UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nhr-204R02C2.40chrV 256,479C. elegans NHR-204 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
2nhr-79T26H2.90.000009chrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3C17E4.11C17E4.11n/achrI 9,420,385contains similarity to Pfam domain PF08241 Methyltransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR013216 (Methyltransferase type 11)
4W04G5.8W04G5.8n/achrI 11,650,893contains similarity to Pfam domain PF05075 Protein of unknown function (DUF684) contains similarity to Interpro domain IPR007767 (Protein of unknown function DUF684)
5C31H2.4C31H2.4n/achrX 5,157,381C31H2.4 encodes a possible 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, orthologous to human HPDL/GLOXD1, and paralogous to HPD-1 and human HPD (OMIM:609695, mutated in tyrosinemia type III); C31H2.4 has no obvious function in mass RNAi experiments.
6H36L18.1H36L18.1n/achrX 12,650,135contains similarity to Pfam domains PF00413 (Matrixin) , PF00045 (Hemopexin) (3)contains similarity to Interpro domains IPR000585 (Hemopexin), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR001818 (Peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin)
7clec-229H02K04.1n/achrV 15,340,763C. elegans CLEC-229 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
8K04G11.4K04G11.4n/achrX 14,351,065contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
9C24A3.8C24A3.8n/achrX 9,006,620
10T05A7.9T05A7.9n/achrII 4,684,669contains similarity to Pfam domain PF01744 GLTT repeat (6 copies) contains similarity to Interpro domain IPR008164 (Repeat of unknown function XGLTT)
11glb-11C36E8.2n/achrIII 3,990,752glb-11 encodes a globin; glb-11 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-11 has no obvious function in mass RNAi assays; glb-11 expression is induced by anoxia in a HIF-1 dependent manner, although it is also paradoxically upregulated in a hif-1 mutant background.
12qui-1Y45F10B.10n/achrIV 13,568,114The qui-1 gene encodes a protein of unknown function that contains several WD-40 domains.
13coh-1K08A8.3n/achrX 7,470,222coh-1 encodes a RAD21 homolog that affects embryonic viability and is believed to affect cohesion of sister chromatids in somatic cells; expressed in the distal tip cells of the gonad, embryonic, and somatic cells
14nep-2T05A8.4n/achrII 2,721,578T05A8.4 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; while T05A8.4 is an ortholog of mammalian neutral endopeptidase (NEP), expressed on the brush-border membranes of kidney; more generally, T05A8.4 falls into a group of proteins that includes the classical neprilysins found in mammals (e.g., PEX [OMIM:307800] and the enkephalin cleaving enzymes).
15T04F8.3T04F8.3n/achrX 11,658,991contains similarity to Staphylococcus phage 44AHJD Hypothetical protein.; TR:Q859L9
16T28F12.1T28F12.1n/achrV 4,514,448
17bbs-9C48B6.8n/achrI 6,920,270C. elegans BBS-9 protein ; contains similarity to Homo sapiens 95 kDa protein; ENSEMBL:ENSP00000346214
18T05C12.8T05C12.8n/achrII 8,189,001contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
19tsp-17C02F12.1n/achrX 3,682,658C. elegans TSP-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin)
20C46E10.5C46E10.5n/achrII 3,712,130
21lact-3M28.6n/achrII 10,654,998lact-3 encodes a beta-lactamase domain-containing protein that contains a predicted signal sequence; loss of lact-3 activity via RNAi has been reported to result in reduced fat content.
22clec-192Y116A8A.1n/achrIV 16,803,039C. elegans CLEC-192 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
23K01A11.2K01A11.2n/achrIII 3,426,861contains similarity to Xenopus laevis LOC495955 protein.; TR:Q5PQ79
24mec-10F16F9.5n/achrX 8,467,984The mec-10 gene encodes an amiloride-sensitive Na+ channel protein (degenerin) required to sense gentle mechanical stimuli (e.g. touch) along the body wall; it is paralogous to mec-4, which has similar function in vivo.
25srsx-30C51E3.5n/achrV 10,159,536C. elegans SRSX-30 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
26T13C2.2T13C2.2n/achrII 6,795,686
27lon-2C39E6.1n/achrX 4,743,993lon-2 encodes a member of the glypican family of heparan sulfate proteoglycans; during development, lon-2 activity is required in the hypodermis for negative regulation of the DBL-1/BMP signaling pathway that regulates body length; genetic analyses indicate that lon-2 functions upstream of dbl-1, and in vitro studies show that LON-2 can bind mammalian BMP2, suggesting that LON-2 may directly interact with DBL-1 to negatively regulate DBL-1/BMP signaling; in addition to expression in hypodermis, LON-2 is expressed strongly in the intestine, particularly the anterior and posterior cells; LON-2 localizes to the cell surface.
