UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C08G9.2C08G9.20chrIV 7,668,512contains similarity to Pfam domains PF02822 (Antistasin family) (6), PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) , PF00095 (WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core') (8), PF00086 (Thyroglobulin type-1 repeat) (6)contains similarity to Interpro domains IPR000716 (Thyroglobulin type-1), IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR008197 (Whey acidic protein, 4-disulphide core), IPR008198 (Proteinase inhibitor I17), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR004094 (Proteinase inhibitor I15, antistasin), IPR015874 (4-disulphide core), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type), IPR003645 (Follistatin-like, N-terminal), IPR000737 (Proteinase inhibitor I7, squash)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3Y45F10B.12Y45F10B.12n/achrIV 13,587,824contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
4F55A4.4F55A4.4n/achrX 1,025,409contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
5F52B11.5F52B11.5n/achrIV 14,102,592contains similarity to Clostridium perfringens Hypothetical protein CPE2159.; TR:Q8XIG1
6F31F7.2F31F7.2n/achrV 6,272,906contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domain IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
7F25G6.1F25G6.1n/achrV 8,577,457
8sri-31B0454.2n/achrII 3,051,657C. elegans SRI-31 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
9hot-7Y48B6A.9n/achrII 14,212,173hot-7 encodes a predicted membrane-associated protein that is a member of the Ly-6 superfamily of glycosylphosphatidylinositol (GPI)-linked signaling proteins and is homologous to ODR-2, a neuronally expressed protein required for olfaction; as loss of hot-7 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of HOT-7 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
10R07C12.2R07C12.2n/achrIV 4,149,092
11sre-52C50E10.5n/achrII 12,336,826C. elegans SRE-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR005410 (Potassium channel, two pore-domain, THIK), IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
12srh-247C31B8.13n/achrV 2,933,658C. elegans SRH-247 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
13npp-7T19B4.2n/achrI 5,694,480C. elegans NPP-7 protein; contains similarity to Interpro domain IPR001876 (Zinc finger, RanBP2-type)
14K01A12.3K01A12.3n/achrX 8,622,819contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
15T08G2.2T08G2.2n/achrX 17,207,313contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
16fbxa-135T06E6.5n/achrV 15,402,649This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
17osm-10T20H4.1n/achrIII 7,244,451osm-10 encodes a novel protein conserved amongst several Caenorhabditis species; osm-10 activity is required for normal osmosensory signaling in the ASH sensory neuron; in regulating ASH-mediated osmosensation, osm-10 interacts genetically with eos-1 and eos-2; OSM-10 is expressed in the ASH, ASI, PHA, and PHB sensory neurons beginning just prior to hatching and continuing through larval and adult stages; OSM-10 localizes to cell bodies, sensory processes, and axons.
18unc-122F11C3.2n/achrI 14,873,757unc-122 encodes a predicted type II transmembrane protein with extracellular collagen-like domains and a highly conserved olfactomedin (OLF) domain that is found in a family of secreted proteins involved in formation and function of nervous systems; UNC-122 is required for proper locomotion and for normal morphology of the DVB motorneuron, and may regulate neuromuscular function by acting in an aminergic/peptidergic pathway parallel to cholinergic neurotransmission; although mosaic analysis indicates that UNC-122 activity is required in muscle cells, the precise expression and localization patterns of UNC-122 are not yet known.
19F31A3.5F31A3.5n/achrX 17,558,148contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
20W03C9.1W03C9.1n/achrII 11,961,452contains similarity to Homo sapiens RNA binding protein; ENSEMBL:ENSP00000301740
21T08G5.9T08G5.9n/achrV 14,045,861contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
22F52C12.4F52C12.4n/achrIV 1,934,886contains similarity to Pfam domains PF01535 (PPR repeat) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR005113 (uDENN), IPR002885 (Pentatricopeptide repeat), IPR001194 (DENN)
23F54C4.3F54C4.3n/achrIII 78,455contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR000637 (HMG-I and HMG-Y, DNA-binding), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
24crb-1F11C7.40.004chrX 17,408,117crb-1 encodes a homolog of Drosophila CRUMBS that affects dauer formation and feeding behavior; CRB-1 can bind cyclic AMP-response element (CRE) sites and be phosphorylated by PKA in vitro, and is expressed immediately apical to the zonula adherens in embryos and then ubiquitously later during development and in adults; CRB-1 is homologous to human CRB1 (OMIM:604210, mutated in retinitis pigmentosa 12 or Leber congenital amaurosis).
