UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F41H8.1F41H8.11e-169chrV 834,574contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
2nhr-177F16B4.1n/achrV 1,611,519C. elegans NHR-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3mes-6C09G4.5n/achrIV 8,512,584mes-6 encodes a WD repeat-containing protein that is orthologous to Drosophila Extra sex combs (Esc); as a member of a Polycomb-like chromatin repressive complex with MES-2 and MES-3, MES-6 is required maternally for normal germline development and during larval development, for anteroposterior patterning; during germline development, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is believed to be essential for maintaining repression of the X chromosome, and in transgenic animals, the complex is necessary for germline repression of repetitive transgenes; in axial patterning, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is required in somatic tissues for maintaining homeotic gene repression, acting upstream of the Hox genes lin-39, mab-5, and egl-5, as well as the egl-5 target gene lin-32; MES-6 expression is detected in the nuclei of all cells during early embryogenesis, in the germline precursors Z2 and Z3 and faintly in some somatic cells during late embryogenesis and the L1 larval stage, widely in later larvae, and in germline and oocyte nuclei in adults; normal MES-6 distribution is dependent upon wild-type activity of MES-2 and MES-3, and likewise, distribution of MES-3 is dependent upon wild-type activity of MES-2 and MES-6
4cids-1C02F5.4n/achrIII 8,245,008C. elegans CIDS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04818 Protein of unknown function, DUF618 contains similarity to Interpro domains IPR006569 (Regulation of nuclear pre-mRNA protein), IPR006903 (Protein of unknown function DUF618), IPR008942 (ENTH/VHS)
5F27C1.6F27C1.6n/achrI 5,424,977contains similarity to Pfam domain PF04615 Utp14 protein contains similarity to Interpro domain IPR006709 (Small-subunit processome, Utp14)
6F30F8.1F30F8.1n/achrI 7,834,052contains similarity to Mus musculus Nuclear factor of activated T cells 5 (T cell transcription factorsNFAT5) (NF-AT5) (Rel domain-containing transcription factor NFAT5).; SW:NFT5_MOUSE
7F18E2.1F18E2.1n/achrV 12,758,672contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domains IPR015914 (Purple acid phosphatase, N-terminal), IPR004843 (Metallophosphoesterase)
8T14E8.2T14E8.2n/achrX 6,542,867contains similarity to Interpro domain IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich)
9age-1B0334.8n/achrII 11,523,196age-1 encodes the C. elegans ortholog of the phosphoinositide 3-kinase (PI3K) p110 catalytic subunit; AGE-1, supplied maternally and embryonically, is a central component of the C. elegans insulin-like signaling pathway, lying downstream of the DAF-2/insulin receptor and upstream of both the PDK-1 and AKT-1/AKT-2 kinases and the DAF-16 forkhead type transcription factor, whose negative regulation is the key output of the insulin signaling pathway; in accordance with its role in insulin signaling, AGE-1 activity is required for regulation of metabolism, life span, dauer formation, stress resistance, salt chemotaxis learning, fertility, and embryonic development; although the age-1 expression pattern has not yet been reported, ectopic expression studies indicate that pan-neuronal age-1 expression is sufficient to rescue life-span defects, while neuronal, intestinal, or muscle expression can partially rescue dauer formation, and neuronal or muscle expression can rescue metabolic defects.
10sru-2C33A12.13n/achrIV 9,486,898C. elegans SRU-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
11C44C10.4C44C10.4n/achrX 11,694,526contains similarity to Pfam domain PF02463 RecF/RecN/SMC N terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR003395 (RecF/RecN/SMC protein, N-terminal)
12sel-12F35H12.3n/achrX 917,054sel-12 encodes a transmembrane domain protein orthologous to presenilins; during gonadal, germline, and vulval development, sel-12 functions, within receiving cells, to positively regulate lin-12 and glp-1 Notch-like signaling pathways; sel-12 presenilin activity and/or levels are likely regulated by the SET/NAP protein sub-family member encoded by spr-2, as mutations in sel-12 are suppressed by mutations in spr-2; spr-2 regulation of sel-12 occurs in a hop-1 presenilin dependent manner.
13Y53C12A.3Y53C12A.3n/achrII 9,705,022contains similarity to Pfam domains PF03942 (DTW domain) , PF04893 (Yip1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR006977 (Yip1 domain), IPR005636 (DTW)
14srw-69F18E3.5n/achrV 7,428,134C. elegans SRW-69 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
15Y54G11A.1Y54G11A.1n/achrII 14,262,654contains similarity to Mesocricetus auratus Nucleolin (Protein C23).; SW:NUCL_MESAU
16T23H2.4T23H2.4n/achrI 6,455,456
17F28F8.7F28F8.7n/achrV 15,579,943contains similarity to Pfam domain PF01448 ELM2 domain contains similarity to Interpro domain IPR000949 (ELM2)
18cyp-33C1C45H4.2n/achrV 2,180,672C. elegans CYP-33C1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
19wah-1Y56A3A.32n/achrIII 11,994,707wah-1 encodes a putative flavin-adenine dinucleotide (FAD)-binding oxidoreductase orthologous to mammalian PDCD8 (AIF; OMIM:300169, mutated in Harlequin mice); WAH-1 is required for apoptotic DNA degratation, SCRM-1 phospholipid scramblase activity, phosphatidylserine exposure, rapid apoptosis during embryonic development, and rapid engulfment of apoptotic cells in the germline; WAH-1 is also required for normally rapid growth and large brood sizes, and has a subtle proapoptotic function revealed in ced-3 or ced-4 mutant backgrounds; WAH-1 is expressed in most, if not all, cells of embryos and larvae; WAH-1 is normally mitochondrial, but can be released into the cytosol and nucleus by EGL-1 and CED-3; residues 380-550 of WAH-1 specifically bind SCRM-1 in vitro, but not SCRM-2 through SCRM-4, and WAH-1 binding is required in liposomes for more than residual SCRM-1 activity; WAH-1 also binds and activates CPS-6, promoting apoptotic DNA degradation, and transgenic coexpression of WAH-1 with CPS-6 specifically induces ectopic CED-3-dependent apoptosis in touch receptor neurons; CPS-6 shares a genetic pathway with WAH-1, whereas CED-3, CED-4, CED-8, and NUC-1 act independently of it; WAH-1 is paralogous to C. elegans F20D6.11 and human AIFM3 (AIFL).
