UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F55G1.5F55G1.56e-162chrIV 7,475,614contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
2F56A3.1F56A3.1n/achrI 5,192,666
3T01C3.9T01C3.9n/achrV 15,005,731contains similarity to Foot-and-mouth disease virus O Polyprotein.; TR:Q80B22
4K12D12.5K12D12.5n/achrII 11,862,086contains similarity to Interpro domains IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
5B0001.2B0001.2n/achrIV 12,148,704contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
6W05F2.6W05F2.6n/achrI 3,370,130contains similarity to Interpro domains IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR001620 (Dopamine D3 receptor)
7ZC317.7ZC317.7n/achrV 5,469,825contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
8fbxa-192F57G4.8n/achrV 17,645,592This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
9coh-3F08H9.1n/achrV 14,458,664coh-3 encodes a member of the Rad21/Rec8-like family of cohesion proteins that is expressed in the germline; an effect on embryonic viability has been reported based on some RNAi screens, but has not been demonstrated in others.
10bath-1F59H6.9n/achrII 2,028,219C. elegans BATH-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
11F56D2.2F56D2.2n/achrIII 5,588,134contains similarity to Pfam domains PF05773 (RWD domain) , PF01485 (IBR domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR006575 (RWD), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
12gei-14K01C8.5n/achrII 8,274,744gei-14 encodes a novel protein that interacts with GEX-3 in yeast two-hybrid assays.
13C45B2.1C45B2.1n/achrX 6,086,305
14C50C3.1C50C3.1n/achrIII 8,192,662contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domain IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type)
15cas-2C18E3.6n/achrI 4,191,639C. elegans CAS-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF01213 (Adenylate cyclase associated (CAP) N terminal) , PF08603 (DE   Adenylate cyclase associated (CAP) C terminal) contains similarity to Interpro domains IPR001837 (Adenylate cyclase-associated CAP), IPR000694 (Proline-rich region), IPR013992 (Adenylate cyclase-associated CAP, N-terminal), IPR003073 (Orphan nuclear receptor, NURR type), IPR016098 (Cyclase-associated protein CAP/septum formation inhibitor MinC, C-terminal), IPR006599 (CARP motif), IPR013912 (Adenylate cyclase-associated CAP, C-terminal)
16hke-4.1T28F3.3n/achrIV 17,286,682C. elegans HKE-4.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
17T19B10.8T19B10.8n/achrV 11,243,290contains similarity to Pfam domain PF07819 PGAP1-like protein contains similarity to Interpro domain IPR012908 (PGAP1-like)
18F43H9.3F43H9.3n/achrV 8,024,072contains similarity to Homo sapiens PAP associated domain containing 4; ENSEMBL:ENSP00000296783
19glh-2C55B7.1n/achrI 6,515,665glh-2 encodes a putative DEAD-box RNA helicase that contains six CCHC zinc fingers and is homologous to Drosophila VASA, a germ-line-specific, ATP-dependent, RNA helicase; at non-permissive temperatures, GLH-2 plays a role in germ-line development and fertility, specifically in regulating the normal extent of germ-line proliferation, oogenesis, and the production of functional sperm; GLH-2 activity may also be required for the wild-type morphology of P granules and for localization of several protein components, but not accumulation of P granule mRNA components; GLH-2 interacts in vitro with itself and with KGB-1, a JNK-like MAP kinase; GLH-2 is a constitutive P granule component and thus, with the exception of mature sperm, is expressed in germ cells at all stages of development; GLH-2 is cytoplasmic in oocytes and the early embryo, while perinuclear in all later developmental stages as well as in the distal and medial regions of the hermaphrodite gonad; GLH-2 is expressed at barely detectable levels in males.
