UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1col-159F57B1.33e-63chrV 13,198,753C. elegans COL-159 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR001419 (HMW glutenin), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
4col-92W05B2.60.000006chrIII 10,982,591C. elegans COL-92 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
5ZK512.7ZK512.7n/achrIII 9,138,295
6col-94W05B2.10.000001chrIII 10,987,216C. elegans COL-94 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
7col-93W05B2.50.000006chrIII 10,984,961C. elegans COL-93 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
8col-142T15B7.4n/achrV 6,831,692C. elegans COL-142 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
9R13H4.3R13H4.3n/achrV 11,834,560contains similarity to Pfam domain PF00328 Histidine acid phosphatase contains similarity to Interpro domain IPR000560 (Histidine acid phosphatase)
10F11E6.3F11E6.3n/achrIV 17,471,246contains similarity to Interpro domain IPR009148 (Streptococcal non-M secreted SibA)
11col-13F15H10.29e-52chrV 10,421,363col-13 encodes a collagen which is expressed in all stages of development, like sqt-3 (col-1), col-3, col-10, col-11, col-12, and col-14; collagen genes with this expression profile may be specifically required to construct the L1 cuticle (and, perhaps, less specifically required for cuticles at other stages); the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-13 are most closely related to those of COL-6, COL-12, COL-14, COL-36, and COL-40.
12H11L12.1H11L12.1n/achrX 17,710,993
13F32D1.2F32D1.2n/achrV 4,346,245contains similarity to Pfam domain PF04627 Mitochondrial ATP synthase epsilon chain contains similarity to Interpro domain IPR006721 (ATPase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial)
14col-39C09G5.4n/achrII 10,705,382col-39 encodes a collagen that is individually dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens; the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-39 are most closely related to those of COL-8, COL-19, and COL-35.
15F25H5.6F25H5.6n/achrI 9,159,313contains similarity to Pfam domain PF08561 Mitochondrial ribosomal protein L37 contains similarity to Interpro domain IPR013870 (Ribosomal protein L37, mitochondrial)
16col-143T15B7.3n/achrV 6,836,152C. elegans COL-143 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
17col-80C09G5.5n/achrII 10,707,668C. elegans COL-80 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
18elo-6F41H10.8n/achrIV 5,387,627The elo-6 gene encodes a paralog of elo-1 and elo-2, each of which encodes a polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase; ELO-6 may be required for a normally high growth rate.
19fbxa-131W04E12.1n/achrV 19,734,294C. elegans FBXA-131 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
20glh-1T21G5.3n/achrI 6,856,107glh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase that contains four CCHC zinc fingers and is homologous to Drosophila VASA, a germ-line-specific, ATP-dependent RNA helicase; at permissive temperature, GLH-1 is required redundantly with GLH-4 for proper germ-line development and fertility, specifically for regulating the normal extent of germ-line proliferation, oogenesis, and the production of functional sperm; GLH-1 activity is also likely required for the wild-type morphology of P granules and for localization of several protein components, such as PGL-1, but not for accumulation of P granule mRNAs; GLH-1 interacts in vivo with CSN-5, a COP9 signalosome component, and in vitro with itself and with KGB-1, a JNK-like MAP kinase, ZYX-1, a LIM domain-containing zyxin homologue, and GLH-3; GLH-1 is a constitutive P granule component and thus, with the exception of mature sperm, is expressed in germ cells at all stages of development; consistent with its P granule localization, GLH-1 is cytoplasmic in oocytes and the early embryo, while perinuclear in all later developmental stages as well as in the distal and medial regions of the hermaphrodite gonad; GLH-1 is also expressed in males.
21R11A8.1R11A8.1n/achrIV 10,356,114contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000299601
22col-146T06E4.6n/achrV 9,630,449C. elegans COL-146 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
23C16A11.3C16A11.3n/achrII 4,231,931contains similarity to Pfam domains PF04435 (Domain of unknown function (DUF545)) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00628 (PHD-finger) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR006570 (SPK), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
24col-19ZK1193.1n/achrX 422,242col-19 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies) that is required for normal structure of the alae; expressed during the L2-to-dauer and L4-to-adult molts with strongest expression in adult animals.
25rnh-1.3C04F12.9n/achrI 9,710,453C. elegans RNH-1.3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00075 RNase H contains similarity to Interpro domains IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
26R06C7.1R06C7.1n/achrI 7,237,084contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR000694 (Proline-rich region), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
27C47E8.4C47E8.4n/achrV 14,684,638contains similarity to Pfam domain PF04921 XAP5 protein contains similarity to Interpro domains IPR007005 (XAP5 protein), IPR000533 (Tropomyosin)
28F55H12.4F55H12.4n/achrI 8,893,719contains similarity to Brugia malayi 24 kDa secreted protein.; TR:O76497
29F49F1.5F49F1.5n/achrIV 4,119,922contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
30dpf-5R11E3.8n/achrIV 4,804,689dpf-5 encodes a putative acylamino-acid-releasing enzyme (AARE; EC 3.4.19.1), orthologous to human APEH, with no obvious function in mass RNAi assays.