20F41G4.1F41G4.1n/achrX 16,841,928contains similarity to Strongylocentrotus purpuratus 33 kDa inner dynein arm light chain, axonemal (p33).; SW:Q26630
21K07C11.10K07C11.10n/achrV 8,226,436contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein isoform 1; ENSEMBL:ENSP00000381337
22F02H6.1F02H6.1n/achrIV 14,200,489contains similarity to Human herpesvirus 8 ORF73.; TR:Q91LX9
23Y62H9A.11Y62H9A.11n/achrX 11,906,196
24F39H12.2F39H12.2n/achrX 832,122contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
25twk-32F53C11.6n/achrV 13,798,574C. elegans TWK-32 protein; contains similarity to Pfam domains PF00041 (Fibronectin type III domain) (2), PF07885 (Ion channel) (2)contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR009147 (Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator), IPR013099 (Ion transport 2)
26F57G8.7F57G8.7n/achrV 16,329,811contains similarity to Antarctic bacterium str 643 Metalloproteinase precursor.; TR:Q9KH34
27mlt-4ZC15.7n/achrV 20,280,792mlt-4 encodes a homolog of human INVS (inversin, OMIM:243305; mutated in nephronophthisis) that has no function in mass RNAi assays.
28F14F9.3F14F9.3n/achrV 5,139,826contains similarity to Interpro domain IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
29C50F4.14C50F4.14n/achrV 9,548,707The C50F4.14 gene encodes a putative GDP-fucose transporter orthologous to the human GDP-FUCOSE TRANSPORTER 1 gene (LAD II; OMIM:605881), which when mutated leads to congenital disorder of glycosylation, type IIc.
30C25G6.1C25G6.1n/achrX 1,271,143contains similarity to Pfam domain PF03803 Scramblase contains similarity to Interpro domain IPR005552 (Scramblase)
31srj-10F14H3.1n/achrV 16,073,333C. elegans SRJ-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32T11G6.5T11G6.5n/achrIV 10,839,263contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
33T08D2.8T08D2.8n/achrX 196,174contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000357 (HEAT), IPR016024 (Armadillo-type fold)
34him-14ZK1127.11n/achrII 7,067,448him-14 encodes a germline-specific member of the MutS family of DNA mismatch repair (MMR) proteins that is orthologous to human MSH4 and Saccharomyces cerevisiae Msh4p; during the pachytene stage of meiosis, HIM-14 activity is required for promoting crossing over between homologous chromosomes and thus, for chiasmata formation and proper chromosome segregation; in contrast, HIM-14 activity does not appear to be required for mismatch repair, nor for chromosome pairing or synapsis; him-14 mRNA expression is detected exclusively in the germline.
35F40G12.4F40G12.4n/achrV 14,268,178contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
36F54B11.10F54B11.10n/achrX 13,582,322contains similarity to Conus arenatus Conotoxin scaffold VI/VII.; TR:Q9BP99
37Y56A3A.28Y56A3A.28n/achrIII 11,966,536contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
38T19D12.7T19D12.7n/achrII 6,648,354contains similarity to Interpro domain IPR007110 (Immunoglobulin-like)
39T10B5.8T10B5.8n/achrV 1,843,425contains similarity to Pfam domain PF00724 NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001155 (NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal)
40F55D12.2F55D12.2n/achrI 7,892,099contains similarity to Interpro domains IPR002017 (Spectrin repeat), IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal)
41srx-7C14C6.1n/achrV 561,828C. elegans SRX-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
42str-19T23D5.7n/achrV 15,743,832C. elegans STR-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
43F36F12.8F36F12.8n/achrV 2,091,148contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
44F10A3.7F10A3.7n/achrV 16,156,140contains similarity to Pfam domain PF01461 (7TM chemoreceptor)
45cyp-14A3K09A11.4n/achrX 13,272,959C. elegans CYP-14A3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
46F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
47C47F8.6C47F8.6n/achrI 12,320,092contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
48srx-38C03A7.5n/achrV 5,154,771C. elegans SRX-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR013305 (ABC transporter, ABCB2), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
49C14E2.5C14E2.5n/achrX 1,824,473
50F48G7.4F48G7.4n/achrV 620,860