UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C07A9.12C07A9.123.9999999999999998e-115chrIII 9,726,313contains similarity to Pfam domain PF01705 CX module contains similarity to Interpro domain IPR002619 (Protein of unknown function CX)
2dsl-4F16B12.2n/achrX 14,091,441dsl-4 encodes a putative secreted protein with a single DSL domain and three EGF domains in series, somewhat like Delta/LAG-2; unlike the nematode-specific family of Delta/LAG-2-like proteins (including DSL-1, -2, -3, -5, -6, and -7), DSL-4 is evolutionarily divergent, with perhaps a distant affinity to APX-1, ARG-1, and LAG-2.
3T02B11.6T02B11.6n/achrV 887,079contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
4Y75B8A.14Y75B8A.14n/achrIII 12,217,589contains similarity to Pfam domain PF03029 Conserved hypothetical ATP binding protein contains similarity to Interpro domain IPR004130 (Protein of unknown function, ATP binding)
5math-2C08F1.1n/achrII 1,799,617C. elegans MATH-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
6srbc-81Y45G12C.8n/achrV 2,523,361C. elegans SRBC-81 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR002229 (Blood group Rhesus C/E and D polypeptide)
7str-225C07G3.6n/achrV 3,508,534C. elegans STR-225 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001307 (Thiosulphate sulphurtransferase, conserved site)
8tsg-101C09G12.9n/achrIV 3,512,510C09G12.9 encodes the C. elegans ortholog of S. cerevisiae vacuolar protein sorting protein Vps23p and human TUMOR SUSCEPTIBILITY GENE 101 (TSG101; OMIM:601387), mutations in which are associated with several types of cancer and with varying responses to HIV infection; the product of C09G12.9 is predicted to be a component of C. elegans ESCRT-1 (Endosomal Sorting Complex Required for Transport), and RNAi experiments indicate that its activity is essential for embryonic and larval development.
9B0391.3B0391.3n/achrV 15,616,248contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000802 (Arsenical pump membrane protein)
10gcy-4ZK970.5n/achrII 10,306,418gcy-4 encodes a predicted transmembrane guanylyl cyclase; by homology, GCY-4 may function as a chemosensory receptor; however, as loss of gcy-4 activity via mutation or large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, the precise role of gcy-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; the sole gcy-4 ::GFP reporter construct reported to date did not produce any specific GFP signals.
11F13B12.3F13B12.3n/achrIV 10,441,433contains similarity to Tetraodon nigroviridis Chromosome 12 SCAF8721, whole genome shotgun sequence. (Fragment).; TR:Q4T6K3
12C37E2.3C37E2.3n/achrX 14,180,268contains similarity to Pfam domain PF04750 FAR-17a/AIG1-like protein contains similarity to Interpro domains IPR006838 (FAR-17a/AIG1-like protein), IPR002208 (SecY protein)
13F29D10.2F29D10.2n/achrI 8,842,038contains similarity to Interpro domains IPR000853 (Nematoda metallothionein, family 6), IPR000006 (Metallothionein, vertebrate), IPR002952 (Eggshell protein), IPR004035 (Endonuclease III, iron-sulphur binding, conserved site-1), IPR001396 (Echinodermata metallothionein, family 4), IPR001008 (Mollusc metallothionein, family 2)
14F55G7.3F55G7.3n/achrX 11,941,116contains similarity to Saccharomyces cerevisiae appears to control expression of spliceosome components PRP4 and PRP3; SGD:YDR464W
15str-178R11D1.5n/achrV 12,715,427C. elegans STR-178 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
16K09B11.4K09B11.4n/achrIV 13,429,722contains similarity to Patella vulgata Twist protein (Fragment).; TR:Q8WQQ8
17str-46C31B8.6n/achrV 2,899,200C. elegans STR-46 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
18F56H6.9F56H6.9n/achrI 12,305,199contains similarity to Pfam domain PF03385 Protein of unknown function, DUF288 contains similarity to Interpro domain IPR005049 (Protein of unknown function DUF288)
19VC5.2VC5.2n/achrV 7,087,384contains similarity to Pfam domain PF00053 Laminin EGF-like (Domains III and V) contains similarity to Interpro domains IPR006056 (YjgF-like protein), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin)
20lrp-2T21E3.3n/achrI 3,939,445C. elegans LRP-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (6), PF07974 (EGF-like domain) , PF00057 (Low-density lipoprotein receptor domain class A) (14), PF00058 (Low-density lipoprotein receptor repeat class B) (7)contains similarity to Interpro domains IPR000033 (), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006209 (EGF-like), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
21F55E10.5F55E10.5n/achrX 8,335,538
22twk-10K04A8.4n/achrV 6,553,200C. elegans TWK-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
23EGAP2.2EGAP2.2n/achrII 5,230,269
24srd-56E04F6.14n/achrII 7,202,553C. elegans SRD-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25B0041.3B0041.3n/achrI 4,645,153contains similarity to Pfam domain PF01476 LysM domain contains similarity to Interpro domain IPR002482 (Peptidoglycan-binding LysM)
26ceh-1F16H11.4n/achrX 4,653,768ceh-1 encodes a protein that contains a homeobox domain.
