UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1F56A6.4F56A6.40chrI 622,086
2K10D11.2K10D11.2n/achrIV 12,980,447contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
3efl-1Y102A5C.18n/achrV 16,962,099efl-1 encodes a homolog of mammalian E2F that is required for embryonic asymmetry and that functions as a transcriptional repressor; during vulval development, efl-1, a class B synMuv gene, acts with class B synMuv genes dpl-1 and lin-35/Rb to antagonize receptor tyrosine kinase and Ras-mediated signaling; EFL-1 also negatively regulates the G1 to S phase cell cycle transition.
4srx-53T27C5.2n/achrV 17,400,916C. elegans SRX-53 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010989 (t-SNARE)
5dpm-1Y66H1A.2n/achrIV 447,058dpm-1 encodes a putative catalytic subunit of dolichol phosphate mannosyltransferase, orthologous to budding yeast and human DPM1 (OMIM:603503, mutated in congenital disorder of glycosylation type Ie); in mass RNAi assays, DPM-1 is required for embryonic viability and proper cortical motion in the early embryo.
6srz-90C18D4.9n/achrV 17,528,936C. elegans SRZ-90 protein
7rpb-4F43E2.2n/achrII 7,374,771C. elegans RPB-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF03874 RNA polymerase Rpb4 contains similarity to Interpro domains IPR010997 (HRDC-like), IPR005574 (RNA polymerase II, Rpb4), IPR006590 (RNA polymerase II, Rpb4, core)
8hcf-1C46A5.9n/achrIV 7,772,495C. elegans HCF-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF01344 (Kelch motif) (3), PF00041 (Fibronectin type III domain) , PF07646 (Kelch motif) (4)contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR006652 (Kelch repeat type 1), IPR011498 (Kelch repeat type 2), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
9C17H11.5C17H11.5n/achrX 8,183,262
10mrt-2Y41C4A.14n/achrIII 11,748,489mrt-2 encodes a highly conserved DNA-damage checkpoint protein homologous to the RAD1 protein found in S. pombe, Drosophila, and mammals; MRT-2 interacts with HUS-1 and HPR-9, also conserved DNA-damage checkpoint proteins, and is required in the germline for maintaining chromosomal integrity; mrt-2 mutations result in a failure to induce apoptosis in response to DNA damage, progressive telomere loss, chromosome fusion, and aneuploidy, all leading eventually to germline immortality.
11C40H5.2C40H5.2n/achrX 11,754,976contains similarity to Bifidobacterium longum Possible magnesium and cobalt transport protein.; TR:Q8G4E0
12F55F8.9F55F8.9n/achrI 5,671,663contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
13hsr-9T05F1.6n/achrI 9,628,707hsr-9 encodes a protein containing a BRCT (BRCA 1 C terminus) domain that is found in proteins that regulate the cell cycle checkpoint in response to DNA damage; HSR-9 activity is required for a normal response to DNA damage caused by gamma-irradiation; loss of HSR-9 function via RNA-mediated interference after gamma-irradiation results in defects in mitotic cell cycle arrest, reduction of apoptosis of pachytene nuclei, and radiation sensitivity of progeny; the expression pattern and subcellular localization of HSR-9 are not yet known.
14F41C3.4F41C3.4n/achrII 4,740,995contains similarity to Pfam domain PF04178 Got1-like family contains similarity to Interpro domain IPR007305 (Got1-like protein)
15F25B4.7F25B4.7n/achrV 5,686,614contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
16wve-1R06C1.3n/achrI 11,927,136wve-1 encodes a homolog of the mammalian WAVE protein; based on homology WVE-1 might be involved in actin cytoskeletal dynamics; wve-1 is required for early cell migrations in the epidermis during embryonic morphogenesis and may require gex-2 and gex-3 for its function.
17F41C3.1F41C3.1n/achrII 4,752,652contains similarity to Pfam domain PF06887 Protein of unknown function (DUF1265) contains similarity to Interpro domain IPR009676 (Protein of unknown function DUF1265)
18mes-2R06A4.7n/achrII 14,386,115mes-2 encodes a SET domain-containing protein that is orthologous to the Drosophila Polycomb group protein Enhancer of zeste [E(Z)]; as a member of a Polycomb-like chromatin repressive complex with MES-3 and MES-6, MES-2 is required maternally for normal germline development and during larval development, for anteroposterior patterning; during germline development, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is believed to be essential for maintaining repression of the X chromosome, and in transgenic animals, the complex is necessary for germline repression of repetitive transgenes; in axial patterning, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is required in somatic tissues for maintaining homeotic gene repression, acting upstream of the Hox genes lin-39, mab-5, and egl-5, as well as the egl-5 target gene lin-32; in addition, MES-2 activity is required for normal levels and localization of MES-3 in >24-cell-stage embryos; MES-2 expression is detected in the primordial germ cells and germline nuclei throughout development, in all nuclei in early embryos, and in somatic nuclei, including those of the male tail, in L2 and L3 larvae; in the nucleus, MES-2 appears to localize to chromatin.
