UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srd-19F53F1.110chrV 13,428,164C. elegans SRD-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3M01E5.1M01E5.1n/achrI 13,275,251contains similarity to Ichthyophthirius multifiliis Immobilization antigen isoform.; TR:Q9BMH3
4T02G6.7T02G6.7n/achrI 11,828,074contains similarity to Pfam domains PF00337 (Galactoside-binding lectin) , PF08277 (PAN-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR001079 (Galectin, galactose-binding lectin), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
5glr-7C43H6.9n/achrX 2,415,895glr-7 encodes a protein containing a ligand-gated ion channel domain and is a predicted non-NMDA type ionotropic glutamate receptor; expressed in the pharyngeal nervous system.
6C18E3.5C18E3.5n/achrI 4,198,275contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
7srw-16T10H4.5n/achrV 15,274,096C. elegans SRW-16 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR008365 (Prostanoid receptor)
8nhr-102T06C12.6n/achrV 15,875,252nhr-102 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.
9C41D7.1C41D7.1n/achrII 357,032
10srbc-70F30B5.6n/achrIV 4,227,430C. elegans SRBC-70 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
11xpa-1K07G5.2n/achrI 7,160,236xpa-1 encodes an ortholog of human XPA, the xeroderma pigmentosum complementation group A protein (OMIM:278700, mutations are associated with sensitivity to ultraviolet light and carcinomata at an early age); by homology, XPA-1 is predicted to function as a DNA-binding protein that is required for nucleotide excision repair of damaged DNA; in C. elegans, loss of xpa-1 activity via mutation or RNA-mediated interference (RNAi) results in increased sensitivity to UV irradiation at all stages of development; xpa-1 mRNA is detected in eggs and mixed stage populations.
12K01G12.3K01G12.3n/achrIV 14,194,711contains similarity to Homo sapiens Acidic (Leucine-rich) nuclear phosphoprotein 32 family, member E; ENSEMBL:ENSP00000358111
13M04D8.4M04D8.4n/achrIII 10,030,454contains similarity to Clostridium perfringens Hypothetical protein CPE0262.; TR:Q8XNS0
14C34B7.1C34B7.1n/achrI 8,331,627The C34B7.1 gene encodes a divergent MYST acetyltransferase that is (apparently) unique to Caenorhabditis; it has no well-characterized orthologs in the complete Drosophila or S. cerevisiae genomes, and no obvious orthologs in the draft human genome sequence either.
15ZK1127.3ZK1127.3n/achrII 7,055,637contains similarity to Pfam domain PF07904 CT20 family contains similarity to Interpro domain IPR012423 (CT20)
16T21C9.1T21C9.1n/achrV 10,577,614contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
17C05C8.8C05C8.8n/achrV 7,253,723contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
18F19C7.3F19C7.3n/achrIV 4,598,308contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
19daf-8R05D11.1n/achrI 8,586,024daf-8 encodes a Smad protein that represses dauer development, perhaps by antagonizing DAF-3 activity, and promotes a commitment to reproductive growth; genetic interactions suggest partial functional redundancy with daf-14 with respect to the TGF-beta signaling pathway that regulates dauer formation.
20C04G6.7C04G6.7n/achrII 5,101,080contains similarity to Interpro domains IPR006081 (Alpha defensin), IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR001008 (Mollusc metallothionein, family 2)
21T19D2.3T19D2.3n/achrX 3,939,726
22R08D7.5R08D7.5n/achrIII 8,974,466contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
23exos-7F31D4.1n/achrV 20,835,609C. elegans EXOS-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01138 3' exoribonuclease family, domain 1 contains similarity to Interpro domain IPR001247 (Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1)
24ZC477.4ZC477.4n/achrIV 7,098,647
25lin-24B0001.1n/achrIV 12,132,269lin-24 was identified in screens for mutations that result in altered vulval cell lineages; lin-24 is defined by two alleles, the first of which, a partially dominant mutation, generally results in vulvaless animals, while the second, a non-null amber mutation that is also partially dominant, results in wild-type animals when homozygous, but vulvaless animals when heterozygous with a wild-type allele; morphological examination of lin-24 animals indicates that some of the Pn.p cells that normally make up the vulva undergo inappropriate cell death that is dependent upon the ced-2, ced-5, and ced-10 engulfment genes, but not on the ced-3 and ced-4 killing genes; the precise molecular identity of lin-24 has not yet been reported.
26C08A9.9C08A9.9n/achrX 17,107,104contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domain IPR005020 (Protein of unknown function DUF278)
27srh-52R08H2.7n/achrV 15,375,587C. elegans SRH-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
28F23D12.2F23D12.2n/achrX 14,418,796This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
29E01G6.3E01G6.3n/achrX 12,243,099contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR002018 (Carboxylesterase, type B), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
30ZC317.1ZC317.1n/achrV 5,472,445contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
31T09F3.4T09F3.4n/achrII 10,396,159T09F3.4 encodes a novel protein.
32srt-33F40G12.8n/achrV 14,279,072C. elegans SRT-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
33C09F5.3C09F5.3n/achrIII 664,551contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
34str-245F32A7.7n/achrI 14,853,699C. elegans STR-245 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
35C36B7.4C36B7.4n/achrX 7,086,834
36T02E1.2T02E1.2n/achrI 8,221,514contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IJZ2
37R10H10.6R10H10.6n/achrIV 10,409,131contains similarity to Pfam domain PF01687 Riboflavin kinase contains similarity to Interpro domain IPR015865 (Riboflavin kinase)
38str-223F49C5.6n/achrII 12,564,977C. elegans STR-223 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39Y37E11B.3Y37E11B.3n/achrIV 3,581,983contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein C17orf59; ENSEMBL:ENSP00000350621
40K05C4.4K05C4.4n/achrI 14,736,077contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA1185; ENSEMBL:ENSP00000253061
41F36F12.4F36F12.4n/achrV 2,089,002contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
42nhr-231Y17D7B.1n/achrV 18,792,886C. elegans NHR-231 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
43F45G2.7F45G2.7n/achrIII 13,433,876contains similarity to Oceanobacillus iheyensis Two-component response regulator involved in modulation ofsflagellar.; TR:Q8EQW9
44str-165F55B12.6n/achrV 13,832,194C. elegans STR-165 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001358 (Neuropeptide Y2 receptor)
45polq-1W03A3.2n/achrIII 5,797,057C. elegans POLQ-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00476 (DNA polymerase family A) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR001098 (DNA-directed DNA polymerase, family A), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR002298 (DNA polymerase A), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
46flh-2C26E6.2n/achrIII 4,953,580C. elegans FLH-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF04500 FLYWCH zinc finger domain contains similarity to Interpro domain IPR007588 (Zinc finger, FLYWCH-type)
47F27E5.5F27E5.5n/achrII 10,129,961contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
48hsf-1Y53C10A.12n/achrI 11,957,869hsf-1 encodes the C. elegans heat-shock transcription factor ortholog; HSF-1 functions as a transcriptional regulator of stress-induced gene expression whose activity is required for heat-shock and proteotoxicity response, larval development, innate immunity, and regulation of adult lifespan.
49snf-6M01G5.5n/achrIII 1,526,486snf-6 encodes a member of the sodium:neurotransmitter symporter family.
50rab-10T23H2.5n/achrI 6,457,920rab-10 encodes a Rab-like GTPase that is a member of the Ras superfamily of small GTPases; rab-10 activity is required, upstream of rme-1, for basolateral endocytic recycling in the intestine, but not in oocytes or coelomocytes; a RAB-10::GFP fusion protein is widely expressed and in the intestine, localizes to endosomes and the Golgi.