UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C32D5.11C32D5.110chrII 6,354,177contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
2D1022.5D1022.5n/achrII 7,458,058
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4srn-1K12B6.5n/achrV 6,285,660C. elegans SRN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
5srd-11F53F4.9n/achrV 13,618,750C. elegans SRD-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6B0507.7B0507.7n/achrV 8,757,284contains similarity to Pfam domains PF04960 (Glutaminase) , PF00023 (Ankyrin repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR015868 (Glutaminase, core), IPR007043 (Glutaminase), IPR012338 (Beta-lactamase-type transpeptidase fold), IPR002110 (Ankyrin)
7nhr-218T13F3.2n/achrV 16,259,537C. elegans NHR-218 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
8col-168T10E10.1n/achrX 6,326,741C. elegans COL-168 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
9Y57G11A.5Y57G11A.5n/achrIV 14,512,160contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
10srx-51T10H4.9n/achrV 15,282,706C. elegans SRX-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
11ers-1Y41E3.4n/achrIV 15,010,805ers-1 encodes a glutaminyl (Q) tRNA synthetase that affects growth and embryonic and larval viability in large-scale RNAi screens; it is predicted to be mitochondrial.
12B0252.1B0252.1n/achrII 6,921,631contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
13nuc-1C07B5.5n/achrX 9,541,102The nuc-1 gene encodes a DNase II homolog similar to mammalian and Drosophila DNaseII enzymes and is required for DNA degradation during apoptosis as well as for degradation of dietary DNA during normal feeding; during apoptosis, NUC-1 functions in apoptotic cells at an intermediate stage of DNA degradation, after the killing step, but prior to cell-corpse engulfment.
14scl-27ZK6.3n/achrV 400,930C. elegans SCL-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00188 SCP-like extracellular protein contains similarity to Interpro domains IPR014044 (SCP-like extracellular), IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
15nlp-24F35B12.7n/achrV 11,616,534C. elegans NLP-24 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000817 (Prion protein)
16C07G1.2C07G1.2n/achrIV 8,208,755contains similarity to Pfam domains PF00057 (Low-density lipoprotein receptor domain class A) , PF00051 (Kringle domain) , PF00024 (PAN domain) contains similarity to Interpro domains IPR001190 (Speract/scavenger receptor), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN), IPR000001 (), IPR013806 (Kringle-like fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR017448 (Speract/scavenger receptor related)
17T25B2.1T25B2.1n/achrX 6,175,044contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00130 (Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)) contains similarity to Interpro domains IPR001060 (Cdc15/Fes/CIP4), IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR000533 (Tropomyosin), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding), IPR000695 (H+ transporting ATPase, proton pump), IPR000198 (RhoGAP)
18srv-33T13A10.13n/achrIV 6,283,633C. elegans SRV-33 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
19ZC410.3ZC410.3n/achrIV 9,077,529contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
20ZK858.1ZK858.1n/achrI 9,119,671contains similarity to Pfam domains PF03828 (Poly(A) polymerase) , PF01909 (Nucleotidyltransferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002934 (Nucleotidyltransferase), IPR002058 (PAP/25A-associated)
21srz-54Y102A5C.25n/achrV 16,981,243C. elegans SRZ-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
22D2007.1D2007.1n/achrIII 8,155,633
23F21F8.2F21F8.2n/achrV 8,275,167contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001461 (Peptidase A1)
24F43G9.4F43G9.4n/achrI 8,611,732contains similarity to Brugia malayi Putative uncharacterized protein BMBAC01P19.03a.; TR:Q8IHI9
25F25H9.3F25H9.3n/achrV 13,456,608contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
26F22B8.3F22B8.3n/achrV 16,091,524contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27rab-8D1037.4n/achrI 3,683,497rab-8 encodes a rab related protein of the Ras GTPase superfamily that affects ovarian morphology and function, thereby affecting fertility; acts downstream of let-60 with respect to vulval development based on genetic analysis.
28R148.4R148.4n/achrIII 3,172,188
29T11F8.2T11F8.2n/achrIV 5,477,982
30F57A8.7F57A8.7n/achrV 10,076,747contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
31ZC404.11ZC404.11n/achrV 6,803,107contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
32C50C3.1C50C3.1n/achrIII 8,192,662contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domain IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type)
33clec-190M199.4n/achrIV 15,125,488C. elegans CLEC-190 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
34T24C2.5T24C2.5n/achrX 14,538,539contains similarity to Homo sapiens Nuclear receptor co-repressor 1; ENSEMBL:ENSP00000268712
35Y37D8A.21Y37D8A.21n/achrIII 12,929,839contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
36T14G10.7T14G10.7n/achrIV 10,148,080contains similarity to Bos taurus GPI transamidase component PIG-S (Phosphatidylinositol-glycansbiosynthesis class S protein).; SW:Q3SZL5
37T02G5.12T02G5.12n/achrII 7,097,415contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
38cdk-5T27E9.3n/achrIII 13,465,418cdk-5 encodes a putative homolog of cyclin dependent kinase 5 that affects pronuclear migration and rotation in one-cell embryos and may affect neuronal development; expressed in neurons.
39F54D5.9F54D5.9n/achrII 11,543,652F54D5.9 encodes an F-box protein orthologous to to human FBXO47 (OMIM:609498, deleted in renal cell carcinoma) and paralogous to PROM-1, that suppresses excess embryonic cell division; F54D5.9(RNAi) animals show hyperproliferating embryonic tissues, while having no obvious meiotic defects.
40fbxb-86T27E9.8n/achrIII 13,478,975This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
41rrt-2C29H12.1n/achrII 6,126,706C. elegans RRT-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF05746 (DALR anticodon binding domain) , PF00750 (tRNA synthetases class I (R)) contains similarity to Interpro domains IPR015945 (Arginyl-tRNA synthetase, class Ic, core), IPR008909 (DALR anticodon binding), IPR001412 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site), IPR009080 (Aminoacyl-tRNA synthetase, class 1a, anticodon-binding), IPR001278 (Arginyl-tRNA synthetase, class Ic), IPR014729 (Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold)
42F13E9.1F13E9.1n/achrIV 10,868,951contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) (4), PF00787 (PX domain) contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR001683 (Phox-like), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype)
43bath-27F14D2.1n/achrII 3,360,782C. elegans BATH-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
44C38D4.4C38D4.4n/achrIII 4,794,206contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delayed Anaerobic Gene; SGD:YJR151C
45dsc-1C18B12.3n/achrX 15,032,922C. elegans DSC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
46C25D7.8C25D7.8n/achrV 15,066,857contains similarity to Interpro domains IPR003323 (Ovarian tumour, otubain), IPR016615 (Ubiquitin thioesterase Otubain)
47nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
48Y102A5C.2Y102A5C.2n/achrV 16,919,147contains similarity to Saccharomyces cerevisiae anti-silencing protein that causes depression of silent loci when overexpressed; SGD:YJL115W
49ZK228.1ZK228.1n/achrV 18,445,683contains similarity to Mus musculus SOX-13 protein.; SW:SX13_MOUSE
50fbxa-197T06C12.4n/achrV 15,868,291C. elegans FBXA-197 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)