UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1sru-23F36G9.65e-170chrV 15,971,479C. elegans SRU-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domains IPR003839 (Protein of unknown function DUF215), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3nhr-282F54B8.2n/achrV 15,812,667C. elegans NHR-282 protein; contains similarity to Pfam domain PF00104 Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
4Y45F3A.4Y45F3A.4n/achrIII 10,573,829contains similarity to Interpro domain IPR008967 ()
5F15H10.5F15H10.5n/achrV 10,418,359contains similarity to Borrelia burgdorferi Hypothetical protein BB0170.; TR:O51192
6Y40B1A.3Y40B1A.3n/achrI 13,356,226contains similarity to Interpro domains IPR006077 (Vinculin/alpha-catenin), IPR000381 (Inhibin, beta B subunit), IPR000694 (Proline-rich region)
7F46F5.16F46F5.16n/achrII 787,659
8skr-20R12H7.5n/achrX 13,223,155The skr-20 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-20(RNAi) animals are at least superficially normal.
9str-3M7.13n/achrIV 11,099,437str-3 encodes a seven transmembrane chemosensory receptor; STR-3 is expressed in the ASI chemosensory neurons; STR-3 expression in ASI is repressed in the presence of dauer pheromone at concentrations lower than that which induces dauer formation.
10srw-72F20E11.6n/achrV 17,467,788C. elegans SRW-72 protein ;
11B0261.5B0261.5n/achrI 5,250,115
12C07A4.2C07A4.2n/achrX 10,173,174contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
13C02H7.2C02H7.2n/achrX 734,085contains similarity to Pfam domains PF00001 (7 transmembrane receptor (rhodopsin family)) , PF01748 (Caenorhabditis serpentine receptor-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
14egl-38C04G2.7n/achrIV 10,108,695The egl-38 gene encodes a Pax5 homolog.
15F01D4.8F01D4.8n/achrIV 10,451,925contains similarity to Pfam domain PF00291 Pyridoxal-phosphate dependent enzyme contains similarity to Interpro domain IPR001926 (Pyridoxal phosphate-dependent enzyme, beta subunit)
16R102.3R102.3n/achrIV 10,691,049contains similarity to Broad bean wilt virus 2 210kDa protein.; TR:Q9E933
17srd-58E04F6.13n/achrII 7,204,421C. elegans SRD-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
18Y75B8A.33Y75B8A.33n/achrIII 12,364,496
19F35B3.3F35B3.3n/achrX 17,013,662
20srt-35F47D2.4n/achrV 4,263,036C. elegans SRT-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
21F11A5.13F11A5.13n/achrV 16,226,353contains similarity to Clostridium acetobutylicum MDR-type permease.; TR:Q97D15
22F47D12.6F47D12.6n/achrIII 6,286,908
23des-2T26H10.1n/achrV 11,417,794des-2 encodes an alpha subunit of nicotinic acetylcholine receptor (nAChR), predicted to be a ligand-gated ion channel regulating the fast action of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; DES-2 is coexpressed with and genetically interacts with DEG-3, which which it probably forms heteromultimers, and DES-2 falls into the 'DEG-3' class of nAChR subunits, probably unique to nematodes, which includes DEG-3, ACR-5, ACR-17, ACR-18 ACR-20, and ACR-23.
24W03B1.9W03B1.9n/achrIV 4,354,761contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
25sma-1R31.1n/achrV 11,908,070sma-1 encodes a beta-H spectrin; during embryonic morphogenesis, SMA-1 activity is required for a normal rate of elongation and thus, for a wild-type body length upon hatching; in addition, SMA-1 is required for proper morphogenesis of the pharynx and the excretory cell; sma-1 mRNA transcripts are first detected in hypodermal cells at the beginning of embryonic morphogenesis with later expression visible in the developing pharynx, intestine, and excretory cell.