19tag-179T24D1.4n/achrI 9,961,143C. elegans TAG-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF04922 DIE2/ALG10 family contains similarity to Interpro domains IPR016900 (Alpha-1, 2 glucosyltransferase Alg10), IPR007006 (DIE2/ALG10)
20T23E1.2T23E1.2n/achrIV 3,144,252
21srt-1C13B7.1n/achrV 2,436,754C. elegans SRT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
22ZK402.3ZK402.3n/achrX 1,402,534contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
23F53G12.3F53G12.3n/achrI 141,205F53G12.3 encodes a large partial homolog of dual oxidase ('Ce-Duox2'), with an N-terminal peroxidase domain, two central calmodulin-binding EF hands, and a C-terminal superoxide-generating NADPH-oxidase domain; F53G12.3 may be required for dityrosine cross-linking of collagen, and thus for cuticular integrity; F53G12.3 may use cytosolic NADPH to generate reactive oxygen, which then may drive the peroxidase ectodomain to cross-link free tyrosine in collagen; F53G12.3 has no visible expression pattern detectable by antibodies, implying very low or rare expression.
24F58G1.6F58G1.6n/achrII 12,941,277contains similarity to Pfam domain PF02752 Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal)
25K09B11.10K09B11.10n/achrIV 13,439,731contains similarity to Interpro domain IPR000998 (MAM)
26F59A3.4F59A3.4n/achrI 5,508,149contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
27C46F11.4C46F11.4n/achrIII 3,661,086contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
28M142.5M142.5n/achrIII 10,931,599contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Protein LSM12 homolog; ENSEMBL:ENSP00000293406
29fbxa-200T07D3.1n/achrII 905,248C. elegans FBXA-200 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
30fbxa-199T06E6.3n/achrV 15,398,082srx-40 encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
31F41G3.2F41G3.2n/achrII 6,759,863
32srw-8F59D6.5n/achrV 3,033,490C. elegans SRW-8 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
33cdk-8F39H11.3n/achrI 8,704,132cdk-8 encodes a member of the cyclin-dependent serine/threonine protein kinase family orthologous to human CDK8 (OMIM:603184) which functions in transcriptional regulation with the positive regulatory factor cyclin C, is associated with the RNA polymerase II holoenzyme, and may regulate gene-specific activators; CDK-8 also contains a glutamine/asparagine-rich domain; loss of cdk-8 function via RNA-mediated interference (RNAi) results in sterility in the injected hermaphrodite, suggesting that in C. elegans, CDK-8 may play a role in germ-line development.
34M28.2M28.2n/achrII 10,636,216contains similarity to Phytophthora infestans NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L (EC 1.6.5.3).; SW:NULM_PHYIN
35W10G6.1W10G6.1n/achrX 16,245,293contains similarity to Babesia bovis Merozoite surface antigen-2a2.; TR:Q95UH0
36his-47B0035.7n/achrIV 11,324,148his-47 encodes an H2A histone; by homology, HIS-47 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-47 is a replication-dependent histone locus that resides in a histone gene-rich region on chromosome IV.
37F23F1.5F23F1.5n/achrII 30,845contains similarity to Interpro domains IPR012310 (ATP dependent DNA ligase, central), IPR017336 (Snurportin-1), IPR002652 (Importin-alpha-like, importin-beta-binding region)
38Y48E1B.4Y48E1B.4n/achrII 13,562,596contains similarity to Buchnera aphidicola Flagellar hook-length control protein.; SW:FLIK_BUCAP
39srt-63T28A11.15n/achrV 3,255,375C. elegans SRT-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
40W09C5.9W09C5.9n/achrI 13,661,170contains similarity to Lactococcus lactis Aspartate carbamoyltransferase (EC 2.1.3.2) (Aspartatestranscarbamylase) (ATCase).; SW:PYRB_LACLA
41C43E11.11C43E11.11n/achrI 4,251,319contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Conserved oligomeric Golgi complex component 5; ENSEMBL:ENSP00000334703
42Y44E3A.3Y44E3A.3n/achrI 3,318,281contains similarity to Pfam domain PF00085 Thioredoxin contains similarity to Interpro domains IPR015467 (Thioredoxin family), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR013766 (Thioredoxin domain), IPR006662 (Thioredoxin-related)
43hda-2C08B11.2n/achrII 8,021,602hda-2 encodes a Class I histone deacetylase; by homology, HDA-2 is predicted to function in deacetylation of histone residues and transcriptional regulation; loss of hda-2 activity via RNAi results in an increased spontaneous mutation rate, suggesting that hda-2 also plays a role in regulating genome stability.
44C27B7.2C27B7.2n/achrIV 8,893,280contains similarity to Arabidopsis thaliana F3O9.12 protein (At1g16320/F3O9_12).; TR:Q9SA31
45R02F11.4R02F11.4n/achrV 4,814,781contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR008378 (Ubiquitous surface protein), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR009053 (Prefoldin)
46K11E4.2K11E4.2n/achrX 13,718,299contains similarity to Pfam domain PF00017 SH2 domain contains similarity to Interpro domains IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region), IPR000980 (SH2 motif)
47hlh-3T24B8.6n/achrII 9,086,866hlh-3 encodes a basic helix-loop-helix transcription factor homologous to Drosophila Achaete-scute; in vitro, HLH-3 can heterodimerize, and bind an E-box-containing probe, with HLH-2, the C. elegans E/daughterless ortholog with which it is coexpressed in the nuclei of embryonic neuronal precursors.
48Y57G7A.2Y57G7A.2n/achrII 1,296,418
49his-62F55G1.3n/achrIV 7,486,714his-62 encodes an H2B histone.
50C50E3.11C50E3.11n/achrV 7,602,879contains similarity to Interpro domain IPR002666 (Reduced folate carrier)