UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1his-24M163.36e-33chrX 14,490,530The his-24 gene encodes a histone H1 isoform (H1.1) that is essential for chromatin silencing and germline development.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
4F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
5nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
6Y7A9D.1Y7A9D.1n/achrIV 16,381,762contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)
7F13C5.2F13C5.2n/achrX 595,125contains similarity to Pfam domains PF02178 (AT hook motif) , PF00439 (Bromodomain) contains similarity to Interpro domains IPR000116 (High mobility group proteins HMG-I and HMG-Y), IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding), IPR001487 (Bromodomain)
8ins-2ZK75.2n/achrII 5,988,821ins-2 encodes an insulin-like peptide.
9R06A10.1R06A10.1n/achrI 1,087,211contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
10F09C12.6F09C12.6n/achrII 5,117,137contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
11C05A9.2C05A9.2n/achrX 10,843,605contains similarity to Human adenovirus type 4 E3 29.7 kDa protein.; TR:Q8BEL2
12W04A8.4W04A8.4n/achrI 13,842,557contains similarity to Pfam domain PF01612 3'-5' exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR002562 (3'-5' exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
13hil-3F22F1.19.999999999999999e-20chrX 8,159,562C. elegans HIL-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00538 linker histone H1 and H5 family contains similarity to Interpro domains IPR003993 (Treacher Collins syndrome, treacle), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR005819 (Histone H5), IPR005818 (Histone H1/H5)
14B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
15skr-21K08H2.1n/achrX 13,226,159The skr-21 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-21(RNAi) animals are at least superficially normal.
16nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
17col-56T08B2.2n/achrI 6,233,530C. elegans COL-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
18T04B8.3T04B8.3n/achrII 628,093contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
19T20F5.4T20F5.4n/achrI 3,914,059
20F56A8.8F56A8.8n/achrIII 13,286,178contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IHP7
21C45B11.2C45B11.2n/achrV 11,043,313contains similarity to Pfam domain PF06441 ()
22unc-129C53D6.2n/achrIV 9,004,103The unc-129 gene encodes a member of the TGF-beta family of secreted growth factor signaling molecules; UNC-129 is required for proper axonal guidance of commissural motorneurons and for proper migration of the distal tip cells of the somatic gonad; UNC-129 is expressed in dorsal body wall muscle and at present does not appear to act through the known TGF-beta type I and II receptors.
23F26F12.4F26F12.4n/achrV 5,867,027
24C54C8.4C54C8.4n/achrI 12,450,988contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
25col-74ZK1248.2n/achrII 5,831,409C. elegans COL-74 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domain IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
26Y106G6D.2Y106G6D.2n/achrI 10,111,416contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein LOC283767; ENSEMBL:ENSP00000347269
27C31H5.6C31H5.6n/achrI 9,045,096contains similarity to Pfam domains PF08840 (BAAT / Acyl-CoA thioester hydrolase C terminal) , PF04775 (Acyl-CoA thioester hydrolase / Bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase) contains similarity to Interpro domains IPR006862 (Acyl-CoA thioester hydrolase/bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase), IPR014940 (BAAT/Acyl-CoA thioester hydrolase C-terminal), IPR016662 (Acyl-CoA thioesterase, long chain)
28fbxb-24Y56A3A.15n/achrIII 11,909,309This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
29F48E3.6F48E3.6n/achrX 7,501,882
30phg-1F27E5.4n/achrII 10,138,351C. elegans PHG-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02351 GDNF/GAS1 domain contains similarity to Interpro domain IPR016017 (GDNF/GAS1)
31fbxb-17F58E1.5n/achrII 1,676,856This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
32F39H12.3F39H12.3n/achrX 839,898contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) (3), PF02197 (Regulatory subunit of type II PKA R-subunit) contains similarity to Interpro domains IPR003117 (cAMP-dependent protein kinase, regulatory subunit, type I/II alpha/beta), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region)
33T19C4.1T19C4.1n/achrV 11,150,485contains similarity to Lycopersicon esculentum 36.4 kDa proline-rich protein.; SW:PRF1_LYCES
34C06G3.6C06G3.6n/achrIV 7,018,898contains similarity to Pfam domain PF00569 Zinc finger, ZZ type contains similarity to Interpro domains IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR000433 (Zinc finger, ZZ-type)
35cki-1T05A6.1n/achrII 7,811,601cki-1 encodes a homolog of the mammalian cyclin-dependent kinase inhibitor p27/KIP1 that is required for the arrest of cell division in larval blast lineages, dauer larvae and starved L1 larvae; excess CKI-1 expression prematurely stops cell division while cki-1(RNAi) induces extra cell divisions, indicating that CKI-1 quantitatively regulates the amount of mitosis in postembryonic worms.
36fbxb-22Y56A3A.10n/achrIII 11,882,947This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
37F39F10.4F39F10.4n/achrX 16,903,278
38F14B4.1F14B4.1n/achrI 9,268,427contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF07645 (Calcium binding EGF domain) , PF00057 (Low-density lipoprotein receptor domain class A) , PF00058 (Low-density lipoprotein receptor repeat class B) (4)contains similarity to Interpro domains IPR000033 (), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013091 (EGF calcium-binding), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
39ZK675.4ZK675.4n/achrII 7,911,649contains similarity to Homo sapiens Nuclear pore glycoprotein p62; ENSEMBL:ENSP00000305503
40C24H12.1C24H12.1n/achrII 444,212This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
41scl-27ZK6.3n/achrV 400,930C. elegans SCL-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
42ceh-43C28A5.4n/achrIII 4,448,260A homeobox protein of the Distal-less (Dll) class that is required for development of the anterior hypdermis during embryonic morphogenesis for cell adhesion; also affects embryonic and larval viability; it is predominantly expressed in the head hypdodermis, neuronal support cells and CAN neurons.
43fbxb-32M151.6n/achrII 3,646,198C. elegans FBXB-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
44Y54G11B.1Y54G11B.1n/achrII 14,460,174contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
45C41H7.2C41H7.2n/achrII 3,015,393This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
46W01C9.1W01C9.1n/achrII 8,533,713contains similarity to Brugia pahangi Heat shock protein 90.; SW:HS90_BRUPA
47egl-18F55A8.1n/achrIV 1,915,415egl-18 encodes a member of the GATA-family of transcription factors that affects cell migration, cell fate specification; expressed in the head, in hypodermal seam cells, VC neurons, and vulval precursor cells.
48cyp-34A4T09H2.1n/achrV 3,950,999C. elegans CYP-34A4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
49ptr-4C45B2.7n/achrX 6,063,339ptr-4 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-4 is strongly required for normal molting from L4 to adult stages male tail development (a role conserved in C. briggsae); PTR-4 is also required for normal endocytosis of yolk by oocytes, adult alae formation, growth to full size, locomotion, and viability.
50srz-54Y102A5C.25n/achrV 16,981,243C. elegans SRZ-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)