UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1col-186E03G2.41.0000000000000001e-112chrX 15,953,342C. elegans COL-186 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3T07D3.4T07D3.4n/achrII 889,513T07D3.4 is orthologous to the human gene FUKUTIN (FCMD; OMIM:253800), which when mutated leads to disease.
4F58F9.4F58F9.4n/achrIV 6,231,716contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
5sid-2ZK520.2n/achrIII 13,680,827sid-2 encodes a novel, single-pass transmembrane protein; SID-2 is required for environmental-mediated (i.e. ingestion or soaking) RNA interference (RNAi); SID-2::GFP is expressed strongly in the intestine where it localizes to the apical (lumenal) membrane; SID-2::GFP is also expressed at much lower levels in the excretory duct cells; when expressed in Caenorhabditis briggsae, a related nematode species deficient for environmental RNAi, SID-2 is able to confer environmental RNAi.
6R05D7.4R05D7.4n/achrI 12,182,156contains similarity to Pfam domains PF07819 (PGAP1-like protein) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR012908 (PGAP1-like), IPR000639 (Epoxide hydrolase-like), IPR008262 (Lipase, active site), IPR003089 (Alpha/beta hydrolase)
7dhs-4T05F1.10n/achrI 9,648,395dhs-4 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
8K03H6.1K03H6.1n/achrIV 1,525,035contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
9K08B12.3K08B12.3n/achrV 6,236,378contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006355 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA, hypothetical 2), IPR006357 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
10hsp-16.48T27E4.3n/achrV 9,088,350hsp-16.48 encodes a 16-kD heat shock protein (HSP) that is a member of the hsp16/hsp20/alphaB-crystallin (HSP16) family of heat shock proteins; an hsp-16.48 reporter fusion, expressed broadly but most strongly in body muscle and hypodermis, is induced solely in response to heat shock or other environmental stresses; expression is detectable in somatic tissues in post-gastrulation embryos, all larval stages, and in adults; HSP-16.48 is likely to function as a passive ligand temporarily preventing unfolded proteins from aggregating.
11srh-261K03D7.4n/achrV 17,498,163C. elegans SRH-261 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
12T07C12.11T07C12.11n/achrV 9,961,427contains similarity to Interpro domain IPR006578 (MADF)
13F13D2.4F13D2.4n/achrX 11,188,488contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of CD109 antigen precursor; HI:HIT000020743
14nep-2T05A8.4n/achrII 2,721,578T05A8.4 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; while T05A8.4 is an ortholog of mammalian neutral endopeptidase (NEP), expressed on the brush-border membranes of kidney; more generally, T05A8.4 falls into a group of proteins that includes the classical neprilysins found in mammals (e.g., PEX [OMIM:307800] and the enkephalin cleaving enzymes).
15tag-96M01D7.4n/achrI 1,847,837tag-96 encodes a galactokinase that is a member of the GHMP family of kinases and closely related to the vertebrate galactokinase 2 (GALK2) carbohydrate kinases.
16F42G9.4F42G9.4n/achrIII 761,894
17F07A11.4F07A11.4n/achrII 11,607,658contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF01753 (MYND finger) contains similarity to Interpro domains IPR002893 (Zinc finger, MYND-type), IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2), IPR000694 (Proline-rich region)
18F21F8.6F21F8.6n/achrV 8,266,564
19F55A4.2F55A4.2n/achrX 1,015,147
20W05B5.2W05B5.2n/achrI 13,052,842contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002286 (P2 purinoceptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
21rgs-6C41G11.3n/achrX 5,724,513rgs-6 encodes a regulator of G protein signaling; by homology, RGS-6 is predicted to function as a GTPase-activating protein that binds G protein alpha subunits and negatively regulates heterotrimeric G protein signaling; loss of rgs-6 activity via RNAi or a deletion mutation results in no obvious defects, and likewise, rgs-6 overexpression has no measurable effect on egg-laying behavior, locomotion, or viability; the rgs-6 expression pattern has not yet been reported.
22srsx-35F53F8.2n/achrV 20,677,605C. elegans SRSX-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR013305 (ABC transporter, ABCB2), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
23fozi-1K01B6.1n/achrIII 9,291,244fozi-1 encodes an unusual zinc-finger protein that has two C2H2 zinc-finger motifs that probably mediate transcriptional regulation along with a glutamine-rich region and a vestigial formin homology 2 (FH2) domain that has lost its ability to polymerize actin but retained its ability to dimerize; during postembryonic development, FOZI-1 acts with MAB-5 and redundantly with HLH-1/CeMyoD to autonomously specify coelomocyte and striated body wall muscle fates; in addition, fozi-1 is required for the fully asymmetrical phenotypic distinction of ASER cells from ASEL cells; fozi-1 mutant animals variably express flp-4, gcy-6, gcy-7 and lim-6, genes normally restricted to ASEL, in ASER as well, while maintaining expression of ASER-specific genes; ectopic FOZI-1 expression in ASEL can suppress lim-6 expression; fozi-1 genetically interacts with several regulatory proteins and miRNAs; FOZI-1 is a nuclear protein that is expressed in neuronal lineages beginning at the 2-fold stage of embryogenesis, and then in neurons and cells derived from the M mesoblast during larval development; expression in the M lineage corresponds to cells that will generate coelomocytes and body wall muscles and is not seen in the sex myoblasts (SMs); FOZI-1 expression in the M lineage requires the Hox co-factor CEH-20.
