Affine Alignment
 
Alignment between CCDC88A (top ENST00000436346.7_11 1871aa) and CCDC88A (bottom ENST00000436346.7_11 1871aa) score 177194

0001 MENEIFTPLLEQFMTSPLVTWVKTFGPLAAGNGTNLDEYVALVDGVFLNQVMLQINPKLE 0060
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0001 MENEIFTPLLEQFMTSPLVTWVKTFGPLAAGNGTNLDEYVALVDGVFLNQVMLQINPKLE 0060

0061 SQRVNKKVNNDASLRMHNLSILVRQIKFYYQETLQQLIMMSLPNVLIIGKNPFSEQGTEE 0120
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0061 SQRVNKKVNNDASLRMHNLSILVRQIKFYYQETLQQLIMMSLPNVLIIGKNPFSEQGTEE 0120

0121 VKKLLLLLLGCAVQCQKKEEFIERIQGLDFDTKAAVAAHIQEVTHNQENVFDLQWMEVTD 0180
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0121 VKKLLLLLLGCAVQCQKKEEFIERIQGLDFDTKAAVAAHIQEVTHNQENVFDLQWMEVTD 0180

0181 MSQEDIEPLLKNMALHLKRLIDERDEHSETIIELSEERDGLHFLPHASSSAQSPCGSPGM 0240
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0181 MSQEDIEPLLKNMALHLKRLIDERDEHSETIIELSEERDGLHFLPHASSSAQSPCGSPGM 0240

0241 KRTESRQHLSVELADAKAKIRRLRQELEEKTEQLLDCKQELEQMEIELKRLQQENMNLLS 0300
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0241 KRTESRQHLSVELADAKAKIRRLRQELEEKTEQLLDCKQELEQMEIELKRLQQENMNLLS 0300

0301 DARSARMYRDELDALREKAVRVDKLESEVSRYKERLHDIEFYKARVEELKEDNQVLLETK 0360
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0301 DARSARMYRDELDALREKAVRVDKLESEVSRYKERLHDIEFYKARVEELKEDNQVLLETK 0360

0361 TMLEDQLEGTRARSDKLHELEKENLQLKAKLHDMEMERDMDRKKIEELMEENMTLEMAQK 0420
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0361 TMLEDQLEGTRARSDKLHELEKENLQLKAKLHDMEMERDMDRKKIEELMEENMTLEMAQK 0420

0421 QSMDESLHLGWELEQISRTSELSEAPQKSLGHEVNELTSSRLLKLEMENQSLTKTVEELR 0480
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0421 QSMDESLHLGWELEQISRTSELSEAPQKSLGHEVNELTSSRLLKLEMENQSLTKTVEELR 0480

0481 TTVDSVEGNASKILKMEKENQRLSKKVEILENEIVQEKQSLQNCQNLSKDLMKEKAQLEK 0540
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0481 TTVDSVEGNASKILKMEKENQRLSKKVEILENEIVQEKQSLQNCQNLSKDLMKEKAQLEK 0540

0541 TIETLRENSERQIKILEQENEHLNQTVSSLRQRSQISAEARVKDIEKENKILHESIKETS 0600
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0541 TIETLRENSERQIKILEQENEHLNQTVSSLRQRSQISAEARVKDIEKENKILHESIKETS 0600

0601 SKLSKIEFEKRQIKKELEHYKEKGERAEELENELHHLEKENELLQKKITNLKITCEKIEA 0660
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0601 SKLSKIEFEKRQIKKELEHYKEKGERAEELENELHHLEKENELLQKKITNLKITCEKIEA 0660

0661 LEQENSELERENRKLKKTLDSFKNLTFQLESLEKENSQLDEENLELRRNVESLKCASMKM 0720
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0661 LEQENSELERENRKLKKTLDSFKNLTFQLESLEKENSQLDEENLELRRNVESLKCASMKM 0720

0721 AQLQLENKELESEKEQLKKGLELLKASFKKTERLEVSYQGLDIENQRLQKTLENSNKKIQ 0780
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0721 AQLQLENKELESEKEQLKKGLELLKASFKKTERLEVSYQGLDIENQRLQKTLENSNKKIQ 0780

0781 QLESELQDLEMENQTLQKNLEELKISSKRLEQLEKENKSLEQETSQLEKDKKQLEKENKR 0840
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0781 QLESELQDLEMENQTLQKNLEELKISSKRLEQLEKENKSLEQETSQLEKDKKQLEKENKR 0840

0841 LRQQAEIKDTTLEENNVKIGNLEKENKTLSKEIGIYKESCVRLKELEKENKELVKRATID 0900
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0841 LRQQAEIKDTTLEENNVKIGNLEKENKTLSKEIGIYKESCVRLKELEKENKELVKRATID 0900

0901 IKTLVTLREDLVSEKLKTQQMNNDLEKLTHELEKIGLNKERLLHDEQSTDDSRYKLLESK 0960
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0901 IKTLVTLREDLVSEKLKTQQMNNDLEKLTHELEKIGLNKERLLHDEQSTDDSRYKLLESK 0960

