UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C24F3.2C24F3.22e-150chrIV 10,223,062contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016278 (Tyrosine protein phosphatase, dual specificity, 12), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3R02D5.4R02D5.4n/achrV 14,484,482contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of P49639 Homeobox protein Hox-A1; ENSEMBL:ENSP00000325321
4C50B8.1C50B8.1n/achrV 13,566,397contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
5D2007.1D2007.1n/achrIII 8,155,633
6fbxa-29ZC47.3n/achrIII 1,273,100This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
7nnt-1C15H9.1n/achrX 6,124,888nnt-1 encodes a proton-pumping nicotinamide nucleotide transhydrogenase predicted to be mitochondrial.
8skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
9sago-1K12B6.1n/achrV 6,306,024sago-1 encodes an Argonaute homolog that is partially required for the amplification phase of RNAi responses; a multiply mutant strain (MAGO), consisting of ppw-1(tm914), sago-1(tm1195), sago-2(tm894), F58G1.1(tm1019), C06A1.4(tm887), and M03D4.6(tm1144) alleles, is completely resistant to both germline and somatic RNAi; sago-1 is genetically redundant with ppw-1 and sago-2, with any one of these genes being able to transgenically partially restore the deficiency of MAGO worms; GFP-tagged SAGO-1 binds small secondary siRNAs produced by RNAi against GFP; MAGO is not transgenically rescued by rde-1; strains overexpressing GFP::SAGO-1 exhibited an enhanced level of RNAi overall, suggesting that SAGO-1 and its congeners are rate-limiting in vivo for RNAi.
10cyp-37B1F28G4.1n/achrV 16,279,374C. elegans CYP-37B1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
11F25H9.3F25H9.3n/achrV 13,456,608contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
12F36F2.2F36F2.2n/achrI 9,017,387contains similarity to Procambarus clarkii I-connectin.; TR:Q95YM2
13T05A7.1T05A7.1n/achrII 4,678,765
14srp-6C03G6.19n/achrV 7,385,156srp-6 encodes a functional serpin (serine protease inhibitor)
15F43G6.8F43G6.8n/achrII 11,813,118contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
16srx-84F35B12.1n/achrV 11,599,872C. elegans SRX-84 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
17C47D12.5C47D12.5n/achrII 11,685,843
18Y57G11C.18Y57G11C.18n/achrIV 14,841,760contains similarity to Interpro domain IPR000767 (Disease resistance protein)
19F15D3.6F15D3.6n/achrI 11,574,794contains similarity to Pfam domain PF04707 PRELI-like family contains similarity to Interpro domain IPR006797 (MSF1)
20C10G8.3C10G8.3n/achrV 5,313,573contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domain IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa)
21srd-4ZK863.5n/achrV 12,185,574C. elegans SRD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
22T20D4.7T20D4.7n/achrV 3,409,192contains similarity to Pfam domains PF08534 (Redoxin) , PF00578 (AhpC/TSA family) contains similarity to Interpro domains IPR011594 (Thioredoxin-like), IPR013740 (Redoxin), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000866 (Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen), IPR006662 (Thioredoxin-related)
23cyp-35B3K07C6.2n/achrV 3,946,183C. elegans CYP-35B3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
24C08B6.5C08B6.5n/achrV 10,118,697contains similarity to Danio rerio Glutamate receptor delta-2 subunit precursor (GluR delta-2).; SW:Q68Y21
25Y40H7A.11Y40H7A.11n/achrIV 15,219,977contains similarity to Interpro domain IPR006629 (LPS-induced tumor necrosis factor alpha factor)
26B0252.1B0252.1n/achrII 6,921,631contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
27C02F12.5C02F12.5n/achrX 3,671,203C02F12.5 encodes a putatively secreted protein with a Kunitz/bovine pancreatic trypsin inhibitor domain; C02F12.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
28rab-8D1037.4n/achrI 3,683,497rab-8 encodes a rab related protein of the Ras GTPase superfamily that affects ovarian morphology and function, thereby affecting fertility; acts downstream of let-60 with respect to vulval development based on genetic analysis.
