UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1M151.4M151.40chrII 3,625,534contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
2C39E9.11C39E9.11n/achrIV 13,092,485C39E9.11 is orthologous to the human gene PAPILLARY RENAL CELL CARCINOMA (TRANSLOCATION-ASSOCIATED) (PRCC; OMIM:179755), which when mutated leads to disease.
3his-74W05B10.1n/achrV 12,659,997C. elegans HIS-74 protein; contains similarity to Pfam domain PF00125 Core histone H2A/H2B/H3/H4 contains similarity to Interpro domains IPR000164 (Histone H3), IPR009072 (Histone-fold), IPR007125 (Histone core)
4K08F9.4K08F9.4n/achrV 15,145,223contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Essential protein with a highly acidic N-terminal domain; IFH1 exhibits genetic interactions with FHL1, overexpression interferes with silencing at telomeres and HM loci; potential Cdc28p substrate; SGD:YLR223C
5pqn-45F56F3.1n/achrIII 4,473,243The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
6T12F5.2T12F5.2n/achrI 3,732,139
7nud-2R11A5.2n/achrI 7,858,613nud-2 encodes an ortholog of human NDE1 (OMIM:609449) and NDEL1 (OMIM:607538), effectors of LIS1 (OMIM:601545); NUD-2, along with other orthologs of LIS1-associated proteins (NUD-1, DHC-1, CDK-5, and CDKA-1), is required to prevent convulsions induced by exposure to the GABA antagonist pentylenetetrazole (PTZ); nud-2(RNAi), like RNAi of nud-1 et al., not only induces PTZ susceptibility but also causes GABA-containing synaptic vesicles in the ventral nerve cord to be distributed raggedly, and nud-2(RNAi) animals are abnormally susceptible to paralysis by the GABA agonist muscimol; nud-2(RNAi) phenotypes are dominantly enhanced by a heterozygous lis-1 allele, and nud-2(RNAi) delays the recovery from PTZ-induced paralysis of lis-1 heterozygotes.
8F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
9cdk-5T27E9.3n/achrIII 13,465,418cdk-5 encodes a putative homolog of cyclin dependent kinase 5 that affects pronuclear migration and rotation in one-cell embryos and may affect neuronal development; expressed in neurons.
10cic-1H14E04.5n/achrIII 2,397,836C. elegans CIC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR015429 (Transcription regulator cyclin)
11gei-6C05C8.4n/achrV 7,228,595C. elegans GEI-6 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
12C43H8.2C43H8.2n/achrI 10,623,645contains similarity to Pfam domain PF09174 Maf1 regulator contains similarity to Interpro domains IPR017152 (RNA polymerase III transcriptional repressor, MAF1), IPR015257 (Maf1 regulator)
13ZC168.3ZC168.3n/achrIV 10,733,704contains similarity to Homo sapiens Origin recognition complex subunit 5; ENSEMBL:ENSP00000297431
14bath-27F14D2.1n/achrII 3,360,782C. elegans BATH-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
15Y106G6H.15Y106G6H.15n/achrI 10,473,965contains similarity to Pfam domain PF07160 Protein of unknown function (DUF1395) contains similarity to Interpro domain IPR009829 (Protein of unknown function DUF1395)
16mcm-3C25D7.6n/achrV 15,058,134mcm-3 encodes a member of the MCM2/3/5 family with similarity to human DNA replication licensing factor, MCM3, and affects embryonic viability.
17nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
18daf-18T07A9.6n/achrIV 422,580daf-18 encodes a lipid phosphatase homologous to the human PTEN tumor suppresor (OMIM:601728, mutated in Cowden disease and several cancers); DAF-18 negatively regulates insulin-like signaling mediated by DAF-2/IR and AGE-1/PI3K and thus plays a role in metabolism, development, and longevity; based on sequence and genetic analysis, DAF-18 is predicted to dephosphorylate AGE-1-generated PIP3 in order to limit activation of the downstream AKT-1 and AKT-2 kinases that negatively regulate DAF-16.
19C01F6.9C01F6.9n/achrIV 9,095,971The C01F6.9 gene resides in an operon that also contains the genes icl-1 and lpl-1.
20hcf-1C46A5.9n/achrIV 7,772,495C. elegans HCF-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01344 (Kelch motif) (3), PF00041 (Fibronectin type III domain) , PF07646 (Kelch motif) (4)contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR006652 (Kelch repeat type 1), IPR011498 (Kelch repeat type 2), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
21Y40B1B.7Y40B1B.7n/achrI 13,427,466contains similarity to Rattus norvegicus Coiled-coil domain-containing protein 86 (Cytokine-induced proteinswith coiled-coil domain).; SW:Q5XIB5
22F49C5.5F49C5.5n/achrII 12,546,186
23T12F5.1T12F5.1n/achrI 3,742,059
24clec-102F33E2.3n/achrI 12,579,521C. elegans CLEC-102 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
25C15C6.4C15C6.4n/achrI 12,214,144C15C6.4 encodes an ortholog of Pop4 (Rpp29), a protein subunit of the endoribonuclease RNAse P, which cleaves tRNA precursors to produce their mature 5' end; C15C6.4 is evolutionarily ubiquitous among eukaryotes.