28F13A2.3F13A2.3n/achrV 4,394,967
29C24A8.1C24A8.1n/achrX 4,323,582C24A8.1 encodes an homolog of mammalian D2 or D3 dopamine receptors, and a paralog of DOP-2/-3; C24A8.1 is expressed in the nervous system; because of its paralogy, C24A8.1 might act redundantly with DOP-2 to promote the basal slowing response to bacterial feeding, or it might account for the residual response to excess dopamine seen in triple dop-1/-2/-3 mutants; but C24A8.1 otherwise has no obvious function in RNAi assays of brood size, egg laying, pharyngeal pumping, locomotion, or male mating.
30F11D11.3F11D11.3n/achrV 18,759,090contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
31E03A3.5E03A3.5n/achrIII 4,061,679contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold)
32dmd-4C27C12.6n/achrX 14,859,502C. elegans DMD-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00751 (DM DNA binding domain) , PF03474 (DMRTA motif) contains similarity to Interpro domains IPR005173 (DMRTA motif), IPR001275 (DM DNA-binding)
33mls-2C39E6.4n/achrX 4,760,178mls-2 encodes a homeodomain protein of the HMX family; during postembryonic development, MLS-2 is required for cell proliferation, cleavage orientation, and fate specification in the mesodermal M lineage; in regulating M lineage proliferation and fate specification, MLS-2 appears to act upstream of CYE-1/cyclin E and HLH-1/CeMyoD, respectively, the latter of which is not expressed in the M lineage in mls-2 mutant animals; MLS-2 is expressed in the nuclei of early proliferating undifferentiated M lineage cells (up to the 8-M stage), in a subset of head neurons, and in cells near the vulva during the L2 and L3 larval stages.
34F52C12.4F52C12.4n/achrIV 1,934,886contains similarity to Pfam domains PF01535 (PPR repeat) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR005113 (uDENN), IPR002885 (Pentatricopeptide repeat), IPR001194 (DENN)
35Y116A8B.5Y116A8B.5n/achrIV 17,228,490contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
36Y6B3B.1Y6B3B.1n/achrI 13,699,504contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
37ZC190.6ZC190.6n/achrV 8,675,924
38C38D9.5C38D9.5n/achrV 17,589,380contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR002110 (Ankyrin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN), IPR001357 (BRCT)
39adm-2C04A11.4n/achrX 13,691,794adm-2 encodes a protein containing a snake venom disintegrin-domain and a metalloprotease-like domain (i.e., a protein of the ADAM family); like ADM-1, ADM-2 is homologous to a mammalian sperm glycoprotein (PH-30/fertilin) implicated in sperm-egg fusion, and ADM-2 might thus be a fusogenic protein mediating the merging of plasma membranes during development.
40C31E10.3C31E10.3n/achrX 13,987,732contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
41rom-3Y116A8C.14n/achrIV 16,967,844C. elegans ROM-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01694 Rhomboid family contains similarity to Interpro domain IPR002610 (Peptidase S54, rhomboid)
42rgs-6C41G11.3n/achrX 5,724,513rgs-6 encodes a regulator of G protein signaling; by homology, RGS-6 is predicted to function as a GTPase-activating protein that binds G protein alpha subunits and negatively regulates heterotrimeric G protein signaling; loss of rgs-6 activity via RNAi or a deletion mutation results in no obvious defects, and likewise, rgs-6 overexpression has no measurable effect on egg-laying behavior, locomotion, or viability; the rgs-6 expression pattern has not yet been reported.
43F58F6.5F58F6.5n/achrIV 1,343,974contains similarity to Pfam domain PF04789 Protein of unknown function (DUF621) contains similarity to Interpro domain IPR006874 (Protein of unknown function DUF621)
44Y56A3A.5Y56A3A.5n/achrIII 11,889,625contains similarity to Pfam domain PF01425 Amidase contains similarity to Interpro domains IPR000120 (Amidase signature enzyme), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
45T02H6.8T02H6.8n/achrII 681,180
46sdz-35ZC239.12n/achrII 3,208,304C. elegans SDZ-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
47lgc-34T27A1.4n/achrII 528,462C. elegans LGC-34 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR000585 (Hemopexin), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
48srt-26C24B9.2n/achrV 2,716,136C. elegans SRT-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
49F52G3.5F52G3.5n/achrX 16,974,629contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
50Y37H2C.4Y37H2C.4n/achrV 18,271,444contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)