UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F55A3.7F55A3.70chrI 10,786,484contains similarity to Pfam domain PF08644 FACT complex subunit (SPT16/CDC68) contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR013953 (FACT complex subunit Spt16p/Cdc68p)
2F44E2.8F44E2.8n/achrIII 8,849,158contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domain IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464)
3ent-1ZK809.4n/achrIV 11,654,417ent-1 encodes a predicted equilibrative nucleoside transporter 1 that affects growth.
4C05D11.9C05D11.9n/achrIII 6,429,174C05D11.9 encodes an ortholog of Pop1, a protein subunit shared by the endoribonucleases RNase MRP and RNAse P; RNAse MRP cleaves mitochondrial RNA in mitochondrial DNA synthesis, nucleolar pre-rRNA in ribosome synthesis, and at least one mRNA (CLB2) involved in cell-cycle regulation; RNAse P cleaves tRNA precursors to produce their mature 5' end; C05D11.9 is evolutionarily ubiquitous among eukaryotes.
5btf-1F15D4.1n/achrII 13,207,846btf-1 encodes a member of the TBP-associated family (TAF), with weak similarity to human TBP-associated factor 172.
6B0273.3B0273.3n/achrIV 5,485,115contains similarity to Tetraodon nigroviridis Chromosome 18 SCAF15038, whole genome shotgun sequence. (Fragment).; TR:Q4RJG8
7tin-13DY3.1n/achrI 8,759,490C. elegans TIN-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF02953 Tim10/DDP family zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR004217 (Zinc finger, Tim10/DDP-type)
8C38C10.2C38C10.2n/achrIII 9,388,833C38C10.2 is orthologous to the human gene SOLUTE CARRIER FAMILY 17 (ANION/SUGAR TRANSPORTER), MEMBER 5 (SLC17A5; OMIM:604322), which when mutated leads to disease.
9gex-3F28D1.10n/achrIV 12,406,527The gex-3 gene encodes a homolog of NAP1/NCKAP1, a mammalian protein ligand of the small GTPase Rac1, and of Drosophila HEM2/NAP1/KETTE; gex-3 is required for tissue morphogenesis and cell migrations; in gex-3 mutants, cells differentiate properly but fail to become organized.
10R01H10.7R01H10.7n/achrIII 10,264,464contains similarity to Interpro domain IPR001849 (Pleckstrin-like)
11sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
12xtr-2F17A2.1n/achrX 12,316,529xtr-2 encodes a protein with similarity to TRA-2A and TRA-2B in a region known as the MX region, hypothesized to be a protein-protein interaction domain involved in negatively regulating tra-2 activity in the germ line.
13C28A5.1C28A5.1n/achrIII 4,431,952contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IJR3
14cyn-7Y75B12B.2n/achrV 15,186,997cyn-7 encodes a cyclophilin A isoform; while not tested for peptidyl-prolyl isomerase activity in vitro, it is very similar to CYN-3 and closely resembles the prototypical CypA, and is therefore likely to be a member of the cytosolic CsA-binding cyclophilin subfamily; CYN-7 was required for embryonic viability in one set of mass RNAi assays.
15K02B2.1K02B2.1n/achrIV 5,942,943contains similarity to Pfam domains PF01591 (6-phosphofructo-2-kinase) , PF00300 (Phosphoglycerate mutase family) contains similarity to Interpro domains IPR016260 (Bifunctional 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2, 6-bisphosphate 2-phosphatase), IPR001345 (Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase), IPR003094 (Fructose-2,6-bisphosphatase), IPR013079 (6-phosphofructo-2-kinase), IPR013078 (Phosphoglycerate mutase)
16npp-15C29E4.4n/achrIII 7,930,950C. elegans NPP-15 protein; contains similarity to Pfam domains PF08801 (Nup133 N terminal like) , PF04044 (Nup133 nucleoporin) contains similarity to Interpro domains IPR014908 (Nup133, N-terminal), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR007187 (Nucleoporin, Nup133-like, C-terminal)
17C30B5.4C30B5.4n/achrII 6,196,350contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
18T08A11.1T08A11.1n/achrIII 4,255,571contains similarity to Interpro domains IPR015425 (Actin-binding FH2), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000591 (Pleckstrin/ G-protein, interacting region)
19sas-4F10E9.8n/achrIII 8,316,386sas-4 encodes a predicted coiled-coil protein and centriole component recruited to the centrosome once per cell cycle at the time of organelle duplication and is required for centriole duplication and spindle assembly, levels dictate centrosome size, and also affects germ cell proliferation and locomotion; colocalizes with gamma-tubulin to centrosomes both in sperm and in the syncitial part of the gonad.