26C04H5.1C04H5.1n/achrII 14,534,610contains similarity to Pfam domain PF03966 Trm112p-like protein contains similarity to Interpro domain IPR005651 (Protein of unknown function DUF343)
27C14C11.4C14C11.4n/achrV 5,649,282contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR003366 (CUB-like region)
28gad-1T05H4.14n/achrV 6,432,396The gad-1 gene encodes a WD repeat-containing protein that is required maternally for gastrulation initiation during early embryogenesis by regulating the division timing, spindle orientation, and subsequent inward migration of the two gut precusor (E) cells at the 26-cell stage.
29kup-1F10C2.2n/achrV 12,036,541kup-1 encodes a novel protein that is conserved in C. briggsae, but contains no other known homologs; kup-1 is the upstream gene in an operon with pkc-1, which encodes two protein kinase C isoforms of the nPKC isotype; the polycistronic kup-1/pkc-1 mRNA is detected at low levels in embryos and larvae, but its expression greatly increases in adults; as loss of kup-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of kup-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
30Y66A7A.3Y66A7A.3n/achrIII 11,480,163contains similarity to Interpro domain IPR009058 ()
31K05C4.7K05C4.7n/achrI 14,738,206contains similarity to Interpro domains IPR016617 (Uncharacterised conserved protein UCP013899, metal binding), IPR016024 (Armadillo-type fold)
32coq-4T03F1.2n/achrI 3,869,644coq-4 encodes an ortholog of S. cerevisiae COQ4; while COQ-4 is conserved between eukaryotes and bacteria, its biochemical function is unknown; by orthology, COQ-4 is predicted to peripherally associate with the matrix face of the mitochondrial inner membrane, in a complex with COQ-3 (and perhaps COQ-6), and to be required to maintain a steady-state level of CLK-1/COQ-7 protein; COQ-4 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; coq-4(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans.
33R05D11.7R05D11.7n/achrI 8,601,675contains similarity to Pfam domain PF08648 Protein of unknown function (DUF1777) contains similarity to Interpro domain IPR013957 (Protein of unknown function DUF1777)
34R10D12.12R10D12.12n/achrV 13,961,624contains similarity to Pfam domain PF04101 Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
35csb-1F53H4.1n/achrX 15,863,557csb-1 is orthologous to human gene ERCC6 (OMIM:133530, mutated in Cockayne syndrome); CSB-1 is required for embryonic viability, and represses UV-induced apoptosis in germ cells.
36B0511.2B0511.2n/achrI 10,651,985contains similarity to Interpro domain IPR015804 (Cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia, C-terminal)
37ZK1248.11ZK1248.11n/achrII 5,828,127contains similarity to Xenopus laevis E3 SUMO-protein ligase NSE2 (EC 6.-.-.-) (Non-structural maintenancesof chromosomes element 2 homolog) (Non-SMC element 2 homolog).; SW:Q7ZXH2
38lem-2W01G7.5n/achrII 14,064,559C. elegans LEM-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03020 LEM domain contains similarity to Interpro domains IPR013142 (LEM-like region), IPR003887 (Lamino-associated polypeptide 2/emerin), IPR011015 (LEM-like fold)
39F36H12.2F36H12.2n/achrIV 5,275,375
40pfn-1Y18D10A.20n/achrI 12,922,763C. elegans PFN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00235 Profilin contains similarity to Interpro domains IPR002097 (Profilin/allergen), IPR005455 (Profilin, plant)
41uri-1C55B7.5n/achrI 6,495,201uri-1 encodes a molecular chaperone orthologous to the unconventional prefoldin RPB5 (RNA polymerase subunit 5) interactor, URI; in C.elegans, URI-1 activity is required for suppressing endogenous genotoxic DNA damage and thus, is essential for maintenance of genome integrity (DNA stability) and progression through the mitotic and meiotic cell cycles, particularly during germ cell development; URI-1 activity is also required for development of some somatic structures, such as the vulva, and for RNA interference; uri-1 mRNA is germline-enriched.
42R05F9.9R05F9.9n/achrII 4,900,966
43Y102A5C.2Y102A5C.2n/achrV 16,919,147contains similarity to Saccharomyces cerevisiae anti-silencing protein that causes depression of silent loci when overexpressed; SGD:YJL115W
44T25B9.8T25B9.8n/achrIV 10,767,369contains similarity to Interpro domain IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site)
45C14A4.11C14A4.11n/achrII 10,606,420contains similarity to Pfam domain PF06840 Protein of unknown function (DUF1241) contains similarity to Interpro domain IPR009652 (Protein of unknown function DUF1241)
46B0564.2B0564.2n/achrIV 13,107,893contains similarity to Pfam domain PF03171 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR005123 (2OG-Fe(II) oxygenase)
47F55C5.4F55C5.4n/achrV 12,273,750contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
48spat-1F57C2.6n/achrII 14,531,337spat-1 encodes a divergent ortholog of Drosophila melanogaster AURORA BOREALIS (BORA) and human BORA (OMIM:610510); SPAT-1 is specifically required for PAR protein-dependent cell-polarity; RNAi of spat-1 weakly suppresses the embryonic lethality of par-2(it5ts) at restrictive temperature.
49Y57G7A.2Y57G7A.2n/achrII 1,296,418
50F21F8.2F21F8.2n/achrV 8,275,167contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)