UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1rnf-1C06A5.90chrI 6,010,654C. elegans RNF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
2T14B4.9T14B4.9n/achrII 6,731,934contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
3Y47H9C.2Y47H9C.2n/achrI 11,842,812contains similarity to Pfam domain PF01529 DHHC zinc finger domain contains similarity to Interpro domain IPR001594 (Zinc finger, DHHC-type)
4srd-43R04D3.9n/achrX 13,304,796C. elegans SRD-43 protein ;
5nlp-17Y45F10A.5n/achrIV 13,505,484C. elegans NLP-17 protein ;
6C32D5.7C32D5.7n/achrII 6,337,900
7pac-1C04D8.1n/achrIII 8,508,167C. elegans PAC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00169 (PH domain) contains similarity to Interpro domains IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000198 (RhoGAP)
8K08B12.3K08B12.3n/achrV 6,236,378contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006355 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA, hypothetical 2), IPR006357 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
9C40A11.8C40A11.8n/achrII 2,150,922
10srh-37R11G11.9n/achrV 511,858C. elegans SRH-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11clec-187ZK896.6n/achrIV 12,870,360C. elegans CLEC-187 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
12C46A5.2C46A5.2n/achrIV 7,761,432contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
13F13E6.4F13E6.4n/achrX 10,693,437contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR002349 (WW), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
14T06D8.2T06D8.2n/achrII 11,229,674contains similarity to Pfam domain PF02151 UvrB/uvrC motif contains similarity to Interpro domains IPR009055 (UvrB, C-terminal UvrC-binding), IPR001943 (UvrB/UvrC protein)
15tra-3LLC1.1n/achrIV 14,440,241tra-3 encodes an atypical calpain regulatory protease that lacks calcium-binding EF hand domains; during development, TRA-3 likely promotes female development in XX hermaphrodites by cleaving the membrane-associated TRA-2A protein to generate a TRA-2 peptide likely to have feminizing activity; in addition, TRA-3 is one of several proteases that mediate necrotic cell death during neurodegeneration.
16T15B7.8T15B7.8n/achrV 6,822,465contains similarity to Ostreococcus tauri Predicted CDS, putative cytoplasmic protein family member, with ascoiled coil-4 domain, of ancient origin (ISS).; TR:Q010X5
17F44D12.2F44D12.2n/achrIV 10,015,214contains similarity to Pfam domain PF01064 Activin types I and II receptor domain contains similarity to Interpro domain IPR000472 (TGF-beta receptor/activin receptor, type I/II)
18EGAP9.3EGAP9.3n/achrV 6,579,135contains similarity to Pfam domain PF01531 Glycosyl transferase family 11 contains similarity to Interpro domain IPR002516 (Glycosyl transferase, family 11)
19ZK829.1ZK829.1n/achrIV 11,941,464contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
20thoc-1T02H6.2n/achrII 705,367C. elegans THOC-1 protein ; contains similarity to Danio rerio THO complex 1.; TR:Q7SYB2
21C07G1.7C07G1.7n/achrIV 8,211,372
22nhr-250ZK488.1n/achrV 613,820C. elegans NHR-250 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
23sid-2ZK520.2n/achrIII 13,680,827sid-2 encodes a novel, single-pass transmembrane protein; SID-2 is required for environmental-mediated (i.e. ingestion or soaking) RNA interference (RNAi); SID-2::GFP is expressed strongly in the intestine where it localizes to the apical (lumenal) membrane; SID-2::GFP is also expressed at much lower levels in the excretory duct cells; when expressed in Caenorhabditis briggsae, a related nematode species deficient for environmental RNAi, SID-2 is able to confer environmental RNAi.
24fbxb-100Y63D3A.2n/achrI 14,093,529This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
25T07D3.4T07D3.4n/achrII 889,513T07D3.4 is orthologous to the human gene FUKUTIN (FCMD; OMIM:253800), which when mutated leads to disease.