20nas-27T23F4.4n/achrII 1,177,703nas-27 encodes an astacin-like metalloprotease; large-scale expression studies reveal that a nas-27::GFP promoter fusion is expressed in the reproductive system, the vulva, and the hypodermis.
21C27A2.1C27A2.1n/achrII 5,064,604contains similarity to Pfam domain PF02463 RecF/RecN/SMC N terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR003395 (RecF/RecN/SMC protein, N-terminal)
22F17A9.2F17A9.2n/achrV 6,111,285contains similarity to Pfam domains PF04676 (Protein similar to CwfJ C-terminus 2) , PF04677 (Protein similar to CwfJ C-terminus 1) contains similarity to Interpro domains IPR006768 (Protein similar to CwfJ, C-terminal 1), IPR006767 (Protein similar to CwfJ, C-terminal 2), IPR011146 (Histidine triad-like motif)
23F19F10.10F19F10.10n/achrV 7,579,007F19F10.10 encodes a protein with a THAP or THAP-like domain; other proteins with such domains include LIN-15A, LIN-15B, LIN-36, and HIM-17 (which all interact with LIN-35/Rb), as well as CDC-14B, CTB-1, GON-14, and ~100 other proteins such as Drosophila P element transposase and human nuclear proapoptotic factor THAP1.
24cua-1Y76A2A.2n/achrIII 13,447,397The cua-1 gene encodes a putative E1-E2 ATPase orthologous to the human gene KIAA1347 (ATP7A; OMIM:604384), which when mutated leads to Hailey-Hailey disease.
25nasp-1C09H10.6n/achrII 11,107,270C. elegans NASP-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR013026 (Tetratricopeptide region)
26F40G9.2F40G9.2n/achrIII 191,482contains similarity to Pfam domain PF05051 Cytochrome C oxidase copper chaperone (COX17) contains similarity to Interpro domain IPR007745 (Cytochrome C oxidase copper chaperone)
27F30A10.10F30A10.10n/achrI 9,508,859contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF02809 (Ubiquitin interaction motif) contains similarity to Interpro domain IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
28C45G9.5C45G9.5n/achrIII 5,049,097
29hse-5B0285.5n/achrIII 4,347,680hse-5 encodes the C. elegans ortholog of the heparan sulfate modifying enzyme glucuronyl C5-epimerase; by homology, HSE-5 is predicted to function in heparan sulfate biosynthesis by catalyzing the chain-modifying epimerization of glucuronic acid to iduronic acid; during development, hse-5 activity is required for normal body size, locomotion, and nervous system development; an hse-5::gfp transcriptional reporter fusion is expressed beginning at early embryonic stages and continuing through adulthood; expression in embryos is nearly ubiquitous with later expression primarily restricted to the hypodermis and intestine.
30ZK1098.2ZK1098.2n/achrIII 9,530,428contains similarity to Klebsiella aerogenes Siroheme synthetase.; TR:Q9EYX8
31ppfr-2D2092.2n/achrI 6,626,089C. elegans PPFR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF09184 PPP4R2 contains similarity to Interpro domain IPR015267 (Protein phosphatase 4 core regulatory subunit R2)
32R08D7.1R08D7.1n/achrIII 8,966,795contains similarity to Drosophila pseudoobscura GA12417-PA (Fragment).; TR:Q293H8
33F59E12.1F59E12.1n/achrII 5,655,915contains similarity to Pfam domain PF00439 Bromodomain contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR001487 (Bromodomain)
34bub-1R06C7.8n/achrI 7,253,581bub-1 encodes a serine/threonine kinase orthologous to Saccharomyces cerevisiae BUB1 which is required for proper function of the mitotic spindle assembly checkpoint and human BUB1 (OMIM:602452) which is mutated in some colorectal cancers; BUB-1 activity is required at several stages of development, including embryogenesis; BUB-1 is expressed predominantly in the anterior of the embryo and in hypodermal seam cells during the L1 and L2 larval stages.
35C18H2.2C18H2.2n/achrIII 7,679,866contains similarity to Interpro domain IPR008962 (PapD-like)
36R07E5.13R07E5.13n/achrIII 4,414,076This gene encodes a homolog of mammalian BRAIN PROTEIN 44-LIKE (BRP44L).
