UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1col-73F11G11.122e-72chrII 4,872,607C. elegans COL-73 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
2Y57G11C.31Y57G11C.31n/achrIV 14,685,186contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4F13A2.6F13A2.6n/achrV 4,403,625contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
5F44D12.1F44D12.1n/achrIV 10,012,047contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domains IPR008144 (Guanylate kinase), IPR008145 (Guanylate kinase/L-type calcium channel region), IPR001452 (Src homology-3), IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
6tag-123F08F1.7n/achrX 8,420,290C. elegans TAG-123 protein; contains similarity to Pfam domain PF02990 Endomembrane protein 70 contains similarity to Interpro domains IPR008075 (Lipocalin-1 receptor), IPR004240 (Nonaspanin (TM9SF))
7R09D1.8R09D1.8n/achrII 9,460,970contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
8T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
9F41E6.12F41E6.12n/achrV 8,627,981
10clec-21T07H3.4n/achrII 1,583,563C. elegans CLEC-21 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
11K02F3.8K02F3.8n/achrIII 838,968
12F57B10.5F57B10.5n/achrI 6,563,176contains similarity to Pfam domain PF01105 emp24/gp25L/p24 family/GOLD contains similarity to Interpro domains IPR009038 (GOLD), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
13math-21C40D2.3n/achrII 1,994,852C. elegans MATH-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
14K05C4.8K05C4.8n/achrI 14,732,974contains similarity to Dictyostelium discoideum Sterol glucosyltransferase (EC 2.4.1.173).; TR:Q9XYD4
15T15D6.4T15D6.4n/achrI 12,375,417contains similarity to Aedes aegypti N-acetyllactosaminide beta-1,3-n-acetylglucosaminyltransferase.; TR:Q175J5
16F14E5.1F14E5.1n/achrII 8,418,639contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
17C54F6.3C54F6.3n/achrV 7,534,164contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
18unc-50T07A5.2n/achrIII 10,316,260unc-50 encodes an integral membrane protein orthologous to the Saccharomyces cerevisiae Golgi component Gmh1p; UNC-50 is required for regulating subtype-specific nicotinic receptor trafficking to the cell surface and thus, for normal synaptic transmission at the neuromuscular junction; UNC-50 is ubiquitously expressed from early embryogenesis to adulthood and localizes to the Golgi.
19F52H2.7F52H2.7n/achrX 2,569,600contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR001565 (Synaptotagmin), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
20cul-5ZK856.1n/achrV 10,181,305cul-5 encodes a cullin, orthologous to vasopressin-activated calcium-mobilizing receptor-1 in mammals, that is thought to regulate the cell cycle by virtue of its paralogy to cul-1 and cul-2; however, CUL-5 is dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens, and does not appear to interact with any of 17 Skp1-related proteins (SKR-1 through SKR-21).
21C32E8.11C32E8.11n/achrI 3,812,136contains similarity to Pfam domains PF02617 (ATP-dependent Clp protease adaptor protein ClpS) , PF02207 (Putative zinc finger in N-recognin (UBR box)) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013993 (Zinc finger, N-recognin, metazoa), IPR014719 (Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like), IPR003126 (Zinc finger, N-recognin), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR003769 (Adaptor protein ClpS, core)
22gcy-3R134.1n/achrII 9,504,941gcy-3 is predicted to encode a guanylate cyclase.
23pkc-1F57F5.5n/achrV 12,019,252pkc-1 encodes a serine/threonine protein kinase that is orthologous to mammalian protein kinase C epsilon (PRKCE), a member of the nPKC subgroup of the protein kinase C superfamily; together with UNC-13, PKC-1 may act downstream of goa-1 to modulate phorbol ester-induced stimulation of acetylcholine release at NMJs; PKC-1 positively regulates locomotion, and affects thermotaxis and chemotaxis together with kin-11; PKC-1 is required for regulating several behaviors including sensation of volatile and soluble compounds, osmolarity, and temperature (thermosensation); PKC-1 is also required for phorbolester-induced stimulation of acetylcholine release at neuromuscular junctions; PKC-1 localizes to the processes and cell bodies of approximately 75 sensory neurons and interneurons, and pkc-1 mRNA is detectable at varying levels during larval and adult stages.