27srbc-52F54B8.10n/achrV 15,828,326C. elegans SRBC-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
28fbxa-112Y102A5C.13n/achrV 16,947,523C. elegans FBXA-112 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
29nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
30F59D12.1F59D12.1n/achrX 15,669,484contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
31ZK353.2ZK353.2n/achrIII 8,398,849contains similarity to Interpro domain IPR002952 (Eggshell protein)
32C24A3.1C24A3.1n/achrX 9,003,584contains similarity to Aedes aegypti Condensin, SMC5-subunit, putative (Fragment).; TR:Q16IF0
33F58B6.1F58B6.1n/achrIII 1,114,111contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domain IPR002921 (Lipase, class 3)
34acr-5K03F8.2n/achrIII 6,512,172acr-5 encodes a predicted member of the alpha subunit family of nicotinic acetylcholine receptors that is expressed in the nervous system.
35F26H9.2F26H9.2n/achrI 9,292,112contains similarity to Pfam domain PF02755 RPEL repeat contains similarity to Interpro domain IPR004018 (RPEL repeat)
36fbxb-59Y113G7B.8n/achrV 20,200,762This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
37R04B5.7R04B5.7n/achrV 10,089,830contains similarity to Rattus norvegicus Protein tyrosine phosphatase TD14.; TR:O88902
38T18D3.7T18D3.7n/achrX 12,442,974contains similarity to Pfam domain PF01166 TSC-22/dip/bun family contains similarity to Interpro domain IPR000580 (TSC-22 / Dip / Bun)
39B0284.2B0284.2n/achrIII 4,382,911contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Progesterone-induced-blocking factor 1; ENSEMBL:ENSP00000317144
40R11G11.3R11G11.3n/achrV 531,412contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
41srj-1ZK829.8n/achrIV 11,964,638C. elegans SRJ-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
42tbx-31C36C9.2n/achrX 1,672,652tbx-31 encodes a diverged member of the T-box transcription factor family; by homology, TBX-31 is predicted to function as a transcriptional regulator during development, but as loss of tbx-31 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of TBX-31 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
43sqv-8ZK1307.5n/achrII 9,648,550The sqv-8 gene encodes a glucuronyl transferase, biochemically active in vitro, that is required for cytokinesis of one-cell embryos and for vulval morphogenesis; SQV-8 is homologous to three distinct glucuronyl transferases (GlcAT-I, GlcAT-P and GlcAT-D) that play a role in the synthesis of different glycoconjugates; the common requirement for SQV-8 in both cytokinesis and morphogenesis may be to promote filling an extracellular space with hygroscopic proteoglycans (either in the eggshell, or underneath the L4 cuticle), which in turn may cause the space to fill with fluid.
44C39D10.1C39D10.1n/achrX 7,906,986
45F55G1.12F55G1.12n/achrIV 7,494,554contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
46rog-1F54D12.6n/achrII 1,374,343rog-1 encodes a protein with an insulin receptor substrate-1 (IRS-type) phosphotyrosine-binding (PTB) domain that is required for the progression from pachytene to diakinesis in meiosis; rog-1 is primarily transcribed in germ cells, and this expression is required for oocyte development; ROG-1 is orthologous to human FRS2 (OMIM:607743) and FRS3 (OMIM:607744); rog-1(tm1031) mutant oocytes fail to progress from pachytene to diakinesis, a phenotype reminiscent of let-60 or mpk-1 mutant oocytes, and rog-1(tm1031) gonads lack phosphorylated MPK-1; rog-1(tm1031) and rog-1(RNAi) hermaphrodites show reduced brood sizes and increased embryonic lethality, with rog-1(tm1031) being more phenotypically severe than rog-1(RNAi); rog-1(tm1031) germ cell, brood size, and MPK-1 phosphorylation phenotypes are suppressed by the gain-of-function mutations let-60(n1046) or let-60(ga89ts); during meiosis, ROG-1 may function as an adaptor downstream of LET-23 and upstream of LET-60.
47srm-1T28H11.2n/achrIV 5,013,566C. elegans SRM-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
48C31B8.12C31B8.12n/achrV 2,926,103contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
49F01F1.14F01F1.14n/achrIII 5,882,603
50F07H5.7F07H5.7n/achrII 8,793,642