UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C09B7.2C09B7.26e-136chrX 2,669,882
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
4F39D8.3F39D8.3n/achrX 15,423,577contains similarity to Homo sapiens Sperm-specific thioredoxin; ENSEMBL:ENSP00000304908
5ocam-1T02B5.2n/achrV 14,167,452T02B5.2 encodes a protein with an OCAM domain, a nematode-specific motif conserved between T02B5.2 and two other nematode ONECUT homeobox proteins (CEH-21 and CEH-41); this gene is probably derived from a ONECUT gene that lost both tit cut domain and its homeodomain; T02B5.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
6F42G8.7F42G8.7n/achrIV 8,127,262contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR001763 (Rhodanese-like), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain)
7C33G3.6C33G3.6n/achrX 14,082,413contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_2, whole genome shotgun sequence.; TR:A0CJH0
8T27F6.7T27F6.7n/achrI 12,496,077contains similarity to Timmia bavarica NADH dehydrogenase subunit 4 (Fragment).; TR:Q94YV9
9skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
10F26F2.7F26F2.7n/achrV 20,581,046contains similarity to Pfam domain PF05346 Eukaryotic membrane protein family contains similarity to Interpro domain IPR008010 (Protein of unknown function DUF747, CMV receptor)
11nspb-11F35C5.10n/achrII 12,907,461C. elegans NSPB-11 protein ;
12F56A8.1F56A8.1n/achrIII 13,252,041contains similarity to Pfam domain PF04547 Protein of unknown function, DUF590 contains similarity to Interpro domain IPR007632 (Protein of unknown function DUF590)
13C24H10.2C24H10.2n/achrX 5,065,438
14mab-7ZC13.4n/achrX 895,155mab-7 encodes a protein with a hydrophobic type II transmembrane region at the N-terminus, an EGF-like motif, a ShKT motif and a long C-terminus; mab-7 is involved in morphogenesis of the male tail, specifically affecting the structural cells, neuronal processes and the hypodermal sheath of the sensory rays, as such, it affects mating in males; a mab-7 promoter-gfp construct is expressed in hypodermis, body seam, ray structural cells, and several neurons in the head and tail region.
15K10H10.5K10H10.5n/achrII 14,502,114contains similarity to Interpro domain IPR001030 (Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha)
16C05E11.2C05E11.2n/achrX 4,587,427
17C03F11.2C03F11.2n/achrX 5,395,712contains similarity to Pfam domain PF00753 Metallo-beta-lactamase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR001279 (Beta-lactamase-like)
18stdh-4F25G6.5n/achrV 8,550,589stdh-4 encodes a putative steroid dehydrogenase expressed in larval and adult pharynx; STDH-4 is orthologous to human HSD17B3 (OMIM:605573, mutated in pseudohermaphroditism), HSD17B12 (OMIM:609574), and HSDL1, and paralogous to LET-767 and STDH-1/-3; STDH-4 has no obvious function in mass RNAi assays.
19K08B5.1K08B5.1n/achrX 16,560,293
20C23F12.3C23F12.3n/achrX 9,393,106
21srbc-22C45H4.8n/achrV 2,157,702C. elegans SRBC-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
22F22H10.5F22H10.5n/achrX 16,687,280contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core)
23twk-25M04B2.5n/achrIV 11,507,989C. elegans TWK-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
24lin-11ZC247.3n/achrI 10,251,797lin-11 encodes a predicted LIM homeodomain transcription factor that affects vulval development, neuronal development and fate specification, utse cell differentiation, and fertility; it is expressed in some neurons, the vulva, pi cells and their progeny, and the spermatheca.
25his-69E03A3.3n/achrIII 4,058,523his-69 encodes a truncated H3 histone.
26srt-29C24B9.5n/achrV 2,718,264C. elegans SRT-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
27W02B3.3W02B3.3n/achrIII 668,260
28Y79H2A.4Y79H2A.4n/achrIII 12,041,576contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
29F52C9.3F52C9.3n/achrIII 5,324,039contains similarity to Pfam domain PF00781 Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) contains similarity to Interpro domain IPR001206 (Diacylglycerol kinase, catalytic region)
30C04G6.6C04G6.6n/achrII 5,099,576
31ZC513.2ZC513.2n/achrV 8,055,592contains similarity to Pfam domain PF01273 LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
32Y53C10A.3Y53C10A.3n/achrI 11,969,389Y53C10A.3 encodes a paralog of HSF-1 that might regulate ubq-1, since ubq-1 has 5'-flanking sequences resembling heat shock regulatory elements, yet is uninduced by heat shock.
33ptd-2F07C3.1n/achrV 9,252,223C. elegans PTD-2 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000731 (Sterol-sensing 5TM box), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
34srh-268C54F6.1n/achrV 7,540,084C. elegans SRH-268 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35srsx-38T26E4.14n/achrV 15,806,689C. elegans SRSX-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
36F55A4.4F55A4.4n/achrX 1,025,409contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
37srh-111F08E10.6n/achrV 17,484,578C. elegans SRH-111 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
38nas-1F45G2.1n/achrIII 13,407,525nas-1 encodes an astacin-like metalloprotease.
39ver-4F59F3.5n/achrX 10,985,087C. elegans VER-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF07686 (Immunoglobulin V-set domain) , PF00047 (Immunoglobulin domain) (2), PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR003596 (Immunoglobulin V-set, subgroup), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR013106 (Immunoglobulin V-set), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site), IPR013151 (Immunoglobulin)
40M02D8.5M02D8.5n/achrX 8,757,529contains similarity to Interpro domain IPR000859 (CUB)
41ZK430.5ZK430.5n/achrII 4,411,199contains similarity to Pfam domain PF03568 Peptidase family C50 contains similarity to Interpro domain IPR005314 (Peptidase C50, separase)
42C46H3.3C46H3.3n/achrX 1,228,487contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
43his-1T10C6.14n/achrV 16,042,648his-1 encodes an H4 histone; his-1 is contained within the histone gene cluster HIS1; transcript analysis suggests that it encodes the major class of H4 transcripts.
44srx-9R13D7.6n/achrV 7,394,485C. elegans SRX-9 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
45Y75B8A.19Y75B8A.19n/achrIII 12,229,214contains similarity to Lactococcus lactis Signal peptidase I (EC 3.4.21.89).; TR:Q9CDG2
46skr-6Y37H2C.2n/achrV 18,269,765The skr-6 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-6(RNAi) animals are at least superficially normal.
47C25F6.1C25F6.1n/achrX 5,487,263
48C26D10.4C26D10.4n/achrII 8,331,544contains similarity to Pfam domains PF08544 (GHMP kinases C terminal) , PF00288 (GHMP kinases N terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR006206 (Mevalonate and galactokinase), IPR001174 (Galactokinase/homoserine kinase), IPR006204 (GHMP kinase), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold), IPR013750 (GHMP kinase, C-terminal)
49F22B7.1F22B7.1n/achrIII 8,666,020
50ZC376.3ZC376.3n/achrV 14,169,887contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)