203R5.13R5.1n/achrIII 13,780,560contains similarity to Mus musculus Paired amphipathic helix protein Sin3a.; SW:SN3A_MOUSE
21F13D12.5F13D12.5n/achrII 11,727,540contains similarity to Interpro domain IPR001814 (Filamentous bacteriophage Vg4 protein)
22F46F11.6F46F11.6n/achrI 5,617,576contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
23mig-32F11A10.3n/achrIV 12,090,700C. elegans MIG-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
24T02G5.12T02G5.12n/achrII 7,097,415contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
25nth-1R10E4.5n/achrIII 4,292,462C. elegans NTH-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00633 (Helix-hairpin-helix motif) , PF00730 (HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein) contains similarity to Interpro domains IPR011257 (DNA glycosylase), IPR003651 (Iron-sulphur cluster loop), IPR000445 (Helix-hairpin-helix motif), IPR004035 (Endonuclease III, iron-sulphur binding, conserved site-1), IPR004036 (Endonuclease III, conserved site-2), IPR003265 (HhH-GPD)
26wee-1.3Y53C12A.1n/achrII 9,715,024C. elegans WEE-1.3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
27rfc-1C54G10.2n/achrV 14,644,310C. elegans RFC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF08519 (Replication factor RFC1 C terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013725 (DNA replication factor RFC1, C-terminal), IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR012178 (DNA replication factor C, large subunit), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
28C35D10.5C35D10.5n/achrIII 4,862,879contains similarity to Pfam domain PF03981 Ubiquinol-cytochrome C chaperone contains similarity to Interpro domain IPR007129 (Ubiquinol-cytochrome C chaperone)
29C44E4.3C44E4.3n/achrI 4,639,174contains similarity to Pfam domain PF00155 Aminotransferase class I and II contains similarity to Interpro domains IPR004838 (Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR004839 (Aminotransferase, class I and II), IPR000796 (Aspartate/other aminotransferase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
30bath-2F52C6.11n/achrII 1,922,182C. elegans BATH-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
31ugt-32F47C10.6n/achrV 3,842,918C. elegans UGT-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
32F15H10.7F15H10.7n/achrV 10,404,755contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domains IPR004245 (Protein of unknown function DUF229), IPR017850 (Alkaline-phosphatase-like, core domain)
33C16C8.14C16C8.14n/achrII 3,450,118C16C8.14 encodes a Caenorhabditis-specific protein, with a central predicted coiled-coil and a C-terminal ubiqutin-like domain; C16C8.14 inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis, as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51; C16C8.14 is paralogous to C16C8.4, C16C8.11, C16C8.12, C16C8.13, C16C8.15, C16C8.16, and F54D10.7.
34C48B4.8C48B4.8n/achrIII 9,560,470contains similarity to Bacillus subtilis Hypothetical protein ywcE precursor.; SW:YWCE_BACSU
35thoc-2C16A3.8n/achrIII 6,370,914C. elegans THOC-2 protein ; contains similarity to Homo sapiens THO complex 2 isoform 1; ENSEMBL:ENSP00000347959
36Y102A5C.2Y102A5C.2n/achrV 16,919,147contains similarity to Saccharomyces cerevisiae anti-silencing protein that causes depression of silent loci when overexpressed; SGD:YJL115W
37bath-5F59H6.11n/achrII 2,031,389C. elegans BATH-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
38C29H12.5C29H12.5n/achrII 6,111,947contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR000953 (Chromo domain), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR016197 (Chromo domain-like)
39K02B7.2K02B7.2n/achrII 14,692,031contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
40F41E6.7F41E6.7n/achrV 8,598,409
41F54D5.2F54D5.2n/achrII 11,573,977contains similarity to Interpro domain IPR000194 (ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding)
42dcr-1K12H4.8n/achrIII 8,076,021The dcr-1 gene encodes a bidentate ribonuclease that is homologous to E. coli RNAse III; dcr-1 is required both for RNA interference and for synthesis of small developmental RNAs; DCR-1 interacts in vivo with RDE-4, a double-stranded RNA (dsRNA) binding protein required for RNAi that interacts with trigger dsRNAs and may function to deliver dsRNAs to DCR-1 for endonucleolytic processing.
43T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
44ego-1F26A3.3n/achrI 7,653,372The ego-1 gene encodes a homolog of RNA-directed RNA polymerase that is essential for germ-line development.
45ZK1193.3ZK1193.3n/achrX 418,922contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
46apc-2K06H7.6n/achrIII 8,082,080apc-2 encodes an ortholog of subunit 2 of anaphase-promoting complex (APC, a cyclin-specific E3 RING ubiquitin ligase); APC-2 and S. cerevisiae's Apc2p have 32% identity in their cullin domains (considered crucial for function), but otherwise share no obvious similarity; inactivating apc-2 with RNAi causes embryos to arrest at the meiotic one-cell stage, implying that APC-2 is required for the metaphase-to-anaphase transition of meiosis I; this RNAi phenotype of apc-2 is shared by apc-1, apc-4, apc-11, cdc-16, cdc-23, and cdc-27; by analogy with other APC subunits with hypomorphic alleles, APC-2 is likely to be required for asymmetrical segregation of cell fate determinants in two-cell embryos.
47K09H9.7K09H9.7n/achrI 3,151,195contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
48ZK1248.15ZK1248.15n/achrII 5,837,633contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR006596 (Nucleotide binding protein, PINc), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
49F08F8.2F08F8.2n/achrIII 7,360,724contains similarity to Pfam domain PF00368 Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase contains similarity to Interpro domains IPR004554 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I, catalytic), IPR009029 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding), IPR002202 (Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic)
50F57B10.4F57B10.4n/achrI 6,567,540contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2E8Z5