UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C46C11.3C46C11.33e-140chrX 4,630,409
2fbxb-100Y63D3A.2n/achrI 14,093,529This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
3nlp-17Y45F10A.5n/achrIV 13,505,484C. elegans NLP-17 protein ;
4set-6C49F5.2n/achrX 11,972,276set-6 encodes a putative histone H3 lysine-9 methyltransferase; SET-6 has no non-nematode orthologs, but several paralogs (SET-13, SET-15, SET-19, SET-20, SET-21, and SET-32); neither set-6(tm1611) nor set-6(RNAi) have any obvious phenotypes.
5F54E4.3F54E4.3n/achrX 14,634,171contains similarity to Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus ORF MSV230 hypothetical protein.; TR:Q9YVL2
6ZC518.4ZC518.4n/achrIV 12,367,373contains similarity to Neurospora crassa Hypothetical protein B8B8.120.; TR:Q872S5
7F49E8.6F49E8.6n/achrIV 7,553,994contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
8T21B4.3T21B4.3n/achrII 12,495,897contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
9cyp-34A2T10H4.11n/achrV 15,290,031C. elegans CYP-34A2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
10bbs-2F20D12.3n/achrIV 7,935,876bbs-2 is orthologous to human BBS2 (OMIM:606151, mutated in Bardet-Biedl syndrome 2); while the function of BBS-2 is unknown, it shares conserved domains with its human paralogs BBS1 and BBS7, which also are mutated in other Bardet-Biedl syndromes.
11T06D8.2T06D8.2n/achrII 11,229,674contains similarity to Pfam domain PF02151 UvrB/uvrC motif contains similarity to Interpro domains IPR009055 (UvrB, C-terminal UvrC-binding), IPR001943 (UvrB/UvrC protein)
12cyp-33D1K05D4.4n/achrV 16,174,796C. elegans CYP-33D1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR008071 (Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2J-like), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
13lgc-40T24D8.1n/achrX 2,362,451C. elegans LGC-40 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
14pgp-7T21E8.2n/achrX 10,867,530pgp-7 encodes an ATP-binding protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; PGP-7 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of pgp-7 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of PGP-7 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; pgp-7 promoter-gfp fusion proteins are expressed in the rays of the adult male tail.
15C29H12.6C29H12.6n/achrII 6,116,301
16F38B6.3F38B6.3n/achrX 6,693,910
17ZK250.2ZK250.2n/achrII 1,949,294contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
18srd-66Y39A3B.4n/achrIII 1,981,723C. elegans SRD-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
19Y48B6A.10Y48B6A.10n/achrII 14,215,677contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core)
20srsx-35F53F8.2n/achrV 20,677,605C. elegans SRSX-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR013305 (ABC transporter, ABCB2), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
21cdd-1C47D2.2n/achrX 8,209,904cdd-1 encodes a cytidine deaminase that contains a zinc-binding region; expressed in the intestine.
22Y39F10C.1Y39F10C.1n/achrII 675,733contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
23srw-60T11F1.1n/achrII 2,960,240C. elegans SRW-60 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
24T09B9.2T09B9.2n/achrX 9,763,139contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter), IPR004745 (Na(+)-dependent inorganic phosphate cotransporter)
25clec-259M162.1n/achrV 19,786,034C. elegans CLEC-259 protein; contains similarity to Pfam domain PF00337 Galactoside-binding lectin contains similarity to Interpro domains IPR001079 (Galectin, galactose-binding lectin), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR007233 (Sybindin-like protein), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase)
26nhr-196K06B4.5n/achrV 15,686,814C. elegans NHR-196 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
27C33C12.8C33C12.8n/achrII 2,184,467contains similarity to Pfam domain PF02055 O-Glycosyl hydrolase family 30 contains similarity to Interpro domains IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001139 (Glycoside hydrolase, family 30), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
28C40A11.3C40A11.3n/achrII 2,142,086contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
29T14G12.6T14G12.6n/achrX 3,758,129contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
30Y41E3.11Y41E3.11n/achrIV 15,045,860contains similarity to Pfam domain PF00622 SPRY domain contains similarity to Interpro domains IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY)
31irk-2M02A10.2n/achrX 706,700irk-2 encodes an inwardly rectifying potassium channel based on sequence homology to the the human potassium channel genes KCNJ1/KCNJ2.
32nhr-125R02D1.1n/achrV 4,322,934C. elegans NHR-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
33clec-187ZK896.6n/achrIV 12,870,360C. elegans CLEC-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
34C33B4.2C33B4.2n/achrII 11,371,111contains similarity to Aristolochia gigantea RPB140 (EC 2.7.7.6) (DNA-directed RNA polymerase beta chain)s(Fragment).; TR:O48912
35C39D10.6C39D10.6n/achrX 7,896,965
36gpa-6F48C11.1n/achrX 13,192,522gpa-6 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases that affects response to water-soluble odorants; it is expressed in AWA amphid neurons, the PHB sensory cell, and (at low levels) in ASI amphid neurons.
37spe-12T02E1.1n/achrI 8,225,426C. elegans SPE-12 protein ;
38T07D3.4T07D3.4n/achrII 889,513T07D3.4 is orthologous to the human gene FUKUTIN (FCMD; OMIM:253800), which when mutated leads to disease.
39str-144C09H5.5n/achrV 8,071,381C. elegans STR-144 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
40F14F8.8F14F8.8n/achrV 16,671,873contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Daughter cell-specific secreted protein with similarity to glucanases, degrades cell wall from the daughter side causing daughter to separate from mother; expression is repressed by cAMP; SGD:YHR143W
41glb-25T06A1.4n/achrV 1,949,042glb-25 encodes a globin required for normally rapid growth in mass RNAi assays.
42nhr-254ZK6.5n/achrV 393,883C. elegans NHR-254 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
43F29B9.10F29B9.10n/achrIV 4,659,258contains similarity to Interpro domain IPR001911 (Ribosomal protein S21)
44Y57G11A.4Y57G11A.4n/achrIV 14,484,352contains similarity to Interpro domain IPR005018 (DOMON related)
45atgp-2C38C6.2n/achrII 14,641,992atgp-2 encodes an amino acid transporter glycoprotein subunit; when co-expressed in Xenopus oocytes with either the AAT-1 or AAT-3 catalytic subunit, ATGP-2 facilitates amino acid uptake and exchange, showing a relatively high affinity for small and some large neutral amino acids; when co-expressed with AAT-9, ATGP-2 is able to enhance the activity of this catalytic subunit; ATGP-2 can covalently associate with AAT-1 or AAT-3 in the Xenopus expression system; when co-expressed with AAT-1 or AAT-3, ATGP-2 localizes to the cell surface of oocytes, but when expressed alone, ATGP-2 localizes intracellularly.
46F36A2.2F36A2.2n/achrI 8,803,215contains similarity to Pfam domain PF01207 Dihydrouridine synthase (Dus) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
47T24C4.3T24C4.3n/achrIII 872,071
48F23B2.8F23B2.8n/achrIV 9,152,242contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
49srbc-19C45H4.16n/achrV 2,165,802C. elegans SRBC-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR002208 (SecY protein)
50F47G9.4F47G9.4n/achrV 11,319,469contains similarity to Pfam domain PF00643 B-box zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box)