UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F40A3.6F40A3.61.0000000000000002e-120chrV 7,893,039
2F39E9.1F39E9.1n/achrII 3,318,116contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
3M02F4.3M02F4.3n/achrX 3,038,574M02F4.3 encodes a predicted transmembrane protein orthologous to human ACDP1-ACDP4 and S. cerevisiae MAM3, and paralogous to C01H6.6, C33D12.2, C52D10.12, R04E5.2, and R13G10.4; by orthology with MAM3, M02F4.3 may participate in metal homoeostasis; M02F4.3, MAM3, and ACDP1-ACDP4 belong to a family of proteins (sharing an ACD domain) from bacteria, yeast, plants, and metazoa; murine Acdp1 is a plasma membrane protein; bacterial proteins containing the ACD domain include CorC from Salmonella typhimurium, which is involved in magnesium and cobalt efflux; M02F4.3 has no obvious function in RNAi assays.
4ctl-1Y54G11A.6n/achrII 14,304,828ctl-1 encodes one of three C. elegans catalases; CTL-1 exhibits catalase activity in vitro, and thus likely functions in vivo as an antioxidant enzyme that protects cells from reactive oxygen species; ctl-1 activity contributes to the extended lifespan seen in daf-2 mutant animals; in addition, ctl-1 expression is negatively regulated by DAF-2-mediated insulin signaling; as CTL-1 does not possess a C-terminal peroxisomal targeting signal (PTS), it is predicted to be a cytosolic catalase.
5C56G2.3C56G2.3n/achrIII 6,347,461contains similarity to Pfam domain PF01746 tRNA (Guanine-1)-methyltransferase contains similarity to Interpro domains IPR016009 (tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase), IPR007356 (tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, eukaryotic)
6abt-4Y39D8C.1n/achrV 327,261abt-4 encodes a predicted ATP-binding cassette (ABC) transporter that is a member of the ABCA subfamily of transport proteins; ABT-4 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of abt-4 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of abt-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; abt-4 promoter-gfp fusion proteins are widely expressed in larvae and adults, with expression seen in the pharynx, the pharyngeal-intestinal valve, the intestine, renal gland cells, hypodermis, various neurons, and unidentified cells in the head and tail.
7Y75B8A.13Y75B8A.13n/achrIII 12,209,672contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
8T22D1.12T22D1.12n/achrIV 6,930,087contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
9F48F5.2F48F5.2n/achrV 20,441,470contains similarity to Homo sapiens Intestinal mucin; TR:O43420
10C49G7.7C49G7.7n/achrV 4,036,291
11F10G7.6F10G7.6n/achrII 4,692,543contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
12M02D8.1M02D8.1n/achrX 8,765,033contains similarity to Pfam domain PF07679 Immunoglobulin I-set domain contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype)
13skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
14DH11.4DH11.4n/achrII 7,993,221contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
15clec-51B0218.6n/achrIV 8,162,862C. elegans CLEC-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR001304 (C-type lectin), IPR002352 (Eosinophil major basic protein)
16ubc-17B0403.2n/achrX 7,052,951C. elegans UBC-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00179 Ubiquitin-conjugating enzyme contains similarity to Interpro domains IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR000608 (Ubiquitin-conjugating enzyme, E2)
17T28D9.7T28D9.7n/achrII 6,478,174contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
18F01D5.2F01D5.2n/achrII 13,998,627contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR001368 (TNFR/CD27/30/40/95 cysteine-rich region), IPR000480 (Glutelin), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
19B0454.6B0454.6n/achrII 3,034,446contains similarity to Pfam domain PF00324 Amino acid permease contains similarity to Interpro domains IPR004841 (Amino acid permease-associated region), IPR002293 (Amino acid/polyamine transporter I)
20clec-64F35C5.7n/achrII 12,899,255C. elegans CLEC-64 protein; contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
21B0513.5B0513.5n/achrIV 13,872,562contains similarity to Pfam domain PF01619 Proline dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002872 (Proline dehydrogenase), IPR015659 (Proline oxidase)
22F07F6.2F07F6.2n/achrII 5,430,880contains similarity to Homo sapiens 13 kDa protein; ENSEMBL:ENSP00000380244
23ZC262.5ZC262.5n/achrIII 8,342,336contains similarity to Pfam domain PF04627 Mitochondrial ATP synthase epsilon chain contains similarity to Interpro domain IPR006721 (ATPase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial)
24R05D3.6R05D3.6n/achrIII 8,350,531R05D3.6 encodes the epsilon subunit of the soluble, catalytic F1 portion of ATP synthase (mitochondrial respiratory chain [MRC] complex V); RNAi experiments indicate that loss of R05D3.6 activity has minor effects on growth rate.
25C18B2.3C18B2.3n/achrX 3,603,031
26str-30T27C4.3n/achrV 3,725,910C. elegans STR-30 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27pgp-4F42E11.1n/achrX 11,361,531pgp-4 encodes an ATP-binding protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; PGP-4 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-4 activity via deletion mutations or RNAi results in no obvious defects, the precise role of PGP-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-4 promoter-gfp fusion proteins are expressed in the larval excretory cell.
