrome); CSB-1 is required for embryonic viability, and represses UV-induced apoptosis in germ cells.
16F10E7.11F10E7.11n/achrII 7,121,124contains similarity to Pfam domain PF01448 ELM2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR000949 (ELM2)
17his-32F17E9.10n/achrIV 8,334,513his-32 encodes an H3 histone; by homology, HIS-32 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-32 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS5 cluster on chromosome IV.
18fbxa-95F28F8.4n/achrV 15,572,053This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
19T20B6.2T20B6.2n/achrIII 2,895,298contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
20cdk-5T27E9.3n/achrIII 13,465,418cdk-5 encodes a putative homolog of cyclin dependent kinase 5 that affects pronuclear migration and rotation in one-cell embryos and may affect neuronal development; expressed in neurons.
21clec-121Y25C1A.4n/achrII 3,103,522C. elegans CLEC-121 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
22sra-11F44F4.13n/achrII 10,909,485sra-11 encodes an orphan, G protein-coupled seven-transmembrane receptor; SRA-11 is expressed in three classes of interneurons, AIA, AIY, and AVB throughout larval and adult stages, and analysis of sra-11 mutations indicates that sra-11 activity in AIY is essential for olfactory imprinting; sra-11 expression in AIY is positively regulated by the TTX-3 and CEH-23 homeodomain proteins, with TTX-3 required for both initiation and maintenance of expression and CEH-23 required solely for maintenance.
23Y32B12C.1Y32B12C.1n/achrV 16,607,269contains similarity to Interpro domain IPR002625 (Smr protein/MutS2 C-terminal)
24C04G6.4C04G6.4n/achrII 5,082,452contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
25T11F8.2T11F8.2n/achrIV 5,477,982
26srt-7C50H11.4n/achrV 3,082,398C. elegans SRT-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000408 (Regulator of chromosome condensation, RCC1)
27F25H9.6F25H9.6n/achrV 13,467,638contains similarity to Pfam domain PF02441 Flavoprotein contains similarity to Interpro domain IPR003382 (Flavoprotein)
28R04B5.5R04B5.5n/achrV 10,088,214contains similarity to Pfam domains PF00107 (Zinc-binding dehydrogenase) , PF08240 (Alcohol dehydrogenase GroES-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR013149 (Alcohol dehydrogenase, zinc-binding), IPR011032 (GroES-like), IPR013154 (Alcohol dehydrogenase GroES-like), IPR002085 (Alcohol dehydrogenase superfamily, zinc-containing), IPR011597 (GroES-related), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR002328 (Alcohol dehydrogenase, zinc-containing, conserved site)
29srh-184D1054.12n/achrV 10,797,485C. elegans SRH-184 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30F20E11.7F20E11.7n/achrV 17,465,622contains similarity to Pfam domain PF03436 Domain of unknown function (DUF281) contains similarity to Interpro domains IPR005098 (Protein of unknown function DUF281), IPR006662 (Thioredoxin-related)
31Y39A1A.2Y39A1A.2n/achrIII 10,602,626contains similarity to Oryza sativa Hypothetical protein.; TR:Q9LH25
32sra-27F18C5.1n/achrII 6,569,673C. elegans SRA-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
33F20G4.2F20G4.2n/achrI 7,914,259contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Helicase encoded by the Y' element of subtelomeric regions, highly expressed in the mutants lacking the telomerase component TLC1; potentially phosphorylated by Cdc28p; SGD:YER190W
34osm-11F11C7.5n/achrX 17,420,817C. elegans OSM-11 protein ;
35str-190C18B10.7n/achrV 7,477,853C. elegans STR-190 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36srb-12F58A6.10n/achrII 5,153,860C. elegans SRB-12 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
37taf-6.1W09B6.2n/achrII 1,130,167C. elegans TAF-6.1 protein; contains similarity to Pfam domains PF07571 (Protein of unknown function (DUF1546)) , PF02969 (TATA box binding protein associated factor (TAF)) contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR004823 (TATA box binding protein associated factor (TAF)), IPR011442 (Protein of unknown function DUF1546)
38sre-9C17E7.3n/achrV 3,896,569C. elegans SRE-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
39srj-26ZK262.10n/achrV 18,422,252C. elegans SRJ-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
40lim-6K03E6.1n/achrX 1,076,785lim-6 encodes a LIM class homeodomain protein that contains two Zinc-finger-like LIM domains N-terminal to a predicted DNA-binding homeodomain; LIM-6 is predicted to function as a transcription factor whose activity is required for regulating uterine morphogenesis and specific aspects of terminal neuronal differentiation, including normal axonal morphology, full expression of UNC-25/glutamic acid decarboxylase in select GABAergic neurons, and repression of sensory receptor gene expression in the ASEL chemosensory neuron; LIM-6 is expressed in a group of nine chemosensory-, inter-, and motorneurons, uterine toroid cells, spermathecal junction cells, and the binucleate excretory gland cell.
41M151.2M151.2n/achrII 3,632,782contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
42bath-27F14D2.1n/achrII 3,360,782C. elegans BATH-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
43srh-211D1065.5n/achrV 4,078,922C. elegans SRH-211 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44mys-1VC5.4n/achrV 7,083,085mys-1 encodes a MYST family histone acetyltransferase orthologous to Drosophila EG0007.7, human TIP60, and S. cerevisiae Esa1p; during vulval development, mys-1 acts as Class C synMuv gene: mys-1 mutations enhance mutations in components of the C. elegans NuRD and Rb repressor complexes that negatively regulate expression of genes required for vulval induction; in addition, mys-1(RNAi) enhances mutations in pha-4, which encodes a FoxA transcription factor required for pharyngeal organogenesis; mys-1 mutations also cause a synthetic slow growth phenotype in combination with mutations in the MCD-1 zinc-finger protein; thus, mys-1 activity is essential for proper cell fate specification of different cell types at different times during C. elegans development.
45srt-63T28A11.15n/achrV 3,255,375C. elegans SRT-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
46T10B11.6T10B11.6n/achrI 6,944,267contains similarity to Pfam domain PF05705 Eukaryotic protein of unknown function (DUF829) contains similarity to Interpro domain IPR008547 (Protein of unknown function DUF829, eukaryotic)
47F54D12.4F54D12.4n/achrII 1,368,200
48Y54E2A.4Y54E2A.4n/achrII 14,754,890contains similarity to Archaeoglobus fulgidus NADH oxidase (NOXA-3).; TR:O29847
49nhr-257C17A2.1n/achrII 3,853,795C. elegans NHR-257 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
50F36D4.1F36D4.1n/achrV 9,418,520