29str-232T10C6.1n/achrV 16,015,103C. elegans STR-232 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30C04G6.5C04G6.5n/achrII 5,085,937contains similarity to Pfam domain PF01679 Uncharacterized protein family UPF0057 contains similarity to Interpro domain IPR000612 (Protein of unknown function UPF0057)
31F56A8.5F56A8.5n/achrIII 13,266,279This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
32Y9C2UA.2Y9C2UA.2n/achrII 9,146,370contains similarity to Arabidopsis thaliana At2g44720/F16B22.21.; TR:Q8RWQ1
33C01G5.6C01G5.6n/achrIV 6,523,650contains similarity to Interpro domain IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic)
34Y66H1A.5Y66H1A.5n/achrIV 428,660
35Y76A2B.5Y76A2B.5n/achrIII 13,547,827contains similarity to Danio rerio Zgc:91819 protein.; TR:Q6GMH4
36T23F4.3T23F4.3n/achrII 1,170,980contains similarity to Pfam domain PF01738 Dienelactone hydrolase family contains similarity to Interpro domain IPR002925 (Dienelactone hydrolase)
37B0507.6B0507.6n/achrV 8,749,589contains similarity to Pfam domain PF05218 Protein of unknown function (DUF713) contains similarity to Interpro domain IPR007883 (Protein of unknown function DUF713)
38gna-2T23G11.2n/achrI 7,700,248gna-2 encodes a glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase required for synthesis of UDP-N-acetylglucosamine (UDP-GlcNAc), N-acetylgalactosamine (UDP-GalNAc), alpha-GalNAc-modifications of mucin-like proteins, and chitin; GNA-2 is also required for eggshell synthesis and osmotic integrity, progression past meiosis metaphase I, error-free chromosomal segregation during meiosis, polar body extrusion, association of the sperm pronucleus/centrosome complex (SPCC) with the early embryonic cortex, localization of PAR-2 in early embryos, posterior localization of P granules or PIE-1, and pseudocleavage; gna-2 transcription is elevated during oogenesis; gna-2 mRNA is posttranslationally inhibited both by GLD-1 repression and by nonsense-mediated mRNA decay (NMD), with GLD-1 predominating in distal gonads and NMD (incompletely) predominating in proximal ones; gna-2 mRNA has two upstream open reading frames (uORFs) with premature stop codons, which normally cause NMD of this mRNA unless it is protected by GLD-1 binding to the gna-2 mRNA's 5' UTR; conversely, gna-2 mRNA is translationally repressed by bound GLD-1 during pachytene meiosis, and must be freed from this repression during diplotene meiosis for eggshell synthesis to proceed; gna-2(qa705) is suppressed by sup-46 mutations, but only in a gna-1(+) background.
39nhr-191F55D12.3n/achrI 7,896,919C. elegans NHR-191 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
40flp-10T06C10.4n/achrIV 7,869,261flp-10 encodes a FMRFamide-related neuropeptide; in males, flp-10 activity is required for a sensory transduction pathway that negatively regulates the frequency of certain substeps of turning behavior during mating; a flp-10::gfp reporter is expressed in a number of neurons including AIM, ASI, AUA, BAG, BDU, DVB, PQR, PVR, and URX, and in the vulD cells.
41T22H6.1T22H6.1n/achrX 12,768,557contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
42nhr-186F47C10.3n/achrV 3,853,607C. elegans NHR-186 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
43C04F12.1C04F12.1n/achrI 9,676,100contains similarity to Pfam domain PF02171 Piwi domain contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
44grl-22W03A5.3n/achrIII 5,413,566grl-22 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
45F53F10.3F53F10.3n/achrI 3,827,677contains similarity to Pfam domain PF03650 Uncharacterised protein family (UPF0041) contains similarity to Interpro domain IPR005336 (Protein of unknown function UPF0041)
46Y62H9A.2Y62H9A.2n/achrX 11,877,730contains similarity to Homo sapiens Angiomotin; ENSEMBL:ENSP00000305557
47C10H11.8C10H11.8n/achrI 4,736,771contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
48T25D10.4T25D10.4n/achrII 6,408,988
49F25E2.2F25E2.2n/achrX 808,888contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
50C03A7.12C03A7.12n/achrV 5,179,902contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)