24Y37H9A.3Y37H9A.3n/achrI 13,785,519contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR006608 (Protein of unknown function DM14), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
25R07A4.3R07A4.3n/achrX 10,756,469contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
26C33C12.8C33C12.8n/achrII 2,184,467contains similarity to Pfam domain PF02055 O-Glycosyl hydrolase family 30 contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001139 (Glycoside hydrolase, family 30), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
27cdh-10C45G7.5n/achrIV 2,449,940cdh-10 encodes a member of the cadherin superfamily.
28T03D8.2T03D8.2n/achrV 20,833,812contains similarity to Pfam domain PF00164 Ribosomal protein S12 contains similarity to Interpro domains IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR006032 (Ribosomal protein S12/S23), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR005679 (Ribosomal protein S12, bacterial-type)
29nit-1ZK1058.6n/achrIII 3,923,096C. elegans NIT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00795 Carbon-nitrogen hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR003010 (Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase), IPR000132 (Nitrilase/cyanide hydratase, conserved site)
30ZC190.5ZC190.5n/achrV 8,672,433
31D2023.3D2023.3n/achrV 11,804,015contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
32dcs-1Y113G7A.9n/achrV 20,084,683dcs-1 encodes a scavenger mRNA decapping enzyme; dcs-1 exhibits hydrolase activity in vitro, with specificity for 7meGMP in its primary nucleoside monophosphate binding site; dcs-1 is the upstream gene in an operon with fre-1, which encodes an NADPH-dependent flavin reductase; reporter fusions using dcs-1 upstream sequence direct expression throughout the life cycle in neurons and pharyngeal muscle; expression is present in dauer larvae and enhanced by heat shock.
33ugt-42F31F4.7n/achrV 648,465C. elegans UGT-42 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
34F25F6.1F25F6.1n/achrX 4,445,262
35arf-6Y116A8C.12n/achrIV 16,948,252arf-6 encodes a small GTP-binding protein of the ADP-ribosylation factor (ARF) family that is orthologous to vertebrate ARF6; by homology, ARF-6 is predicted to function as a GTPase that regulates receptor-mediated endocytosis, and in C. elegans, ARF-6 is strongly expressed in the coelomocytes (highly endocytic cells located in the pseudocoelom) where it colocalizes in the cytoplasm and to a lesser degree at the plasma membrane with RME-1, a novel EH domain protein, and the myotubularins MTM-6 and MTM-9; loss of arf-6 activity via RNAi does not result in any obvious abnormalities.
36F40F4.7F40F4.7n/achrX 3,244,931contains similarity to Pfam domain PF00583 Acetyltransferase (GNAT) family contains similarity to Interpro domains IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
37jph-1T22C1.7n/achrI 7,948,882jph-1 encodes a junctophilin, a protein that belongs to a transmembrane family of proteins implicated in the formation of the junctional membrane complex that forms between the plasma membrane and the endoplasmic reticulum in excitable cells; this complex facilitates cross-talk between the cell surface and intracellular ionic channels; RNA interference of jph-1 results in a locomotion defect suggesting impaired body-wall muscle function; a jph-1 promoter-gfp fusion reporter is expressed in all muscle cells and certain neurons of the nerve ring.
38C45G7.4C45G7.4n/achrIV 2,434,709contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
39T21D12.12T21D12.12n/achrIV 267,384contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
40sri-10C54E10.4n/achrV 18,805,260C. elegans SRI-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR016040 (NAD(P)-binding)
41F13E6.4F13E6.4n/achrX 10,693,437contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR002349 (WW), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
42T20B6.3T20B6.3n/achrIII 2,899,911contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR000817 (Prion protein), IPR008119 (Dense granule Gra6 protein)
43adm-2C04A11.4n/achrX 13,691,794adm-2 encodes a protein containing a snake venom disintegrin-domain and a metalloprotease-like domain (i.e., a protein of the ADAM family); like ADM-1, ADM-2 is homologous to a mammalian sperm glycoprotein (PH-30/fertilin) implicated in sperm-egg fusion, and ADM-2 might thus be a fusogenic protein mediating the merging of plasma membranes during development.
44srt-2Y45G12C.5n/achrV 2,545,033C. elegans SRT-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
45srd-66Y39A3B.4n/achrIII 1,981,723C. elegans SRD-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46C25G4.10C25G4.10n/achrIV 12,472,778contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) , PF01682 (DB module) (3), PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) , PF00041 (Fibronectin type III domain) (4)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR002602 (Protein of unknown function DB), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
47cyp-43A1E03E2.1n/achrX 5,716,005C. elegans CYP-43A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
48E04F6.4E04F6.4n/achrII 7,190,903contains similarity to Pfam domains PF08371 (Phospholipase D/viral envelope) , PF00614 (Phospholipase D Active site motif) (2)contains similarity to Interpro domains IPR013582 (Phospholipase D/viral envelope), IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase)
49R13A5.10R13A5.10n/achrIII 7,582,468contains similarity to Pfam domain PF00383 Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region contains similarity to Interpro domains IPR002125 (CMP/dCMP deaminase, zinc-binding), IPR016193 (Cytidine deaminase-like)
50C44B12.3C44B12.3n/achrIV 1,105,091