37cid-1K10D2.3n/achrIII 5,177,184cid-1 (also known as pup-1) encodes a template-independent poly(U) polymerase with 3'' end RNA substrates, orthologous to human ZCCHC6 and ZCCHC11, and paralogous to PUP-2; CID-1 prevents larvae from growing to adulthood in media containing hydroxyurea (HU, a drug that stalls replication forks) and represses HSP-4 expression; CID-1 is required for gonadogenesis, embryonic and vulval development, normally rapid growth, and normally short lifespan; CID-1, like HSP-4, is expressed in postmitotic intestinal cells; by orthology with Cid1p in fission yeast, CID-1 is predicted to act in a DNA synthesis-to-mitosis checkpoint; in cid-1(rf35::Tc4) mutants or cid-1(RNAi) animals grow from L1 larvae to adulthood despite the presence of HU, are abnormally resistant to lethal heat shock, overexpress hsp-4::GFP, have protruding vulvae, have abnormally short and thick gonads with fewer germ cells than normal, produce disorganized embryos, grow slowly, and have abnormally long lifespans; CID-1 and its eukaryotic homologs are distantly related to the GLD-2 family of poly(A) polymerases.
38pfd-1C08F8.1n/achrIV 11,150,492pfd-1 encodes a putative prefoldin subunit 1, orthologous to human PFDN1 (OMIM:604897), that is required for normal microtubule nucleation and growth, embryonic viability, distal tip cell (DTC) migration, and locomotion; PFD-1 is expressed cytoplasmically in most, if not all, tissues; pfd-1(RNAi) animals have sterile progeny and are uncoordinated, and pfd-1(RNAi) embryos show a reduced microtubule growth rate; pfd-1(gk526) or escaper pfd-1(RNAi) hermaphrodites exhibit detective DTC migration.
39stl-1F30A10.5n/achrI 9,487,412C. elegans STL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01145 SPFH domain / Band 7 family contains similarity to Interpro domains IPR001107 (Band 7 protein), IPR001972 (Stomatin)
40cyp-13A11F14F7.2n/achrIII 13,022,359C. elegans CYP-13A11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
41ZK795.3ZK795.3n/achrIV 12,559,996contains similarity to Pfam domain PF04427 Brix domain contains similarity to Interpro domain IPR007109 (Brix)
42cir-1F55F8.4n/achrI 5,654,871C. elegans CIR-1 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of CBF1-interacting corepressor; ENSEMBL:ENSP00000339723
43syn-16ZC155.7n/achrIII 5,208,372C. elegans SYN-16 protein; contains similarity to Pfam domains PF00804 (Syntaxin) , PF05739 (SNARE domain) contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR006011 (Syntaxin, N-terminal), IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region)
44tag-203K02F2.3n/achrI 6,824,603C. elegans TAG-203 protein; contains similarity to Pfam domain PF03178 CPSF A subunit region contains similarity to Interpro domains IPR004871 (Cleavage and polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
45rpa-1F18A1.5n/achrII 7,665,772rpa-1 encodes the C. elegans ortholog of the replication protein A (RPA) large subunit; by homology, RPA-1 is predicted to function as a DNA-binding and oligonucleotide oligosaccharide-binding (OB) protein that is required for DNA replication, repair, and recombination; large-scale RNAi screens indicate that rpa-1 is essential for embryonic development, and that in yeast two-hybrid assays interacts with the product of M04F3.1, the RPA medium subunit; in situ hybridization studies indicate that rpa-1 transcripts are expressed in germ cells.
46C55A6.9C55A6.9n/achrV 11,522,512contains similarity to Pfam domain PF03985 Paf1 contains similarity to Interpro domain IPR007133 (RNA polymerase II-associated, Paf1)
47W02D3.4W02D3.4n/achrI 6,720,208contains similarity to Pfam domain PF07857 CEO family (DUF1632) contains similarity to Interpro domain IPR012435 (Protein of unknown function DUF1632)
48C03H5.3C03H5.3n/achrII 387,056contains similarity to Interpro domain IPR002408 (Natriuretic peptide, brain type)
49T28A8.5T28A8.5n/achrIII 13,502,424contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
50nrf-6C08B11.4n/achrII 8,030,762nrf-6 encodes a protein with 12 predicted transmembrane domains that is highly similar to NDG-4 and affects embryonic viability, yolk transport, locomotion, body morphology, and affects sensitivity to fluoxetine with respect to nose-contraction response in a common pathway with ndg-4 and nrf-5; expressed in the most anterior cells of the hypodermis and in the intestine and is required in the intestine for fluoxetine-induced nose contraction and yolk transport