26F46B3.14F46B3.14n/achrV 20,626,135contains similarity to Interpro domain IPR003645 (Follistatin-like, N-terminal)
27Y69H2.11Y69H2.11n/achrV 18,644,329contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (6), PF00858 (Amiloride-sensitive sodium channel) contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006209 (EGF-like), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
28clec-116K04H8.1n/achrI 14,251,698C. elegans CLEC-116 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
29srz-1F14F8.3n/achrV 16,676,674srz-1 encodes a predicted seven-pass G protein-coupled receptor; as loss of srz-1 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, the precise role of SRZ-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
30djr-1.2C49G7.11n/achrV 4,054,635C. elegans DJR-1.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01965 DJ-1/PfpI family contains similarity to Interpro domains IPR006287 (DJ-1), IPR002818 (ThiJ/PfpI)
31srr-5C13D9.2n/achrV 5,009,463C. elegans SRR-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domains IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species), IPR000146 (Inositol phosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase)
32ZK666.2ZK666.2n/achrII 10,471,714contains similarity to Homo sapiens ASH1; ENSEMBL:ENSP00000265206
33clec-211F19F10.6n/achrV 7,560,915C. elegans CLEC-211 protein; contains similarity to Interpro domain IPR016187 (C-type lectin fold)
34F22E5.7F22E5.7n/achrII 2,642,443
35C34B2.3C34B2.3n/achrI 10,673,805contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase)
36F46B3.9F46B3.9n/achrV 20,621,052contains similarity to Interpro domain IPR003645 (Follistatin-like, N-terminal)
37R05A10.1R05A10.1n/achrIV 14,187,493
38clec-101F15D3.2n/achrI 11,562,502C. elegans CLEC-101 protein; contains similarity to Pfam domains PF00092 (von Willebrand factor type A domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
39str-261W09D6.2n/achrIII 11,075,857C. elegans STR-261 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR011256 (Regulatory factor, effector, bacterial), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
40T02H6.6T02H6.6n/achrII 683,947
41W03F11.4W03F11.4n/achrI 2,238,497contains similarity to Pfam domains PF02206 (Domain of unknown function) , PF00102 (Protein-tyrosine phosphatase) contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
42lgc-42Y39A3B.2n/achrIII 2,000,367C. elegans LGC-42 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
43Y51A2B.4Y51A2B.4n/achrV 18,387,652contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR008262 (Lipase, active site)
44E03H12.4E03H12.4n/achrIV 4,982,952contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
45ZC196.3ZC196.3n/achrV 8,737,532contains similarity to Pfam domain PF05218 Protein of unknown function (DUF713) contains similarity to Interpro domain IPR007883 (Protein of unknown function DUF713)
46C50F7.3C50F7.3n/achrIV 7,733,257contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
47spp-12T22G5.7n/achrV 13,890,091C. elegans SPP-12 protein; contains similarity to Interpro domains IPR011001 (Saposin-like), IPR008139 (Saposin B)
48cpb-1C40H1.1n/achrIII 9,323,513cpb-1 encodes a cytoplasmic polyadenylation element binding (CPEB) protein homolog involved in two steps of spermatogenesis; two CPEB proteins have distinct functions in spermatogenesis, with FOG-1 specifying sperm cell fate, and CPB-1 conversely executing that decision, being required for progression through meiosis; cpb-1(RNAi) spermatocytes fail to undergo meiotic cell divisions; CPB-1 protein is present in the germ line just prior to overt spermatogenesis, but once sperm differentiation begins, CPB-1 disappears; CPB-1 physically interacts with EBF, which, like CPEB, regulates genes by binding the 3' UTRs of mRNAs; while CPB-1 is required for spermatogenesis, it is dispensable for oogenesis; this is in contrast to CPEBs in vertebrates (Xenopus), arthropods (Drosophila), and molluscs (Spisula), which all participate in oogenesis.
49Y42A5A.3Y42A5A.3n/achrV 11,095,685contains similarity to Bacillus subtilis Hypothetical protein yhen.; TR:O07596
50W03D8.1W03D8.1n/achrI 2,789,083contains similarity to Cryptosporidium hominis Putative uncharacterized protein.; TR:Q5CFZ6