28B0432.7B0432.7n/achrII 271,677contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
29C06C3.8C06C3.8n/achrII 9,388,665contains similarity to Pfam domain PF03353 DUF278 contains similarity to Interpro domains IPR005020 (Protein of unknown function DUF278), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease), IPR006578 (MADF)
30glo-4F07C3.4n/achrV 9,238,868glo-4 encodes a guanine nucleotide exchange factor (GEF) that is similar to Drosophila Claret and human RP3; throughout development, glo-4 activity is required for biogenesis of the lysosome-related gut granules; based upon phenotypic similarity, glo-4 is likely to encode a GEF for the GLO-1 Rab-like GTPase; in regulating gut granule formation, glo-4 acts downstream of apb-3, which encodes the AP-3 complex beta subunit.
31R08C7.5R08C7.5n/achrIV 4,431,281contains similarity to Pfam domain PF03941 Inner centromere protein, ARK binding region contains similarity to Interpro domains IPR005819 (Histone H5), IPR005635 (Inner centromere protein, ARK binding region)
32glr-4C06A8.9n/achrII 7,789,680glr-4 encodes a putative non-NMDA ionotropic glutamate receptor subunit, most closely related to GLR-3 and less so to GLR-7, possibly of the kainate subfamily; glr-4 is expressed in various sensory neurons and interneurons from embyrogenesis onward; glr-4 expression requires UNC-42, as well as CFI-1 in URA cells.
33H25P06.1H25P06.1n/achrI 11,317,448contains similarity to Pfam domains PF00349 (Hexokinase) , PF03727 (Hexokinase) contains similarity to Interpro domain IPR001312 (Hexokinase)
34B0280.11B0280.11n/achrIII 7,137,323contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type)
35ugt-51C03A7.11n/achrV 5,176,130C. elegans UGT-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
36C49F8.2C49F8.2n/achrX 13,374,194contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
37K11C4.2K11C4.2n/achrV 6,895,906contains similarity to Pfam domain PF03006 Haemolysin-III related contains similarity to Interpro domain IPR004254 (Hly-III related proteins)
38fbxa-31ZC47.5n/achrIII 1,270,493This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
39F38E1.3F38E1.3n/achrV 8,376,994contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
40F28F5.4F28F5.4n/achrIII 6,816,698
41AC8.3AC8.3n/achrX 228,920
42lin-52ZK632.13n/achrIII 9,824,348lin-52 encodes a novel protein that is most closely related to the Drosophila melanogaster CG15929 protein and the human protein XP_040376; lin-52 is a class B synthetic multivulva (synMuv) gene that appears to function with lin-35/Rb to negatively regulate vulval development; in addition, lin-52 is also required for germline and larval development.
43clec-191F38C2.6n/achrIV 16,280,134C. elegans CLEC-191 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
44T28D9.11T28D9.11n/achrII 6,491,500
45lgc-25R03E1.3n/achrX 14,160,175C. elegans LGC-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR003567 (Cytochrome c-type biogenesis protein), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
46abt-2F12B6.1n/achrI 2,264,395abt-2 encodes a predicted ATP-binding cassette (ABC) transporter that is a member of the ABCA subfamily of transport proteins; ABT-2 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of abt-2 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of abt-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
47glb-13F19H6.2n/achrX 12,374,995glb-13 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.
48ugt-42F31F4.7n/achrV 648,465C. elegans UGT-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
49ncr-1F02E8.6n/achrX 4,476,155ncr-1 encodes a large transmembrane glycoprotein with a patched-like domain that is orthologous to human NPC1 (OMIM:257220, mutated in Niemann-Pick type C disease); NCR-1 and NPC1 are eukaryotic members of the resistance-nodulation-division (RND) family of membrane permeases, and have a putative sterol-sensing domain; by homology, NCR-1 is predicted to function in intracellular cholesterol and glycolipid trafficking; in C. elegans, NCR-1 is required for growth and survival in the absence of cholesterol, newly hatched ncr-1 mutant larvae grow poorly on cholesterol-free medium and die at the L1 or L2 stage; NCR-1 is also involved in negative regulation of dauer formation, being required redundantly with NCR-2, a second C. elegans NPC1-like protein, for preventing constitutive dauer formation; dauer formation in ncr-1; ncr-2 double mutants is suppressed by mutations in daf-12, which encodes a steroid hormone receptor, and by overexpression of daf-9, which encodes a cytochrome P450, suggesting that NCR-1 and NCR-2 may function to transport a sterol precursor that is metabolized by DAF-9 to then serve as the DAF-12 ligand.
50C50A2.2C50A2.2n/achrIV 1,173,690contains similarity to Interpro domains IPR000953 (Chromo domain), IPR016197 (Chromo domain-like)