UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F23C8.6F23C8.61.9999999999999998e-100chrI 2,421,287contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3chs-2F48A11.1n/achrII 207,689chs-2 encodes a putative chitin synthase, paralogous to CHS-1; CHS-2 is required for synthesis of chitin lining the inner pharyngeal surface (primarily in the buccal cavity and grinder), while CHS-1 is dispensable for pharyngeal chitin; CHS-2 is also required for normal pharyngeal shape and function, and for larval viability; chs-2(RNAi) animals have abnormally large, misshapen grinders, and arrest as early larvae; chs-2 is expressed by the glandular pharyngeal g1 and g2 cells, and by m3 and m4 myoepithelial cells; chs-2 is transcribed in short periods before each larval molt; the pharyngeal expression of chs-2 parallels gna-1; CHS-2 is predicted to be in the plasma membrane rather than the Golgi apparatus.
4rab-6.2T25G12.4n/achrX 17,223,409rab-6.2 encodes a small, monomeric Rab GTPase that is most closely related to the Drosophila and mammalian Rab6 GTPases; by homology, RAB-6.2 is predicted to function in the regulation of intracellular membrane trafficking; RNAi experiments indicate that rab-6.2 is required redundantly with rab-6.1 for normal embryonic development and reproduction.
5F52G3.1F52G3.1n/achrX 16,968,223contains similarity to Pfam domain PF07001 BAT2 N-terminus contains similarity to Interpro domains IPR009738 (BAT2, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region)
6K12H4.4K12H4.4n/achrIII 8,045,336contains similarity to Pfam domain PF04573 Signal peptidase subunit contains similarity to Interpro domain IPR007653 (Signal peptidase 22 kDa subunit)
7D2045.9D2045.9n/achrIII 10,477,763contains similarity to Pfam domain PF01755 Glycosyltransferase family 25 (LPS biosynthesis protein) contains similarity to Interpro domains IPR002654 (Glycosyl transferase, family 25), IPR000886 (Endoplasmic reticulum, targeting sequence)
8phat-2C46H11.9n/achrI 5,047,210C. elegans PHAT-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
9C14B9.3C14B9.3n/achrIII 8,109,908
10ZC250.3ZC250.3n/achrV 5,796,478contains similarity to Pfam domain PF04142 Nucleotide-sugar transporter contains similarity to Interpro domains IPR004689 (UDP-galactose transporter), IPR007271 (Nucleotide-sugar transporter)
11pqn-26DY3.5n/achrI 8,774,608The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
12M04F3.4M04F3.4n/achrI 4,772,433contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR008080 (Parvalbumin), IPR003299 (Flagellar calcium-binding protein (calflagin))
13tag-304F53E2.1n/achrV 1,469,424C. elegans TAG-304 protein; contains similarity to Pfam domain PF08513 LisH contains similarity to Interpro domains IPR006594 (LisH dimerisation motif), IPR013144 (CT11-RanBPM), IPR013720 (LisH dimerisation motif, subgroup), IPR006595 (CTLH, C-terminal to LisH motif)
14K10H10.1K10H10.1n/achrII 14,491,241contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
15unc-108F53F10.4n/achrI 3,825,732unc-108 encodes a small GTPase homologous to the Rab GTPases that function in endocytosis, membrane fusion, and vesicular trafficking events.
16clec-151F10F2.7n/achrIII 4,629,753C. elegans CLEC-151 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
17R07B1.5R07B1.5n/achrX 9,865,660contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
18lrx-1T04H1.6n/achrV 12,253,997lrx-1 encodes a protein that contains four class A low-density lipoprotein receptor domains.
19sgn-1F07H5.2n/achrII 8,782,783C. elegans SGN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04790 Sarcoglycan complex subunit protein contains similarity to Interpro domain IPR006875 (Sarcoglycan complex subunit protein)
20pat-4C29F9.7n/achrIII 92,134The pat-4 gene encodes a serine/threonine kinase orthologous to human integrin-linked kinase (ILK, OMIM:602366) and is required for formation of integrin-mediated muscle cell attachments during embryogenesis; PAT-4 probably functions as an adaptor molecule and localizes to dense bodies and M lines; PAT-4 forms a ternary complex with PAT-6/actopaxin and UNC-112, and requires UNC-112, UNC-52/perlecan, PAT-2/alpha integrin, and PAT-3/beta integrin for proper localization to newly forming integrin adhesion complexes.
21srw-67F18E3.2n/achrV 7,418,725C. elegans SRW-67 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
22aha-1C25A1.11n/achrI 10,195,452aha-1 encodes an ortholog of human aryl-hydrocarbon receptor nuclear translocator; interacts with AHR-1 and HIF-1 in vitro, requires HIF-1 for proper localization, and is expressed ubiquitously.
