UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F14F9.3F14F9.30chrV 5,139,826contains similarity to Interpro domain IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
2age-1B0334.8n/achrII 11,523,196age-1 encodes the C. elegans ortholog of the phosphoinositide 3-kinase (PI3K) p110 catalytic subunit; AGE-1, supplied maternally and embryonically, is a central component of the C. elegans insulin-like signaling pathway, lying downstream of the DAF-2/insulin receptor and upstream of both the PDK-1 and AKT-1/AKT-2 kinases and the DAF-16 forkhead type transcription factor, whose negative regulation is the key output of the insulin signaling pathway; in accordance with its role in insulin signaling, AGE-1 activity is required for regulation of metabolism, life span, dauer formation, stress resistance, salt chemotaxis learning, fertility, and embryonic development; although the age-1 expression pattern has not yet been reported, ectopic expression studies indicate that pan-neuronal age-1 expression is sufficient to rescue life-span defects, while neuronal, intestinal, or muscle expression can partially rescue dauer formation, and neuronal or muscle expression can rescue metabolic defects.
3fbxa-89Y75B8A.21n/achrIII 12,237,580This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
4srw-69F18E3.5n/achrV 7,428,134C. elegans SRW-69 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
5F20C5.5F20C5.5n/achrIV 8,768,884contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
6pqn-11C09G1.1n/achrX 15,969,125PQN-11 encodes an unfamiliar protein with a glutamine/asparagine-rich domain that is dispensable for viability and gross morphology.
7srx-93F59B1.3n/achrV 3,620,070C. elegans SRX-93 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB)
8srg-22Y25C1A.10n/achrII 3,092,472C. elegans SRG-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
9F56H6.3F56H6.3n/achrI 12,289,861
10srg-2C18F10.5n/achrIII 6,259,346srg-2 encodes a predicted seven transmembrane domain G protein-coupled chemosensory receptor; an SRG-2::GFP fusion protein is expressed exclusively in the cilia of ASK sensory neurons, which are believed to be involved in chemotaxis to lysine and sensory regulation of egg laying; localization of SRG-2 to ASK cilia does not appear to depend upon wild-type activity of either odr-4 or odr-8.
11T26E4.1T26E4.1n/achrV 15,780,361contains similarity to Pfam domain PF01030 (Receptor L domain)
12dbl-1T25F10.2n/achrV 6,759,095dbl-1 encodes a member of the transforming growth factor beta (TGFbeta) superfamily that includes Drosophila decapentaplegic (Dpp) and the vertebrate bone morphogenetic proteins (BMPs); DBL-1 functions as a dose-dependent ligand for the SMA-6 and DAF-4 TGFbeta receptors that ultimately activate the SMA-2, -3, and -4 complex of transcription factors to regulate body length and size, as well as the patterning of male sensory rays and copulatory spicules; DBL-1 signaling upregulates sma-6 expression, suggesting that there is positive autoregulation in the DBL-1 signaling pathway; in contrast, DBL-1 negatively regulates expression of LON-1, a predicted secreted protein that is a downstream component of the body size pathway; DBL-1 is expressed primarily in neurons.
13F55E10.1F55E10.1n/achrX 8,342,071
14str-18T23D5.6n/achrV 15,741,213C. elegans STR-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
16srt-61T27C10.1n/achrI 10,905,441C. elegans SRT-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
17ZK177.9ZK177.9n/achrII 5,517,477
18T25G12.2T25G12.2n/achrX 17,245,951The T25G12.2 gene encodes a homolog of the human gene HSD, which when mutated leads to cortisol 11-beta ketoreductase deficiency (OMIM:218030); T25G12.2 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
19srj-21F28H7.11n/achrV 10,745,530C. elegans SRJ-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20F48G7.4F48G7.4n/achrV 620,860
21tax-2F36F2.5n/achrI 9,023,241tax-2 is orthologous to the human gene ROD PHOTORECEPTOR CNG-CHANNEL BETA SUBUNIT (CNGB1; OMIM:600724), which when mutated leads to disease.
22ZC412.8ZC412.8n/achrV 14,879,632contains similarity to Plasmodium cynomolgi Circumsporozoite protein precursor (CS).; SW:P08675
23cyp-34A1T10H4.10n/achrV 15,286,741C. elegans CYP-34A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
24C01F6.1C01F6.1n/achrIV 9,098,665C01F6.1 encodes a putative calcium-dependent phospholipid binding protein of the copine family; C01F6.1 is required for sperm to normally migrate towards a PUFA-based signal exuded by oocytes; C01F6.1(RNAi) hermaphrodites are infertile, both through aberrant loss of their own sperm and through failure of males to effectively inseminate them.