26Y4C6B.6Y4C6B.6n/achrIV 5,347,749The Y4C6B.6 gene encodes a homolog of the human gene GLCM, which when mutated leads to Gaucher disease type I (OMIM:230800).
27K12H6.12K12H6.12n/achrII 2,810,497contains similarity to Interpro domain IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
28cyp-34A2T10H4.11n/achrV 15,290,031C. elegans CYP-34A2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
29Y51H1A.2Y51H1A.2n/achrII 13,867,372contains similarity to Pfam domain PF02759 RUN domain contains similarity to Interpro domain IPR004012 (RUN)
30C33B4.2C33B4.2n/achrII 11,371,111contains similarity to Aristolochia gigantea RPB140 (EC 2.7.7.6) (DNA-directed RNA polymerase beta chain)s(Fragment).; TR:O48912
31sym-2ZK1067.6n/achrII 9,183,417sym-2 encodes a predicted RNA binding protein that contains three RNA recognition motifs (RRMs) similar to those of Drosophila Fusilli and mammalian hnRNP F and H; genetic analyses indicate that, during embryonic development, sym-2 functions redundantly with mec-8, which also encodes an RRM-containing protein, to affect the structure of body wall muscles or their attachment to the body cuticle, perhaps by regulating maturation of transcripts essential for muscle development.
32W10G6.1W10G6.1n/achrX 16,245,293contains similarity to Babesia bovis Merozoite surface antigen-2a2.; TR:Q95UH0
33atgp-2C38C6.2n/achrII 14,641,992atgp-2 encodes an amino acid transporter glycoprotein subunit; when co-expressed in Xenopus oocytes with either the AAT-1 or AAT-3 catalytic subunit, ATGP-2 facilitates amino acid uptake and exchange, showing a relatively high affinity for small and some large neutral amino acids; when co-expressed with AAT-9, ATGP-2 is able to enhance the activity of this catalytic subunit; ATGP-2 can covalently associate with AAT-1 or AAT-3 in the Xenopus expression system; when co-expressed with AAT-1 or AAT-3, ATGP-2 localizes to the cell surface of oocytes, but when expressed alone, ATGP-2 localizes intracellularly.
34M176.4M176.4n/achrII 9,421,150contains similarity to Pfam domain PF07947 YhhN-like protein contains similarity to Interpro domains IPR012506 (YhhN-like), IPR003492 (Batten's disease protein Cln3)
35C34C6.2C34C6.2n/achrII 8,681,696contains similarity to Homo sapiens KIAA1219; ENSEMBL:ENSP00000302059
36pqn-27E01G4.4n/achrII 13,454,655The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
37Y39F10C.1Y39F10C.1n/achrII 675,733contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
38str-52C45H4.12n/achrV 2,145,082C. elegans STR-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39C06H5.6C06H5.6n/achrV 17,884,381contains similarity to Pfam domains PF00083 (Sugar (and other) transporter) , PF07690 (Major Facilitator Superfamily) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
40srd-66Y39A3B.4n/achrIII 1,981,723C. elegans SRD-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41F28B1.3F28B1.3n/achrV 17,053,645contains similarity to Interpro domain IPR009021 ()
42F13D2.4F13D2.4n/achrX 11,188,488contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of CD109 antigen precursor; HI:HIT000020743
43srh-178ZK228.8n/achrV 18,479,364C. elegans SRH-178 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44C45G7.4C45G7.40.00000003chrIV 2,434,709contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
45Y47D3B.1Y47D3B.1n/achrIII 11,385,678contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008166 (Protein of unknown function DUF23), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
46F36A2.2F36A2.2n/achrI 8,803,215contains similarity to Pfam domain PF01207 Dihydrouridine synthase (Dus) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
47C55A1.1C55A1.1n/achrV 15,622,421contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48F09E10.5F09E10.5n/achrX 1,492,033
49C34F6.9C34F6.9n/achrX 11,220,316contains similarity to Interpro domain IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
50srv-17C06E7.7n/achrIV 5,868,915C. elegans SRV-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)