UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C16C8.5C16C8.52e-89chrII 3,445,041contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
4EEED8.13EEED8.13n/achrII 5,411,874contains similarity to Interpro domain IPR011038 (Calycin-like)
5F13E6.3F13E6.3n/achrX 10,681,621contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
6R11H6.4R11H6.4n/achrV 14,610,325contains similarity to Homo sapiens Steerin3 protein; ENSEMBL:ENSP00000228327
7rab-21T01B7.3n/achrII 8,714,514rab-21 encodes a Rab GTPase most closely related to the Drosophila and vertebrate Rab21 GTPases and Saccharomyces cerevisiae VPS21; by homology, RAB-21 is predicted to be involved in membrane trafficking/vesicle transport; loss of rab-21 activity via RNAi results in 7-8% embryonic lethality.
8C18A3.1C18A3.1n/achrII 5,720,938contains similarity to Pfam domain PF05063 MT-A70 contains similarity to Interpro domains IPR007757 (MT-A70), IPR002052 (N-6 adenine-specific DNA methylase, conserved site)
9Y39E4B.5Y39E4B.5n/achrIII 13,171,391contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
10D1054.3D1054.3n/achrV 10,772,116contains similarity to Pfam domains PF04969 (CS domain) , PF05002 (SGS domain) contains similarity to Interpro domains IPR007699 (SGS), IPR008978 (HSP20-like chaperone), IPR017447 (CS), IPR007052 (CS domain)
11C10A4.4C10A4.4n/achrX 7,402,753
12F27B3.5F27B3.5n/achrIII 6,560,937contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
13M116.1M116.1n/achrIV 8,411,585
14ZC477.5ZC477.5n/achrIV 7,102,332
15Y49A10A.1Y49A10A.1n/achrX 10,359,445contains similarity to Pfam domain PF06565 Repeat of unknown function (DUF1126) contains similarity to Interpro domains IPR010554 (Protein of unknown function DUF1126), IPR006602 (Region of unknown function DM10)
16tag-319C30B5.1n/achrII 6,200,135C. elegans TAG-319 protein ;
17F30F8.3F30F8.3n/achrI 7,836,374contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
18C42C1.8C42C1.8n/achrIV 12,292,136contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
19W07E6.5W07E6.5n/achrII 477,174
20W06B4.1W06B4.1n/achrII 4,472,468
21F16H11.3F16H11.3n/achrX 4,648,333contains similarity to Pfam domain PF01733 Nucleoside transporter contains similarity to Interpro domains IPR002259 (Delayed-early response protein/equilibrative nucleoside transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
22W06D11.1W06D11.1n/achrX 12,294,462
23mxl-1T19B10.11n/achrV 11,245,345mxl-1 encodes a basic helix-loop-helix protein similar to the vertebrate MAX transcriptional regulators; in vitro, MXL-1 can heterodimerize, and bind an E-box DNA sequence, with MDL-1, a C. elegans MAD-like bHLH protein; mxl-1::gfp reporter fusions are expressed in the posterior intestine and in head and tail neurons.
24hex-3Y39A1C.4n/achrIII 10,851,789hex-3 encodes a beta-N-acetylhexosaminidase.
25T04D3.1T04D3.1n/achrI 13,303,528contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
26lgg-3B0336.8n/achrIII 5,697,730lgg-3 encodes a hydrophilic protein that is orthologous to Saccharomyces cerevisiae autophagy protein Apg12p; by homology, LGG-3 is predicted to function as a modifier protein required for a protein conjugation system essential for autophagy; in the context of this conjugation system, LGG-3 is predicted to interact with Apg7p and Apg5p homologs (encoded by M7.5 and Y71G12B.12a, respectively) to effect bulk degradation of cytoplasmic components under conditions of starvation or cellular remodeling; free LGG-3 is predicted to localize to the cytoplasm, while LGG-3 conjugated to the Apg5p homolog is predicted to associate with membrane compartments; loss of lgg-3 activity via large-scale RNAi screens results in no obvious developmental or behavioral abnormalities.
27F55A3.5F55A3.5n/achrI 10,782,421contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR000889 (Glutathione peroxidase)
28ZK686.1ZK686.1n/achrIII 7,773,406contains similarity to Interpro domain IPR004038 (Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45)
29T09B4.1T09B4.1n/achrI 6,186,762contains similarity to Pfam domain PF04188 Mannosyltransferase (PIG-V)) contains similarity to Interpro domain IPR007315 (Mannosyltransferase, PIG-V)
30srh-215T20B3.3n/achrV 16,831,260C. elegans SRH-215 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001356 (Homeobox)
31W03G11.2W03G11.2n/achrX 12,107,432contains similarity to Pfam domain PF03381 LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family contains similarity to Interpro domain IPR005045 (Protein of unknown function DUF284, transmembrane eukaryotic)
32C01G5.5C01G5.5n/achrIV 6,525,508contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
33W03C9.2W03C9.2n/achrII 11,963,758contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Transcription elongation factor S-II (TFIIS).; SW:TFS2_SCHPO
34clec-223C03E10.5n/achrV 11,275,618C. elegans CLEC-223 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
35F54F7.6F54F7.6n/achrX 11,866,107contains similarity to Homo sapiens Golgi autoantigen, golgin subfamily B member 1; ENSEMBL:ENSP00000315938
36B0035.3B0035.3n/achrIV 11,314,534contains similarity to Pfam domain PF01661 Macro domain contains similarity to Interpro domain IPR002589 (Appr-1-p processing)
37meg-2K02B9.2n/achrX 13,924,518meg-2 encodes a novel protein that localizes exclusively to P granules; originally identified by microarray analyses of germline-enriched transcripts, loss of meg-2 activity by itself results in no obvious abnormalities, but loss of meg-2 activity in meg-1 mutant animals indicates that meg-1 and meg-2 likely have redundant functions in germline development; meg-2 may also function redundantly with mes-1; meg-2 expression in the proximal germline is positively regulated by MPK-1, the C. elegans MAP kinase ortholog; a GFP::MEG-2 fusion protein localizes exclusively to P granules in the embryonic germ cell lineage.
38W02D9.4W02D9.4n/achrI 12,538,320contains similarity to Oryza sativa Hypothetical protein.; TR:Q8H7L3
39B0281.4B0281.4n/achrII 2,298,366contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
40fbxa-181F35E12.3n/achrV 13,726,386This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
41F08B6.1F08B6.1n/achrI 6,760,893contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
42B0334.4B0334.4n/achrII 11,496,096contains similarity to Pfam domain PF04707 PRELI-like family contains similarity to Interpro domain IPR006797 (MSF1)
43ftr-1Y113G7B.4n/achrV 20,192,960This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
44F26A1.1F26A1.1n/achrIII 4,851,165
45srh-123F08E10.3n/achrV 17,474,702C. elegans SRH-123 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46C24H10.4C24H10.4n/achrX 5,058,527
47srx-1F59E11.1n/achrV 9,004,313C. elegans SRX-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000366 (Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
48Y5F2A.4Y5F2A.4n/achrIV 11,077,311contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
49F29C4.4F29C4.4n/achrIV 111,769
50ekl-5Y26E6A.1n/achrX 13,915,941C. elegans EKL-5 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001579 (Glycoside hydrolase, chitinase active site), IPR006642 (Zinc finger, Rad18-type putative)