23T07F8.2T07F8.2n/achrII 7,145,876contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
24lam-1W03F8.5n/achrIV 5,176,291lam-1 encodes a laminin beta that affects degenerin-induced cell death and is required redundantly with lam-2 for morphogenesis.
25F08G12.1F08G12.1n/achrX 11,303,901contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
26pxd-1C36E8.3n/achrIII 4,008,029C. elegans PXD-1 protein ; contains similarity to Aedes aegypti Tumor endothelial marker 7.; TR:Q16R67
27BE10.2BE10.2n/achrIII 12,795,671contains similarity to Homo sapiens Transmembrane protein 195; ENSEMBL:ENSP00000341662
28K10C9.3K10C9.3n/achrV 1,064,729contains similarity to Pfam domain PF00445 Ribonuclease T2 family contains similarity to Interpro domain IPR001568 (Ribonuclease T2)
29F42H10.3F42H10.3n/achrIII 8,486,094contains similarity to Pfam domains PF07653 (Variant SH3 domain) , PF00018 (SH3 domain) , PF00880 (Nebulin repeat) (2), PF00412 (LIM domain) contains similarity to Interpro domains IPR000900 (Nebulin 35 residue motif), IPR013998 (Nebulin), IPR001452 (Src homology-3), IPR000108 (Neutrophil cytosol factor 2), IPR011511 (Variant SH3), IPR001781 (Zinc finger, LIM-type)
30skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
31Y41E3.8Y41E3.8n/achrIV 15,028,708contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1; ENSEMBL:ENSP00000226796
32T26A8.2T26A8.2n/achrIV 8,427,897contains similarity to Homo sapiens UPF0513 membrane protein; ENSEMBL:ENSP00000258173
33C18E3.3C18E3.3n/achrI 4,205,990contains similarity to Staphylococcus saprophyticus subsp saprophyticus Uro-adherence factor A precursor.; SW:Q4A0V8
34dgn-1T21B6.1n/achrX 10,922,297C. elegans DGN-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR015919 (Cadherin-like), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR006644 (Dystroglycan-type cadherin-like), IPR003992 (Pertactin virulence factor, N-terminal)
35C30G12.4C30G12.4n/achrII 7,262,590contains similarity to Pfam domain PF02795 Domain of unknown function (DUF225) contains similarity to Interpro domain IPR004024 (Protein of unknown function DUF225)
36T01D3.1T01D3.1n/achrV 13,691,269contains similarity to Pfam domain PF00008 (EGF-like domain)
37ife-4C05D9.5n/achrX 1,105,125The ife-4 gene encodes a member of the Initiation Factor 4E (eIF4E) family.
38ugt-57F01E11.1n/achrX 6,992,905C. elegans UGT-57 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
39F16H11.1F16H11.1n/achrX 4,670,622contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
40dpy-26C25G4.5n/achrIV 12,448,610dpy-26 encodes a novel, acidic protein that is highly conserved in other Caenorhabditis species; during development, dpy-26 activity is required for both dosage compensation and meiotic chromosome segregation; DPY-26 localizes to all meiotic chromosomes in the germline and to the hermaphrodite X chromosomes in somatic cells; SDC-1, SDC-2, and SDC-3 proteins form a complex and these three proteins, in turn, colocalize with DPY-26, DPY-27, and MIX-1 proteins both on the X chromosome and on a transgenic her-1(+) array.
41pqn-67T16G1.1n/achrV 12,926,198The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
42W08F4.7W08F4.7n/achrII 576,333
43Y69H2.7Y69H2.7n/achrV 18,693,003contains similarity to Saccharomyces cerevisiae appears to control expression of spliceosome components PRP4 and PRP3; SGD:YDR464W
44nhr-15F33E11.1n/achrV 321,993nhr-15 is predicted to encode a member of the nuclear hormone receptor family.
45D1007.15D1007.15n/achrI 4,560,680contains similarity to Mus musculus Uncharacterized protein KIAA0195.; SW:Q7TSH8
46T01B6.1T01B6.1n/achrX 2,342,147n/a
47uig-1F32F2.1n/achrV 13,278,769C. elegans UIG-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00621 RhoGEF domain contains similarity to Interpro domains IPR000219 (Dbl homology (DH) domain), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR001331 (Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site)
48C34E7.4C34E7.4n/achrX 12,933,527contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
49dgn-2F56C3.6n/achrX 1,366,491C. elegans DGN-2 protein ;
50C36A4.10C36A4.10n/achrIII 3,830,011