31lys-4F58B3.1n/achrIV 11,622,253C. elegans LYS-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01183 Glycosyl hydrolases family 25 contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR002053 (Glycoside hydrolase, family 25)
32ZK1320.3ZK1320.3n/achrII 9,659,772
33col-179C34F6.30.0000000001chrX 11,201,934C. elegans COL-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
34syp-1F26D2.2n/achrV 16,406,704C. elegans SYP-1 protein ; contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_7, whole genome shotgun sequence.; TR:A0DYW0
35rhr-1F08F3.3n/achrV 5,429,215rhr-1 encodes an ortholog of human Rhesus blood-group associated glycoprotein (RHAG; OMIM:180297, mutated in chronic hemolytic anemia), a member of the ammonium transporter family, and affects general levels of mRNA transcripts, and embryonic viability in a large-scale RNAi screen.
36C50B6.7C50B6.7n/achrV 13,323,656contains similarity to Pfam domains PF02806 (Alpha amylase, C-terminal all-beta domain) , PF00128 (Alpha amylase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR006046 (Glycoside hydrolase family 13), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR006048 (Alpha-amylase, C-terminal all beta), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR006047 (Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic region), IPR006589 (Glycosyl hydrolase, family 13, subfamily, catalytic region), IPR013780 (Glycosyl hydrolase, family 13, all-beta)
37elo-5F41H10.7n/achrIV 5,375,925The elo-5 gene encodes a paralog of elo-1 and elo-2, each of which encodes a polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase; ELO-5 is required for normally rapid growth and for normal fatty acid composition.
38lys-6F58B3.3n/achrIV 11,627,398C. elegans LYS-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01183 Glycosyl hydrolases family 25 contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR002053 (Glycoside hydrolase, family 25)
39xtr-2F17A2.1n/achrX 12,316,529xtr-2 encodes a protein with similarity to TRA-2A and TRA-2B in a region known as the MX region, hypothesized to be a protein-protein interaction domain involved in negatively regulating tra-2 activity in the germ line.
40col-139F41F3.4n/achrV 4,653,411C. elegans COL-139 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
41C27B7.5C27B7.5n/achrIV 8,902,390contains similarity to Pfam domain PF00098 Zinc knuckle contains similarity to Interpro domain IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
42hmit-1.1Y51A2D.4n/achrV 18,520,286hmit-1.1 encodes one of three C. elegans proton (H+)-dependent myo-inositol transporters; loss of hmit-1.1 activity via large-scale RNAi result in no obvious abnormalities but by homology, HMIT-1.1 is predicted to function as a plasma membrane protein required for the regulated uptake of myo-inositol and thus potentially for regulation of cell signaling and intracellular osmolarity.
43col-133F52B11.40.00003chrIV 14,098,828C. elegans COL-133 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
44F57F5.1F57F5.1n/achrV 12,003,793contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
45mut-14C14C11.6n/achrV 5,659,724mut-14 mutants exhibit germline transposon activation, a deficient response to RNAi, resistance to co-suppression, and transgene desilencing.
46tyr-2K08E3.1n/achrIII 13,745,634C. elegans TYR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00264 (Common central domain of tyrosinase) , PF01549 (ShK domain-like) (2)contains similarity to Interpro domains IPR008922 (Di-copper centre-containing), IPR002227 (Tyrosinase), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
47ZK829.4ZK829.4n/achrIV 11,954,203ZK829.4 is orthologous to the human gene GLYCINE DECARBOXYLASE PRECURSOR (GLUD1; OMIM:238300), which when mutated leads to disease.
48fbxa-114Y113G7B.7n/achrV 20,197,592This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
49T20G5.8T20G5.8n/achrIII 10,199,488contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
50him-3ZK381.1n/achrIV 6,978,215him-3 encodes a homolog of the S. cerevisiae HOP1 protein which is required for the formation of the synaptonemal complex during meiosis; him-3 is required for synapsis and chiasma formation during meiotic recombination and for chromosome segregation; him-3 mutants show a high frequency of males in the population as well as a high frequency of arrested embryos due to defects in X-chromosome segregation; HIM-3 localizes to the meiotic chromosome associating with both unsynapsed and synapsed chromosomes.