25nhr-165C47F8.2n/achrI 12,332,239C. elegans NHR-165 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
26srm-3F58G6.2n/achrIV 9,649,830C. elegans SRM-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27E03A3.5E03A3.5n/achrIII 4,061,679contains similarity to Pfam domain PF00431 CUB domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold)
28lgc-55Y113G7A.5n/achrV 20,025,213C. elegans LGC-55 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR002289 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
29F52D1.2F52D1.2n/achrX 447,631
30elc-2W03H1.2n/achrX 1,777,746elc-2 encodes a protein containing a Skp1 dimerisation domain that has homology to human transcription elongation factor B (SIII), polypeptide I (15kD, elonginsC).
31H19J13.1H19J13.1n/achrX 12,268,942contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
32Y47D3B.4Y47D3B.4n/achrIII 11,407,290contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
33F42G8.5F42G8.5n/achrIV 8,137,753
34srh-266F31F4.6n/achrV 665,362C. elegans SRH-266 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
35unc-120D1081.2n/achrI 8,461,612unc-120 encodes a member of the MADS-box family of transcription factors that is most closely related to Drosophila blistered and the vertebrate serum response factors (SRFs); UNC-120 is required for locomotion and muscle development and for formation of the normal number of muscle A and I bands; UNC-120 is also required for maintaining wild-type expression levels of the muscle components actin and myosin; UNC-120 is first expressed in the early embryo in body wall muscle precursors and later is expressed in both body wall and vulval muscles.
36W04G3.7W04G3.7n/achrX 11,084,822contains similarity to Interpro domain IPR001211 (Phospholipase A2)
37unc-8R13A1.4n/achrIV 7,200,978unc-8 encodes an amiloride-sensitive DEG/ENaC cation-selective channel subunit orthologous to human ENaCB (OMIM:600760, associated with Liddle syndrome, an autosomal dominant form of hypertension); UNC-8 is predicted to function as part of a mechanically gated channel that responds to stretch, and is required for modulating the sinusoidal body wave that is characteristic of C. elegans locomotion; unc-8 interacts genetically with unc-1 and unc-24, which encode stomatin-like proteins, and with mec-6, which encodes a paraoxonase; UNC-8 is expressed in motor neurons, sensory neurons, and interneurons in the nerve ring; UNC-8 may form a channel with the degenerin DEL-1, with which it is coexpressed in ventral cord motor neurons.
38F52D10.6F52D10.6n/achrX 11,583,279contains similarity to Pfam domain PF00169 PH domain contains similarity to Interpro domains IPR000219 (Dbl homology (DH) domain), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type)
39srv-21H04M03.8n/achrIV 5,876,704C. elegans SRV-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
40fbxb-55W03D2.2n/achrIV 4,069,157This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
41C38D9.5C38D9.5n/achrV 17,589,380contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR002110 (Ankyrin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN), IPR001357 (BRCT)
42tag-236R11B5.1n/achrX 2,528,819C. elegans TAG-236 protein; contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)
43F54B3.2F54B3.2n/achrII 10,269,583contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Hypothetical protein.; TR:Q9UT52
44F43G6.7F43G6.7n/achrII 11,811,141contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
45gur-4K09E4.5n/achrII 14,106,298C. elegans GUR-4 protein ;
46B0250.2B0250.2n/achrV 20,473,310contains similarity to Drosophila erecta Female-specific transformer protein.; SW:TRSF_DROER
47F55G1.1F55G1.1n/achrIV 7,492,779
48K10H10.6K10H10.6n/achrII 14,504,011contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
49srbc-58R09E12.2n/achrV 776,135C. elegans SRBC-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
50ZC317.2ZC317.2n/achrV 5,460,748