24cyp-13A12F14F7.3n/achrIII 13,026,202C. elegans CYP-13A12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
25F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
26C03F11.2C03F11.2n/achrX 5,395,712contains similarity to Pfam domain PF00753 Metallo-beta-lactamase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR001279 (Beta-lactamase-like)
27ltd-1K02C4.4n/achrII 8,090,520ltd-1 encodes a protein with LIM and transglutaminase domains; LTD-1 is homologous to the mouse KY protein (MGI:96709, mutated in kyphoscoliosis), and to the HILLARIN protein of Hirudo medicinalis, found at axon hillocks; ltd-1 is expressed in hypodermal cells from the twofold stage embryo to adulthood, but has no obvious function in mass RNAi assays.
28nhr-226T27B7.3n/achrV 2,295,897C. elegans NHR-226 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR000083 (Fibronectin, type I), IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
29F53B3.2F53B3.2n/achrX 2,860,247contains similarity to Pfam domain PF01596 O-methyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002935 (O-methyltransferase, family 3)
30atp-4T05H4.12n/achrV 6,426,736C. elegans ATP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF05511 Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6 contains similarity to Interpro domain IPR008387 (ATPase, F0 complex, subunit F6, mitochondrial)
31B0399.2B0399.2n/achrV 19,551,938contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
32R06B9.4R06B9.4n/achrII 13,754,197contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
33R07C12.2R07C12.2n/achrIV 4,149,092
34ZK1225.1ZK1225.1n/achrI 13,206,699contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
35F02E9.1F02E9.1n/achrI 8,407,250F02E9.1 encodes a divergent ortholog of S. cerevisiae VMA22; like VMA22, F02E9.1 may be required for vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase) assembly in the endoplasmic reticulum.
36bli-5F45G2.5n/achrIII 13,428,598bli-5 encodes a protease inhibitor that affects the integrity of the cuticle and the development of the bursa in the adult male.
37C07D8.2C07D8.2n/achrX 7,362,559contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
38srw-136K12D9.10n/achrV 3,009,736C. elegans SRW-136 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
39T21H8.5T21H8.5n/achrX 13,878,684contains similarity to Interpro domain IPR000515 (Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component)
40hum-6T10H10.1n/achrX 2,309,009hum-6 is orthologous to the human gene MYOSIN VIIA (MYO7A; OMIM:276903), which when mutated leads to Usher syndrome type IB.
41klp-8C15C7.2n/achrX 3,162,174klp-8 encodes an atypical kinesin-like motor protein with the motor domain in the N-terminus; the motor domain of KLP-8 exhibits poor homology to the globular motor domain of the kinesin heavy chain.
42F54B11.11F54B11.11n/achrX 13,580,176contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
43C49A9.6C49A9.6n/achrIV 6,212,029contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
44rog-1F54D12.6n/achrII 1,374,343rog-1 encodes a protein with an insulin receptor substrate-1 (IRS-type) phosphotyrosine-binding (PTB) domain that is required for the progression from pachytene to diakinesis in meiosis; rog-1 is primarily transcribed in germ cells, and this expression is required for oocyte development; ROG-1 is orthologous to human FRS2 (OMIM:607743) and FRS3 (OMIM:607744); rog-1(tm1031) mutant oocytes fail to progress from pachytene to diakinesis, a phenotype reminiscent of let-60 or mpk-1 mutant oocytes, and rog-1(tm1031) gonads lack phosphorylated MPK-1; rog-1(tm1031) and rog-1(RNAi) hermaphrodites show reduced brood sizes and increased embryonic lethality, with rog-1(tm1031) being more phenotypically severe than rog-1(RNAi); rog-1(tm1031) germ cell, brood size, and MPK-1 phosphorylation phenotypes are suppressed by the gain-of-function mutations let-60(n1046) or let-60(ga89ts); during meiosis, ROG-1 may function as an adaptor downstream of LET-23 and upstream of LET-60.
45F12F6.1F12F6.1n/achrIV 11,586,743contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Putative glycosidase of the cell wall, may have a role in cell wall architecture; SGD:YGR189C
46F21G4.3F21G4.3n/achrX 9,896,105contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
47nas-1F45G2.1n/achrIII 13,407,525nas-1 encodes an astacin-like metalloprotease.
48C34F6.10C34F6.10n/achrX 11,233,244contains similarity to Pfam domain PF00041 Fibronectin type III domain contains similarity to Interpro domains IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR000694 (Proline-rich region)
49Y18D10A.9Y18D10A.9n/achrI 12,855,664contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
50C39H7.4C39H7.4n/achrIV 5,613,304