25C15C6.3C15C6.3n/achrI 12,209,642contains similarity to Interpro domains IPR006077 (Vinculin/alpha-catenin), IPR000694 (Proline-rich region)
26C50F4.14C50F4.14n/achrV 9,548,707The C50F4.14 gene encodes a putative GDP-fucose transporter orthologous to the human GDP-FUCOSE TRANSPORTER 1 gene (LAD II; OMIM:605881), which when mutated leads to congenital disorder of glycosylation, type IIc.
27nhr-185F47C10.1n/achrV 3,845,862C. elegans NHR-185 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000306 (Zinc finger, FYVE-type), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
28F13G3.10F13G3.10n/achrI 7,313,972contains similarity to Interpro domain IPR010989 (t-SNARE)
29K03H6.4K03H6.4n/achrIV 1,519,644
30nhr-111F44G3.9n/achrV 16,123,891nhr-111 encodes a member of the nuclear receptor superfamily; by homology, NHR-111 is predicted to function as a ligand-dependent transcriptional regulator, but as loss of nhr-111 activity via large-scale RNAi screens does not result in any abnormalities, the precise role of NHR-111 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; an nhr-111 reporter construct is expressed in embryos and early larvae in a pair of neurons in the ventral ganglion of the head and in two cells that may be the somatic gonad precursors.
31srw-55T05G11.6n/achrV 15,939,538C. elegans SRW-55 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300)
32taf-9T12D8.7n/achrIII 13,624,992C. elegans TAF-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF02291 Transcription initiation factor IID, 31kD subunit contains similarity to Interpro domains IPR003162 (Transcription factor TAFII-31), IPR009072 (Histone-fold)
33F59D12.3F59D12.3n/achrX 15,649,663contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
34F10D2.8F10D2.8n/achrV 7,150,438contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
35acr-9C40C9.2n/achrX 13,644,544acr-9 encodes a predicted member of the alpha subunit family of nicotinic acetylcholine receptors.
36ZK721.3ZK721.3n/achrX 8,785,606
37str-19T23D5.7n/achrV 15,743,832C. elegans STR-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
38C08B11.3C08B11.3n/achrII 8,025,126contains similarity to Pfam domain PF01388 ARID/BRIGHT DNA binding domain contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR016024 (Armadillo-type fold), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type), IPR001606 (AT-rich interaction region)
39D1065.1D1065.1n/achrV 4,075,636contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
40F15E6.5F15E6.5n/achrIV 4,289,807contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
41srj-10F14H3.1n/achrV 16,073,333C. elegans SRJ-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
42T27A10.5T27A10.5n/achrX 3,573,294
43M03F8.5M03F8.5n/achrV 5,935,209contains similarity to Pfam domain PF02995 Protein of unknown function (DUF229) contains similarity to Interpro domain IPR004245 (Protein of unknown function DUF229)
44srx-7C14C6.1n/achrV 561,828C. elegans SRX-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
45Y62H9A.3Y62H9A.3n/achrX 11,879,462contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin)
46ZC477.4ZC477.4n/achrIV 7,098,647
47xnp-1B0041.7n/achrI 4,668,742xnp-1 encodes an ATP-dependent DNA helicase of the SNF2 family that is orthologous to human XNP/ATR-X, which is associated with a number of X-linked mental retardation syndromes; in C. elegans, xnp-1 activity is required at high temperatures for embryogenesis, somatic gonad development, fertility, and vulval morphogenesis; in addition, animals doubly mutant for xnp-1 and lin-35/Rb, hpl-2/HP1, or nucleosome remodelling and histone deacetylase (NuRD) complex members such as lin-53 and let-418, display larval arrest with growth cessation but continued cell proliferation; xnp-1 is also required, with lin-35/Rb and hpl-2/HP1, for proper regulation of transgene expression; xnp-1 mRNA, detectable in embryos and the germline by in situ hybridization, is expressed at highest levels in embryos with decreasing levels seen in successive larval stages; xnp-1 transcriptional reporter fusions exhibit strong expression beginning at mid-embryogenesis but fading by embryonic morphogenesis; at hatching, expression is observed in all dividing cells including the P lineage, and at later larval stages expression is observed in the vulval precursor cells.
48F40G12.4F40G12.4n/achrV 14,268,178contains similarity to Pfam domain PF03236 Domain of unknown function DUF263 contains similarity to Interpro domain IPR004920 (Protein of unknown function DUF263)
49bath-13F40B1.1n/achrII 2,521,505C. elegans BATH-13 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
50srx-112T24E12.8n/achrII 3,764,010C. elegans SRX-112 protein ;