0961 LESTLKKSLEIKEEKIAALEARLEESTNYNQQLRQELKTVKKNYEALKQRQDEERMVQSS 1020
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
0961 LESTLKKSLEIKEEKIAALEARLEESTNYNQQLRQELKTVKKNYEALKQRQDEERMVQSS 1020

1021 PPISGEDNKWERESQETTRELLKVKDRLIEVERNNATLQAEKQALKTQLKQLETQNNNLQ 1080
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1021 PPISGEDNKWERESQETTRELLKVKDRLIEVERNNATLQAEKQALKTQLKQLETQNNNLQ 1080

1081 AQILALQRQTVSLQEQNTTLQTQNAKLQVENSTLNSQSTSLMNQNAQLLIQQSSLENENE 1140
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1081 AQILALQRQTVSLQEQNTTLQTQNAKLQVENSTLNSQSTSLMNQNAQLLIQQSSLENENE 1140

1141 SVIKEREDLKSLYDSLIKDHEKLELLHERQASEYESLISKHGTLKSAHKNLEVEHRDLED 1200
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1141 SVIKEREDLKSLYDSLIKDHEKLELLHERQASEYESLISKHGTLKSAHKNLEVEHRDLED 1200

1201 RYNQLLKQKGQLEDLEKMLKVEQEKMLLENKNHETVAAEYKKLCGENDRLNHTYSQLLKE 1260
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1201 RYNQLLKQKGQLEDLEKMLKVEQEKMLLENKNHETVAAEYKKLCGENDRLNHTYSQLLKE 1260

1261 TEVLQTDHKNLKSLLNNSKLEQTRLEAEFSKLKEQYQQLDITSTKLNNQCELLSQLKGNL 1320
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1261 TEVLQTDHKNLKSLLNNSKLEQTRLEAEFSKLKEQYQQLDITSTKLNNQCELLSQLKGNL 1320

1321 EEENRHLLDQIQTLMLQNRTLLEQNMESKDLFHVEQRQYIDKLNELRRQKEKLEEKIMDQ 1380
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1321 EEENRHLLDQIQTLMLQNRTLLEQNMESKDLFHVEQRQYIDKLNELRRQKEKLEEKIMDQ 1380

1381 YKFYDPSPPRRRGNWITLKMRKLIKSKKDINRERQKSLTLTPTRSDSSEGFLQLPHQDSQ 1440
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1381 YKFYDPSPPRRRGNWITLKMRKLIKSKKDINRERQKSLTLTPTRSDSSEGFLQLPHQDSQ 1440

1441 DSSSVGSNSLEDGQTLGTKKSSMVALKRLPFLRNRPKDKDKMKACYRRSMSMNDLVQSMV 1500
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1441 DSSSVGSNSLEDGQTLGTKKSSMVALKRLPFLRNRPKDKDKMKACYRRSMSMNDLVQSMV 1500

1501 LAGQWTGSTENLEVPDDISTGKRRKELGAMAFSTTAINFSTVNSSAGFRSKQLVNNKDTT 1560
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1501 LAGQWTGSTENLEVPDDISTGKRRKELGAMAFSTTAINFSTVNSSAGFRSKQLVNNKDTT 1560

1561 SFEDISPQGVSDDSSTGSRVHASRPASLDSGRTSTSNSNNNASLHEVKAGAVNNQSRPQS 1620
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1561 SFEDISPQGVSDDSSTGSRVHASRPASLDSGRTSTSNSNNNASLHEVKAGAVNNQSRPQS 1620

1621 HSSGEFSLLHDHEAWSSSGSSPIQYLKRQTRSSPVLQHKISETLESRHHKIKTGSPGSEV 1680
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1621 HSSGEFSLLHDHEAWSSSGSSPIQYLKRQTRSSPVLQHKISETLESRHHKIKTGSPGSEV 1680

1681 VTLQQFLEESNKLTSVQIKSSSQENLLDEVMKSLSVSSDFLGKDKPVSCGLARSVSGKTP 1740
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1681 VTLQQFLEESNKLTSVQIKSSSQENLLDEVMKSLSVSSDFLGKDKPVSCGLARSVSGKTP 1740

1741 GDFYDRRTTKPEFLRPGPRKTEDTYFISSAGKPTPGTQGKIKLVKESSLSRQSKDSNPYA 1800
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1741 GDFYDRRTTKPEFLRPGPRKTEDTYFISSAGKPTPGTQGKIKLVKESSLSRQSKDSNPYA 1800

1801 TLPRASSVISTAEGTTRRTSIHDFLTKDSRLPISVDSPPAAADSNTTAASNVDKVQESRN 1860
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1801 TLPRASSVISTAEGTTRRTSIHDFLTKDSRLPISVDSPPAAADSNTTAASNVDKVQESRN 1860

1861 SKSRSREQQSS 1871
     |||||||||||
1861 SKSRSREQQSS 1871